當時，漢桓帝劉誌已將帝位傳給漢靈帝劉宏。但朝堂之上，宦官和外戚爭權不休，製造了“黨錮之禍”。起因是一個名士叫張儉的人，揭發大宦官侯覽的罪行，受到了侯覽、曹節等宦官集團的迫害。
這些被李元禮整治得無處遁身的宦官，惡人先告狀，汙蔑張儉和其他人結黨拉派，企圖篡奪皇位，並且聲稱李元禮是反叛者的首領。把李元禮、範滂和幾百個名士都列入了反叛者的名單，呈給漢靈帝，要求嚴懲張儉、李元禮等人。
封建皇帝最怕的就是有人想奪他的皇位，漢靈帝聽信了侯覽等宦官的誣告，不問青紅皂白，立即下令把李元禮等人抓起來。宦官們乘機在全國實行大搜捕，把平日裏他們又恨又怕的名士儒生，一網打盡，一連抓了六七百人。很多名士都被捕了，賞識孔融的李膺也跟著倒了黴。
孔融看在眼裏，急在心上，很為這些名士鳴不平。
張儉眼看自己性命不保，立即外逃避禍。張儉和孔融的哥哥孔褒關係很好，就跑到他家避難。
不巧他哥哥出門去了，隻有孔融一個人在家。張儉很著急，想離開又沒有地方去。正躊躇間．孔融已經明白了，他用大人的口吻說道：“哥哥不在家，有什麼事情你跟我說說，我興許可以幫忙。”
張儉覺得孔融太小，怕他不懂事，不想告訴他。孔融又說：“我哥雖然不在家，但我可以拿主意，決定該怎麼辦！”於是他就自作主張收留了張儉。
孔家收留張儉的事情後來被人發現，張儉再次逃走，但是卻牽連了孔家。孔融和哥哥都被官府抓了起來，投入大牢。
審訊時，在威嚴的公堂上，孔融挺身而出，主動承擔責任，說：“當時是我做主收留張儉的，跟我哥哥沒有關係，請把我哥哥放了，應該我坐牢！”
他哥哥聽了心頭一熱，沒想到當年讓梨的小弟弟，現在又來和哥哥爭死了，急忙說：“張儉是來找我的，跟我弟弟沒關係，應該我坐牢。”
主審官沒了主意，就把孔母叫來，問她到底是誰收留的張儉。沒想到老太太回答得更幹脆：“我是一家之主，應該我坐牢！”弄得在場的州郡官吏全都傻了眼，暗暗佩服真不愧是孔府之人，有仁有義，有膽有識！
可哪有讓一家子人都來坐牢的道理？
於是主審官向“上級機關”請示，最後判決由孔融的哥哥孔褒坐牢。
經過這件事之後，孔融的名聲更大了。在中原一帶，他被看做青年俊才，很多官員推舉孔融出來任職，他二十八歲時被提拔為司徒尉。
孔融為官清廉，在搞“信訪工作”的時候，隻要看到有控告官吏貪汙的信件，就認真調查並嚴加查辦，使大批的貪官汙吏落入法網。
但孔融自從與曹操有了“緣分”之後，就開始倒黴了。這個有禮有節、有智慧有骨氣的名士，和把天下人視為敵人的曹白臉自然是格格不入，孔融的厄運開始了。
那還是孔融在楊賜的司府任職的時候，何進因為沾裙帶的光，被提升為大將軍。楊賜就派孔融拿著帖子到何進的府第去道賀。
國舅升官，賀喜的人把他家門前擠得水泄不通。孔融來到何進府門前，看到前來賀喜的人太多，幾個看門人通報不迭，站在門口，趾高氣揚，對前來賀喜的人論資排輩，看人下菜碟，對於地位卑微的人就愛理不理的，態度十分傲慢。
孔融十一歲就登過李元禮家的高門坎，如何肯受這個氣？
他憤憤不平地想，真是一人得道，雞犬升天，將軍府上的守門人都這麼傲慢，真是狗仗人勢！
依他的脾氣，本想一走了之，這樣的人不配他孔融去賀喜。可他這次是受托而來，隻好忍住氣把帖子交給一個看門人，對他說：“我是楊司徒府上來賀喜的，請你稟報大將軍一聲。”
看門人不認識大名士孔融，接過帖子，連看都不看，就不耐煩地對孔融說：“今天來賀喜的人太多，大將軍忙不過來，你在門前等著，到時候我叫你。”說完，就與他認識的那些貴客們談笑去了。
敢和哥哥爭死的孔融哪肯受這樣的冷待？他走上前去，從看門人手上奪回了帖子，撕個粉碎，氣憤地說：“他忙不過來，我還沒工夫等呢！做了大將軍就可以這樣驕傲了嗎？”說完，揚長而去。
何進手下的人也從來沒遇到過敢這麼對待他的人。他比孔融還生氣，馬上跑到了何進麵前，添油加醋地說孔融如何傲慢無禮，如何辱罵大人等等。這何進本來就是屠戶出身，頓時氣得七竅生煙，立即派人要去追殺孔融。
幸虧他身邊還有明白人，及時勸阻他息怒，還給他講明了道理，說：“孔融的名氣很大，他不光是孔子的二十世孫，其門閥地位、士族資曆、聲名學問，都是眾望所歸，舉足輕重，是當朝知識分子的領袖人物哇！如果你殺了他，那麼，現在投奔到你門下的有才能的人都會走光。”
這何進再沒文化，也不想做一個光杆大將軍。可他還是意難平，不甘心就這樣被孔融侮辱。
這個明白人就進一步給何進講明白利害，打比方說明子L融的重要性。先說他是群星中的北辰，也就是北極星，天上群星都朝北鬥。又怕何進還不明白，就再打個通俗的比方，說孔融是百穀中的黍稷，黍類似於小米，稷就是小米，是當時人們的主食。