分子生物學檢測由於核酸生化及分子生物學研究技術的發展和廣泛應用，近二十年來明確了許多傳染病的病原，特別是病毒性疾病。現可用於診斷的分子生物學方法有兩種。
（1）分子雜交利用放射性核素32P或生物素標記的核酸探針對病原體進行分子水平的檢測可以檢出特異性的病毒核酸如乙型肝炎病毒DNA，或檢出特異性的毒素如大腸埃希菌腸毒素。已廣泛用於乙型肝炎的診斷。
（2）聚合酶鏈反應（PCR）用於病原體核酸檢查。PCR法是一種在體外擴增特異性DNA序列的技術，它可使靶DNA序列在特異的引物啟動下，在短時間內便可擴增100萬倍以上，具有快速、簡便、靈敏、省時、對受檢樣品條件要求不高等特點，可用於病毒、細菌和寄生蟲等多種病原體的檢測。已廣泛應用於丙型肝炎的診斷。PCR法靈敏性極高，因此，操作不慎時易產生假陽性結果應嚴格操作，避免檢測失誤。
免疫學檢查應用已知抗原或抗體檢測血清或體液中的相應抗體或抗原，是最常用的免疫學檢查方法。
（1）特異性抗體檢測這是傳染病應用最早的診斷方法。在傳染病早期，特異性抗體在血清中往往尚未出現或滴度很低，而在恢複期或後期抗體滴度有顯著升高，故在急性期及恢複期雙份血清檢測其抗體由陰性轉為陽性或滴度升高4倍以上時往往有重要的意義。既往建立的補體結合試驗、沉澱試驗、凝集試驗、中和試驗等，多為檢測IgG型抗體的方法，主要用於某些疾病感染率的流行病學調查。
（2）特異性抗原檢測病原體特異性抗原的檢測有助於在病原體直接分離培養不成功的情況下提供病原體存在的直接證據。其診斷意義往往較抗體檢測更早、更為可靠。目前已采用酶聯免疫吸附試驗（ELISA）或放射免疫法（RIA）可檢測乙型肝炎病毒的表麵抗原和e抗原、丁型肝炎病毒抗原等。
（3）免疫球蛋白檢測可用來判斷人體體液免疫功能的檢測，先天性免疫功能缺陷者免疫球蛋白降低。
（4）皮膚試驗通過向受試者皮內注射特異性抗原的方法，了解其體內是否含有相應抗體，有抗體時受試者發生變態反應，皮膚局部出現紅腫、癢、痛表現。常用於血吸蟲病、並殖吸蟲病等的流行病學調查。
（5）T細胞亞群檢測了解機體的免疫狀態，如用單克隆抗體檢測T細胞亞群可了解各亞群的T細胞數和比例，有助於艾滋病的診斷及分期分級。
其他檢查
（1）內鏡檢查栙纖維結腸鏡：常用於診斷細菌性痢疾、阿米巴痢疾、真菌性腸炎、彎曲菌腸炎、耶爾森菌小腸結腸炎和血吸蟲病等診斷與鑒別，並要除外結腸癌的可能，必須借助纖維結腸鏡的檢查。栚纖維支氣管鏡：常用於診斷艾滋病並發肺孢子蟲病和支氣管淋巴結核病等。
（2）影像學檢查X線檢查常用於診斷肺結核和肺吸蟲病。超聲檢查已成為各種肝、膽疾病診斷和鑒別診斷最常用的檢查方法，簡便、快速且無創傷。特別對於阻塞性黃疸的鑒別，阿米巴與細菌性肝膿腫的鑒別，肝硬化與肝癌的鑒別等，發揮了很重要的作用。計算機體層掃描和磁共振成像常用於診斷腦膿腫和腦囊蟲病等。
（3）活體組織檢查常用於診斷各型慢性肝炎和肝硬化；各型結核病如淋巴結結核、骨結核等；艾滋病並發卡波濟肉瘤和其他淋巴瘤；各種寄生蟲病，如裂頭蚴病、並殖吸蟲病和利什曼病等。
二、傳染病的治療
（一）治療原則
對傳染病的治療，應具有防治結合的觀點，不但在於促進病人的康複，還在於控製傳染源，防止進一步傳播。強調早期隔離、治療，盡可能做到就近就地醫療。要堅持治療、護理與隔離、消毒並重，一般治療、對症治療與特效治療並重的原則。不僅應使病人康複，而且應使其病原體完全清除不再具有傳染源的作用。