泰昌元年（1620年）九月初一，朱常洛在宮中暴斃。李選侍卻仍住在皇帝、皇後的寢宮乾清宮，絲毫不想搬出乾清宮。按照明代的製度，外廷有皇極殿，內宮有乾清宮，都是屬於皇帝、皇後專用的。而李選侍是想借年僅 15歲的光宗長子朱由校掌握朝政，坐鎮乾清宮，進而統馭後宮。
此舉引起朝臣的極力反對。泰昌帝駕崩當日，楊漣、劉一等朝臣即直奔乾清宮，要求哭臨泰昌帝，請見皇長子朱由校，商談即位之事，但受到太監們的阻攔。兵部右給事中楊漣挺身而出，厲聲斥責道：“你們這些奴才想幹什麼？我們都是受皇帝召見的，皇帝晏駕了，你們敢造反不成！”太監們這才讓開。李選侍把朱由校藏在自己房裏，不讓出來。大學士劉一爆問：“太子到哪裏去了？”太監們都不答話。比較正直的東宮伴讀太監王安走進房內，哄李選侍道：“太子出去一下就回來。”才將朱由校帶出。但李選侍馬上就後悔了，叫太監把朱由校帶回來。太監們上前拉住朱由校的衣服，朱由校一時也沒有了主意。這時，楊漣上前將太監斥退。群臣簇擁著朱由校來到文華殿接受群臣的禮拜，決定以本月六日舉行登基大典。為了朱由校的安全，諸大臣暫將他安排在太子宮居住，由太監王安負責保護。
李選侍挾持朱由校的目的落空後，群臣紛紛上書，要求李選侍搬出乾清宮。李選侍卻“居乾清宮自若”。而朱由校（天啟帝）要登臨大位，就必須回到乾清宮。為了讓李選侍盡快“移宮”，禦使左光鬥上書朱由校明白指出：“內廷有乾清宮，猶如外廷有皇極殿，唯天子禦天得以居之，唯皇後配天得以共居之。其他妃嬪不得常住。這非但為避嫌，也為了區別尊卑。選侍既非嫡母，又非生母，儼然尊居正宮，殿下反而退處慈慶宮，名分又從何說起？不早作決斷，勢必借撫養之名，行專製之實。武氏之禍，將在今日重演。”朱由校聽了，覺得甚是有理，便發布上諭，說移宮已有聖旨，冊封貴妃一事，尊卑難稱，著禮部再議。
隨著朱由校登基大典日期迫近。至初五日，李選侍尚未有移宮之意，並傳聞還要繼續延期移出乾清宮。楊漣便直言上奏：“選侍托保護之名，圖專擅之實，宮不可不移。臣言之在今日，殿下行之在今日，諸大臣讚決之，也在今日！”
隨後，楊漣又去拜見首輔大臣方從哲。方從哲起初認為這件事不用太著急，晚兩天也沒什麼關係。楊漣卻說，太子明天就要登基了，難道登基為天子後還要回到東宮的住處嗎？選侍今天不願離開乾清宮，難道以後就會主動離開了嗎？方從哲最終被楊漣說服，兩人統一了意見後，又去請求太子頒下嚴令。於是，朱由校登基在即時下令，命李選侍移出乾清宮，移住仁壽殿。他還下令收捕李選侍身邊的幾個親信太監，理由是他們涉嫌偷盜大內庫藏。如此情形下，勢單力孤的李選侍還是敵不過皇帝的一紙命令，移宮已成定局。李選侍終於無奈地決定移宮。九月初五，她抱著皇八女，徒步從乾清宮走向宮中宮妃養老處——仁壽殿噦鸞宮。於是，這件震動宮闈的明朝三大疑案之一的“移宮案”終於落下了帷幕。李選侍以失敗而告終，熹宗朱由校進駐乾清宮，登上寶座。
李選侍封後的要求沒有實現，做皇太後控製朝政的願望也落了空。她賴在乾清宮不走是否是受到了鄭貴妃的幕後指使，這個後人亦無從得知。但是其意圖很明顯，就是要通過控製新皇帝朱由校來操縱整個朝政。李選侍雖已“移宮”，但鬥爭並未結束。“移宮”數日，噦鸞宮失火，經奮力搶救，才將李選侍母女救出。反對移宮的官員散發謠言：選侍投繯，其女投井，並說“皇八妹入井誰憐，未亡人雉經莫訴”，指責朱由校違背孝悌之道。朱由校在楊漣等人的支持下批駁了這些謠傳，指出“朕令停選侍封號，以慰聖母在天之靈。厚養選侍及皇八妹，以遵皇考之意。爾諸臣可以仰體朕心矣”。至此，“移宮”風波才算暫告結束。它與萬曆朝的梃擊案、泰昌朝的紅丸案一直是天啟朝爭論的問題，史稱晚明三大疑案。