順治五年（1648年）二月，豪格奉旨凱旋回京，順治帝在太和殿設宴慰勞他，他心中自然很得意。可是，他萬沒想到回朝之日，便是大禍臨頭之時。三月，以攝政之名君臨天下的多爾袞，追究豪格徇隱隨征護軍參領希爾根冒功和企圖擢用罪人揚善之弟吉賽這兩件事，將其議罪削爵，並幽禁牢中。按當時情理，豪格所犯的不過是區區小錯，削爵已是輕罪重罰，哪裏還該鋃鐺入獄。更何況豪格是清朝的開國元勳，且不說他早年的功績，單入關後平定山東、陝西、四川等地的奇功殊勳，清初諸王中沒有幾人能比得上。就算以功抵過，也還綽綽有餘。
既然如此，難道是“功高招忌”嗎？也有些說不通。清初功高者，如多鐸、濟爾哈朗等人都沒遭此厄運。況且，清朝當時雖然統治中國的大局已定，勝券在握，但全國各地，尤其是東南、西南地區的反清鬥爭仍在繼續，不存在“狡兔死，走狗烹；飛鳥盡，良弓藏”的曆史背景。那麼，豪格究竟為什麼會遭此劫難呢？要弄清事情的緣由，還隻能從豪格和多爾袞之間的利害衝突說起。
崇德八年（1643年）八月初九，皇太極驟逝，諸王窺伺神器，在皇位繼承的問題上，發生了尖銳的矛盾。最後，豪格與多爾袞爭奪帝位的鬥爭，表麵上看兩人都沒結果，實際上多爾袞取得了勝利。多爾袞雖然沒有皇帝的名分，但他以攝政王身份掌握了大權。稍後，他排擠打擊濟爾哈朗，“刑政拜除，大小國事，九王（多爾袞）專掌之”。諸王不得與他平起平坐，事實上享有皇帝的尊榮和權力。而豪格從此以後走上權力頂峰的希望徹底破滅不說，己身也完全在多爾袞控製之下。
多爾袞攝政掌權後，既要排除政治上的隱患，又要尋仇泄憤，便處心積慮地整治豪格。順治元年（1644年）四月初一，原來支持豪格的何洛會，見豪格大勢已去，轉而投靠多爾袞，揭發豪格圖謀不軌，告發豪格曾說過：“我豈不能手裂若輩（多爾袞等）之頸而殺之乎！”這下多爾袞抓住了豪格的把柄，毫不留情地對他進行迫害打擊，把豪格的心腹俄莫克圖、揚善、伊成格、羅碩等，均加以“附王為亂”的罪名處死，豪格本人也差點被殺掉，隻是由於他弟弟、皇帝福臨涕泣不食，才得免死，被罰銀五千兩，廢為庶人。
豪格遭此打擊，元氣大傷，已不再對多爾袞構成威脅。但多爾袞並不放過他，必欲置之死地而後快，待他征戰回朝，便找借口將他投入監獄。豪格少年得意，性素高傲，如今壯誌不酬，反受冤屈，身陷囹圄，精神極度悲傷苦悶，終於懨懨成病。一個生龍活虎的壯漢最後竟成為骨瘦形枯的病鬼，不久就在獄中含恨去世了，年僅40歲。
豪格死後，多爾袞娶了他的妻子。論輩分，多爾袞是豪格的叔叔。叔叔強娶侄媳，在曆史上留下了不光彩的一筆。對豪格來說，這不啻為雪上加霜，冤枉添恥辱。
順治七年（1650年）冬，多爾袞死。順治帝福臨親政，念及豪格與他是骨肉兄弟，且死得委屈，複封豪格為和碩肅親王，立碑表之。順治十三年九月，追諡“武”再立碑以紀其功。
清乾隆四十二年（1777年）正月，乾隆帝追念肅親王豪格忠勳，命配享太廟，複封號曰“肅”。八月，入祀盛京賢王祠，為清代八家“鐵帽子王”之一。
豪格是清太宗皇太極的長子，卻並沒有享受多少父皇的恩蔭，主要是憑借自己的文韜武略才逐漸躍居為清初的主要諸王之列。在開創清朝一代基本方麵，他是一個出色的成功者，但在內部的權力鬥爭中，他是一個徹頭徹尾的失敗者。他的最後結局，也反映了皇權爭奪的殘酷現實。