進入北京後，多爾袞一直保持著比較清醒的頭腦。當時京畿內外，“連經兵火，又值大旱，遠近田疇，盡為兵馬所蹂躪。城底數百裏，野無青草；城中之人，相聚為盜，多有殺越奪掠之患”，人心頗為不穩。京中糧草，大多為農民軍運走，所剩多是“積年陳腐之米”，糠土參半，吃了就會腹痛。盡管如此，八旗官兵也不得不以此充饑。多爾袞深知自己的艱難處境。
多爾袞還讓前來幫助清軍作戰的蒙古部落人馬暫且回去，等到秋天大舉南侵之際再來相會。這樣做一方麵可以減少糧餉的消費，另一方麵則可避免軍隊對民間的騷擾。十七日，多爾袞專門設立防守燕京內外城門的軍隊，“禁士卒搶奪”。同時還宣布：“京城內流賊蹂躪之後，必有鰥寡孤獨，謀生無計，及乞丐街市者，著一一察出，給予錢糧恩養。”這一切對穩定北京局勢也起到了一定作用。
多爾袞必須兌現自己的諾言——替明崇禎帝發喪，因為他打著這個旗號進關，打著這個旗號爭取吳三桂，又打著這個旗號使京東一帶，包括北京不戰而降，這一條是爭取漢族地主階級的重要手段，即使一般漢族百姓也會對此表示滿意，因為這至少表明清人對過去的敵人寬宏大量，不念舊惡。此外，在這個幌子下，可以大大激起漢族地主階級對農民軍的仇恨，充當多爾袞剿殺農民軍的急先鋒。
多爾袞為收買舊臣，下令從初六日開始，“為先帝設立帝王廟，哭臨三日，隨議諡號，議葬隧”。禮部侍郎楊汝成稱典禮浩繁，不能獨任，要求增派主持喪禮的官員。多爾袞便問漢官中誰最賢明，沈惟炳等推舉那位曾建議崇禎帝南遷的李明睿，多爾袞便彬彬有禮地請李明睿出任禮部左侍郎。李明睿以自己年老多病而推辭不幹，多爾袞就對他說：“爾朝皇帝尚未收殮，明日即欲令京城官民人等哭臨，無神主，何以哭臨？無諡號，何以題神主？”多爾袞的這種姿態，使李明睿“聞言大慟”，感激涕零，叩首接受了這一任命，答應負責安排先帝的葬禮。多爾袞當即下令在朝房中討論崇禎帝的諡號，並議定朱由檢為懷宗端皇帝，周皇後為烈皇後，並安奉神主於帝王廟。
從初六日開始哭臨，至初八日三天，多爾袞“命臣民為崇禎帝舉哀”。曹溶等五人作為多爾袞肯定下來的五城禦史，在帝王廟“監肅諸儀”，其他一些曾投降農民軍的官員如熊文舉、楊枝起、朱徽等都前來致哀。“洪承疇入京，哭臨帝喪，議改葬梓宮。士民樂從，無不哀泣。”其後，眾人因田貴妃的墳墓寬大壯觀，就決定不再為崇禎帝造陵，將他與周後、田妃一同葬於其中；崇禎帝棺槨居中，周後居左，田妃居右，命名為思陵。十年後，談遷曾訪思陵，見其中“饗殿三楹，奉先帝木主。內殿加峻”。有碑上書“懷宗端皇帝陵”，前頭的“大明”二字為金色，殿上匾額有“思陵”二字，亦為金書，隻是亂草叢生，十分淒涼。
無論如何，多爾袞此舉的效果是顯著的，漢族地主階級無不為此而心懷感激之情。當時就曾有人說，“清兵殺退逆賊，恢複燕京，又發喪安葬先帝，舉國感清朝之情，可以垂名書，傳不朽矣”。南明大學士史可法在給多爾袞的信中也寫道：“殿下入都，為我先帝後發喪成禮，掃清宮殿，撫輯群黎，且免剃發之令，示不亡本朝，此等舉動，震古爍今，凡為大明臣子，無不長跪北麵，頂禮加額，豈但如明諭所雲‘感恩圖報’乎？”再加上範文程等加意撫綏，遣官護送抗拒農民軍而自殺的大學士倪元璐的家屬扶柩南歸，凡死難諸臣之棺木，又都“次第給文南還”，更使漢族地主階級感恩戴德。拉攏漢族上層分子的一係列措施，使多爾袞在北京很快穩住了腳跟。
滿族人的風俗習慣之一就是剃發，俗稱剃頭，就是把腦袋四周的頭發皆盡剃光，僅從頭頂向後留起，梳成大辮。自從後金努爾哈赤日益擴張土地，剃發與否就成為是否降順的標誌。多爾袞要求占領區的漢人盡行剃發，由此導致滿漢關係十分緊張。山海關戰役後，吳三桂的屬下俱皆剃發；山海關城內平民也被諭令剃發。京東州縣迎降之後也都紛紛剃了頭，但這時剃發還沒有全麵展開，隻是在占領地區局部實行，因此還沒有引起太大波動。進入北京之後，多爾袞仍然沿用這一傳統做法，在所有布告諭令中，反複強調，以剃發為歸順的標誌。認為“雖稱歸順而不剃發者”，是有“狐疑觀望之意”，決不允許。要求“凡投誠官吏軍民，皆著剃發，衣冠悉遵本朝製度”。當有人向多爾袞請求願從舊俗，免除剃發時，多爾袞卻以一副救命恩人的姿態說：“我存若輩頭，若輩乃惜此發耶？”遂使剃發、易衣冠的做法向京畿中原地區強行推廣。