在軍事上，清人雖然定都北京，但形勢仍然相當嚴峻，西安有李自成的軍隊，雖然吃了敗仗，但仍有幾十萬久經沙場、作戰勇猛的將士。四川有張獻忠的大軍。在江淮以南，明朝的軍事力量基本上未受損失，各鎮總兵累計有幾十萬部眾。以上還隻是清人的最主要敵手，除此之外，各地反清義軍、降而複叛者更是難以計數。在這種紛繁複雜的局麵之下，作為攝政王的多爾袞在軍事上必須作出正確決策，主要矛頭對準哪裏，先攻誰，後攻誰，至關重要。
在此關鍵時刻，多爾袞審時度勢，終於根據柳寅東的建議，作出了正確的決策：先攻打李自成的軍隊。而為了攻打李自成，調蒙古兵入三邊，舉大兵攻晉豫，使李自成腹背受敵。為此又需先用計扼住蜀漢之路，以免張獻忠與李自成聯手。然後進攻江南，穩定江南局勢。
多爾袞之所以首先把矛頭對準李自成，一是因江南尚無能力北進，隻是固守江南。二是把矛頭對準起義軍，理由是清人得天下於“流賊”，而不是得自於明，攻打起義軍是為明報仇，師出有名，既可穩住明代官吏與將士，以便集中兵力，各個擊破，而又無後顧之憂。多爾袞的這種決策無疑對清人十分有利。
在順治元年（1644年）十月初一日，多爾袞在主持完順治帝的登基大典後，立即開始調遣軍隊，兵分兩路，向大順軍和南京福王弘光政權同時發起進攻。開始了入關後最大的武力征服。十月十九日，多爾袞命英親王阿濟格為靖遠大將軍，率清軍經山西攻陝北，然後南下西安，征討李自成。平西王吳三桂、智順王尚可喜以所部隨征。
李自成節節敗退。順治二年（1645年）五月初，李自成途經湖北通山縣境內的九宮山，他先率二三十人前去觀察地形，不料遭到當地山民襲擊，由於大隊遙遠，救援不及，因此全部殉難。清政府曾派認識李自成的人去查驗屍體，但屍已糜爛腐朽，無法辨認。關於李自成的結局，各種史籍記載分歧很大，亦有李自成隱遁為僧的說法。李自成死後，其餘人馬與從延安撤下來的李過、高一功部會師後，進入湖南。不久，與南明桂王政權的何騰蛟部結成抗清聯軍，大順軍的餘部開啟了一個新的階段。
明末由張獻忠領導的另一支農民起義軍，於順治元年（明崇禎十七年，1644年）正月沿江而上大舉入川。六月克重慶，八月下成都，先後殺掉明朝的端王和蜀王。十月，張獻忠定成都為西京，建立大西政權，改元大順，改蜀王府正殿為承天殿。建立各級農民政權，鑄幣造曆，開科取士。同時，張獻忠派出孫可望、李定國、艾能奇等將領率兵四處攻略州縣，使全川一時皆置於大西政權的統轄之下。
隨著國內形勢的發展和階級矛盾的激化，故明勢力在四川反對張獻忠的活動愈演愈烈。順治二年（1645年）以來，大西政權所麵臨的局勢就逐漸惡化起來。為了鎮壓一切反抗和有可能反抗的勢力，張獻忠在四川實行了瘋狂屠戮的報複措施。自順治二年（1645年）七月，張獻忠感到自己在四川很難立足，便在其女婿汪兆麟的慫恿和幫襯下，開始有計劃地對蜀民進行殘酷殺戮。
順治二年（1645年）七月十三日至十八日，張獻忠在成都指揮他的部隊進行了一次大屠殺。先殺男子，後逼婦女跳江。“除投繯赴井者莫可查考，其膏鋒刃者，男婦不下四五百萬”。十一月九日，張獻忠以舉行“特科”為名，命令將各府縣生員一律送至成都，到齊後全部殺光。十一月二十二日，張獻忠下令將大西政權官員家屬以外的成都“城內居民一律殺絕”。順治三年正月十日至十五日，張獻忠大殺川丁，將14歲以下者除外，“其餘老弱成丁，不論男婦，盡殺”。並在順治三年（1646年）上半年，派兵分剿成都府屬32州縣，以殺人多少論功。張獻忠命令部隊“俱要處處殘滅，節節搜殺”；“無論男婦，盡殺”。被殺者“屍骸山積，臭聞百裏外”，其情形慘不忍睹。張獻忠最後幹脆放棄成都，另尋出路。順治三年（1646年）八月六日，張獻忠在縱火焚燒成都後，向川北轉移。後到達西充，駐紮在鳳凰山金山鋪一帶。
清軍入關後，多爾袞最初對張獻忠知道不多，當時把主要精力放在對付李自成上，後來為了實現其統一全國的目標，特別是在李自成被剿滅後，便開始著手解決張獻忠割據四川的問題。
順治二年（1645年）春，清陝西總督孟喬芳致書大西川北巡撫吳宇英，“令其說張獻忠投降”。閏六月，多爾袞詢問：“張獻忠現在在什麼地方？”大學士奏報道：“聽說張獻忠現仍占據四川，其地方險要而富庶，他在那裏抗拒不降。”同年秋天，清湖廣等地總督佟養和繼續派人“持書與告示往四川招撫張獻忠”。張獻忠對此根本不予理睬。
於是，清朝在江南基本被平定後，便開始以武力征討四川。順治二年（1645年）十一月二十日，多爾袞任命駐防西安內大臣何洛會為定西大將軍，加派左翼固山額真巴顏、右翼固山額真墨爾根、侍衛李國翰等率兵前往陝西，“會剿四川，征討叛逆”。同一天，又頒布了招撫張獻忠的詔書和告四川各官兵民人等的諭旨。詔書說：“張獻忠前此擾亂，皆明朝之事。因遠在一隅，未聞朕撫綏招徠之旨，是以歸順稽遲。朕洞見此情，故於遣發大軍之前，特先遣官齎詔招諭……張獻忠如審識天時，率眾來歸，自當優加擢敘，世世子孫永享富貴，所部將領頭目兵丁人等，各照次第升賞，倘遲延觀望，不早迎降，大軍既至，悔之無及。”“凡文武官員兵民人等，無論原屬流賊或為流賊逼勒投降者，若能歸服我朝，仍準錄用。倘抗拒不服，置之重典，妻子為奴。開城投順者加升一級，恩及子孫……”
在政治招降無效的情況下，順治三年（1646年）正月二十一日，清廷又命肅親王豪格為靖遠大將軍，會同多羅郡王羅洛宏、多羅貝勒尼堪、固山貝子吞齊喀、滿達海等，統率官兵前往四川征討張獻忠。豪格等人經陝西，著手準備入川。
就在這個關鍵時刻，大西軍內部發生了劉進忠降清事件。劉進忠原是大西軍驍騎營都督，其部下四川人較多，當時“營中紛紛傳獻忠欲殺川兵”，他的一些部將叛投了南明。劉進忠害怕自己受到張獻忠的嚴懲，遂率部下叛逃，先至重慶投靠明將曾英，不久又率部下北移，同搖黃十三家中的袁韜部合營，自稱新天王。大約在順治三年（1646年）十月間，他又派部將吳之茂往陝西向豪格投降，接引清軍入川。
十一月，清軍準備就緒，迅速入川。二十六日，豪格從大西軍俘虜口中，得悉張獻忠的大營駐紮在西充縣鳳凰山下，遂密令章京鼇拜、固山額真準塔等率領精銳充為先鋒，自己則帶著滿、蒙軍隊隨後進發。清軍一晝夜三百裏急行軍，於二十七日抵達西充鳳凰山。當時天氣“寒冰凜冽，朔風刮麵，平地霧起，目不見形狀”。張獻忠擁眾數十萬，直到清軍迫近，還是不相信。當有哨兵報告說：“聽到山下有人馬甲胄的聲音，霧太大看不見有多少人。”張獻忠聽後大怒，將哨兵捆綁起來，說道：“我天王老子統領天兵在此，誰敢來捋老虎須？你為何胡說八道，惑亂軍心？應當處斬！”話音未落，哨兵接二連三地向他報告與前者同樣的情況。張獻忠這才命令給第一個來報告的哨兵鬆綁。然後繼續裝著若無其事的樣子說：“我的名字威震天下，四海皆知，哪人敢來送死？我一個人就能對付他。”於是自己拿著一張弓，挾上三根箭，未披任何甲胄，一人騎馬馳出了禦營。隨從護衛立即備馬追趕，但都未能跟上。張獻忠策馬飛馳率先來到山下，此時霧散日出，放眼望去已是漫山遍野的清兵，氣勢洶洶，如潮水一般圍攻過來，清兵前鋒與張獻忠隻有一溪之隔。劉進忠連忙指著他，告訴清兵：“此人就是張獻忠。”張獻忠見此連忙張弓搭箭，但未等箭矢發出，其胸膈已連中兩箭。張獻忠急忙勒馬回逃，剛一轉身，後背又被對方射中兩箭，當即從鞍背上滾落下來，氣絕身亡。這時隨從護衛相繼趕到，當他們從張獻忠身上拔出箭矢，仔細察看後，才知道對方是清兵。這些人正想扛起屍體趕回大營，隻見清軍大隊人馬已經衝殺上來，個個人強馬壯，恍若天神。張獻忠的隨從們自知不是對手，於是丟下張獻忠的屍體，一潰不可收拾。