至此，最後的防線已被突破，丹陽已成孤城。雖然輔公祏手下還有數萬士兵，然而數萬人都成了驚弓之鳥，隻要拉一下弓弦，嘩啦啦就能倒下一大片！李靖率軍先到了丹陽，大驚失色的輔公祏不敢固守，居然擁兵數萬放棄丹陽城向東而去，計劃與道友、兵部尚書左遊仙在會稽（浙江紹興）會合。然而他卻沒有想到，煩人的李世積居然一直在身後追趕的不依不饒！好不容易跑到了江蘇句容，輔公祏又有了第二個沒想到，一盤點手下的士兵，輔公祏心都涼透了，出丹陽城時還有數萬人，到現在一查數，怎麼著也應該剩五千吧。還五千呢？隻有五百！蒼蠅也是肉，五百就五百吧！當夜輔公祏夜宿常州，本想過了這一夜帶著這五百人繼續趕路，沒想到，這五百人也帶不走了，因為輔公祏的部將吳騷等人惦記著他，準備劫持他給唐軍獻禮呢。倉促中得知消息的輔公祏顧不上接出老婆孩子，帶著親信砍開城門就跑了出去。等跑出去一盤點，還剩多少人呢？幾十！幾十就幾十吧，等見到道友左遊仙，一切都會好起來的！然而人到走背運時，厄運總是接二連三。
好不容易進入了浙江境內，距離左遊仙盤踞的會稽已經不遠了，輔公祏的厄運又來了。在武康（浙江省德清縣西武康鎮），輔公祏的隊伍遭到了鄉間流浪漢的攻擊，心腹一一戰死，輔公祏被生擒。這些鄉間流浪漢也是識貨的主，他們知道這個人可能身價不菲，索性押著輔公祏到了丹陽。在那裏流浪漢們獲得重賞，而輔公祏則被公開斬首。此時距離他與杜伏威亡命天涯已經整整十三年，距離此次叛亂僅僅二百餘天！輔公祏猜中了故事的開頭，卻沒有猜中故事的結尾。隨後李孝恭分捕餘黨，一律殺掉，江南平定了。李孝恭因功榮升為東南道行台右仆射，李靖為東南道行台兵部尚書。順著李靖說一下另外一個人的結局，這個人就是此前在博望山立下大功的杜伏威一號義子闞棱。博望山一戰，闞棱立下頭功一件。然而得意的闞棱怎會想到，一場無妄之災正向他無情地襲來，輔公祏居然在最後的供詞中宣稱闞棱與自己共同策劃了這次淮南叛亂！見過亂咬人，沒見過這麼亂咬的。其實一切都很好解釋，原本闞棱就與這個幹大爺有過節。
當年正是他和王雄誕一起瓜分了幹大爺的兵權，這是舊恨；博望山一戰，又是闞棱摘下頭盔動搖了軍心，導致輔公祏的慘敗，這是新仇。新仇和舊恨加在一起，幹大爺自然不會放過幹侄子，因此就出現了臨死前的亂咬。如果僅僅是輔公祏的亂咬，闞棱還是能保住自己的命，沒曾想，不久之後，他又觸了李孝恭的黴頭，為什麼呢？居然是因為一次沒收。在追查輔公祏餘黨的同時，李孝恭順便把原來在杜伏威、王雄誕、闞棱名下的良田和住宅一起沒收了。這讓自恃有功的闞棱非常不爽，一氣之下居然找李孝恭當麵理論。兩人爭吵起來，爭吵起來自然沒有好話，闞棱以下犯上，言辭不敬。李孝恭更不是善茬，他既是大軍統帥，又是李淵的遠房侄子，皇親國戚，一怒之下，借著輔公祏的口供，以謀反誅之！早知如此，何必呢？至此江南平定，嶺南歸附，唐朝境內大體底定。戰爭威脅在南方已經基本消除，帝國的外患轉移到北方的突厥，頡利可汗成為武德與貞觀兩朝的主要敵人。隨著唐朝對手一一覆滅，李淵政府精力得以由軍事漸漸轉向國內的政治，與此同時，三個皇子的鬥爭也正式升級，爭儲走向白熱化。
也是在這一年，李淵的政府終於有了正規的模樣：臨時管製的軍事委員會模式壽終正寢，唐朝中央政府的大體模式終於實現了正規化。大體而言，唐基本延續隋製，框架不變，細部微調。以太尉、司徒、司空為三公，其次為尚書、門下、中書、秘書、殿中、內侍為六省，其次禦史台，次太常至太府為九寺，次將作監，次國子學，次天策上將府，次左、右衛至左、右領衛為十四衛；東宮置三師、三少、詹事及兩坊、三寺、十率府；王、公置府佐、國官，公主置邑司，並為京職事官。州、縣、鎮、戌為外職事官。
自開府儀同三司至將仕郎二十八階，稱“文散官“；驃騎大將軍至陪戎副尉三十一階，為武散官；上柱國至武騎尉十二等，為勳官。政治是什麼？政治就是人與人的關係，就是無數人糾纏在一起，無數人一起或有意或無意上演的一台戲。其實每個人生來就是演員，任務就是演好自己的角色。時間走到了武德七年，聚光燈打向了三個年輕人，太子建成，秦王李世民、齊王李元吉。這一年太子李建成三十五歲，秦王李世民二十六歲，齊王李元吉二十一歲，他們正經曆著一生中最好的歲月，同時也是人生中最差的歲月。莎士比亞說：我們命該遭遇這樣的時代。這句話同樣適用於李淵和他的三個兒子。曆時三年，李家的三個皇子打造了一出曆史大戲，戲的名字很短，隻有三個字，《玄武門》。