馬新貽被刺殺，意味著湘軍與淮軍之間潛伏的矛盾來了一次總爆發。
湘軍頭領曾國藩本來是“諸葛一生惟謹慎”的人物，剿滅太平軍後，更是威震四方，甚至於有功高震主之嫌。曾國藩是官場老油條，深知清廷雖有諸多軟肋，但在對漢人官員的防範上卻是手段萬千。一旦擁兵自重，莫說屯兵長江上遊的滿清大將僧格林沁、官文等會掉轉槍口對準湘軍，恐怕連漢人大臣李鴻章、沈葆楨等人也會站到清廷一邊，到時候曾國藩隻怕要落得個死無葬身之地的下場。拿腦袋去搞政治賭博的事，曾國藩決不會幹。他采取的策略是急流勇退，決定裁抑湘軍，減輕皇室疑慮，保住自己的基業和腦袋。曾國藩說過：凡辦大事以覓替手為第一。此時曾國藩尋覓到的替手，便是以李鴻章為首的淮軍。
在李鴻章來說，他也十分樂意充當曾國藩的“替手”。經過幾年苦心經營，淮軍氣象初露，大有與曾國藩的湘軍一爭高下之態勢。眼下讓李鴻章感到煩惱的，是班底裏缺乏人才，要麼是才具不足，要麼是資曆太淺，要麼是不夠可靠。算來算去，除了一個劉秉坤是翰林，在資格上可望成為督撫外，其他人皆不合要求。丁日昌倒是不錯，可惜資曆太淺，丁寶楨、沈葆楨、郭嵩燾等又都很有個性，不甘久居人下“注釋1”李鴻章搜盡夾袋，最後選中了馬新貽。
李鴻章的看重和提拔，等於將馬新貽推到了漩渦中心。雖說曾國藩處處克己，以裁抑湘軍自保，但是他手下的湘軍兄弟中有人卻並不聽招呼。特別是飛揚跋扈的曾九帥（曾國荃）對曾國藩的這套做法很是想不通。在他看來，明明是湘軍打下了江南的半壁江山，憑什麼要白白送給李鴻章？對李鴻章眼皮底下的紅人馬新貽，曾國荃尤其不買賬。
偏偏馬新貽上任兩江總督之後，又一貫以裁抑驕兵悍將為首要任務。而所謂的“驕兵悍將”，大部分是曾氏兄弟一係的湘軍。比如被薛蔭榜棍責殞命的徐有得，屬於太湖水師營，此營即為曾國藩一手設立的。自湘軍被裁，淮軍興起，曾國荃心裏就一直窩著一團火。官場上明爭暗鬥的較量通過一場偶爾爆發的妓館風波推向高潮，徐有得雖說隻是湘軍水師營中的一名小嘍噦，但卻是引爆湘軍與淮軍之爭的導火索。刺馬案發生後，官場中流傳種種猜疑，其中一個版本就是湘軍雇凶殺人。
刺馬案發生時，曾國藩正在天津任直隸總督，遠離江南是非之地。無論從哪個角度看，刺馬案都不可能是曾國藩直接指使的。但是，刺馬案疑雲四起，撲朔迷離，曾國藩再怎麼解釋仍脫不了幹係。他本來想從政治漩渦的中心逃脫出來，殊不知這樁案子又將他帶進了漩渦中。
刺馬案是同治九年（1870）8月22日發生的，一周後，8月30日上午，曾國藩接到29日的上諭，命他調補兩江總督，直隸總督由李鴻章擔任。看著諭旨，曾國藩滿臉愕然，急忙召集幕僚商談。
就在前不久，剛發生了震驚中外的天津教案，使曾國藩焦頭爛額，狼狽不堪。事情原委是這樣的：這年夏天，當地老百姓紛紛傳說法國設立在天津海河的天主教堂迷拐小孩，挖眼剖心。天津知府張光藻帶領兵丁去教堂查詢，毫無所獲。但是告狀的老百姓不依不饒，見到洋人上街便上前圍攻，丟石頭、扔垃圾。教堂領事豐大業見狀暴跳如雷，帶人找知府張光藻交涉，要求派兵丁維持教堂正常秩序。遭到委婉拒絕後，豐大業氣衝衝回教堂，恰好在路上遇到排洋情緒強烈的知縣劉傑，兩人幾句話不投機爭吵起來。豐大業掏出手槍，“砰”地一槍打中了擋在劉傑前麵的家人劉七。這一槍迅速激起了民變，周圍圍觀的數百群眾像潮水似的湧來，當場打死了教堂領事豐大業及其隨從，衝人法國教堂，扯碎法國國旗，打死十多名傳教士，最後放火焚燒了望海樓天主教堂。