就在曾國藩出京之時，張之萬和魁玉會銜的奏折到了。奏折中說，張文祥刺殺馬新貽是報私仇，其中並無主使之人。同時定擬罪名，淩遲處死。消息傳到京城，文武百官群情洶洶，認為審問結果並不清楚，斷無貿然先殺凶犯的道理，要求另派大臣，嚴究其事。不但輿論不滿，兩官太後和朝中大臣也覺得馬新貽死得不明不白，不但有傷國體，而且此風一開，中外大員心存顧忌，以後恐怕也不會放手辦事。
有人向兩宮太後提議，不如再派要員下江南，會同曾國藩參與審案。這次被推薦的主審官人選是刑部尚書鄭敦謹，此人字小山，湖南長沙人，道光進士，與曾國藩是老鄉。
三年前，鄭敦謹當刑部尚書的時候，恰好西撚東竄，山西巡撫趙長齡防剿不力，帶兵的藩司陳浞是曾國荃的姻親，性喜漁色，部下紀律極壞，慈禧太後深為震怒，大年三十派鄭敦謹出京查辦，結果趙長齡和陳浞得了革職充軍的處分，而鄭敦謹也在慈禧太後心目中樹立了鐵麵無私的形象。這次派鄭敦謹當主審官，慈禧太後期盼他能像上次山西查案一樣，能將此疑案辦得水落石出，河清見魚。
入宮請訓之後，鄭敦謹馳赴江寧。隨行的司員仍是當年查辦山西案子的老搭檔、現任刑部滿郎中伊勒通阿和漢郎中顏士璋。臨行前一天下起了大雪，紛紛揚揚的雪花在天地間飄灑，裝點起一個銀妝素裹的世界。鄭敦謹一行絲毫不想怠慢，星夜奔馳，坐轎難以行走，他們便徒步涉雪而行。據顏士璋《南行日記》記載，途中多人凍傷，他自己的藍布棉襖被樹枝多處掛破，到江寧時棉絮外露，不堪入目。
鄭敦謹一行抵達江寧之日，正是這年的除夕。天色已近黃昏，一輪渾圓的落日懸浮在古城牆的斷壁殘垣上，略顯出幾分蒼涼的味道。早幾天來到江寧的曾國藩帶著一幹人在城外長亭間等候，雙方見麵隻是一番寒暄，話題沒有提及審案事宜。
鄭敦謹這個年是在忙碌中度過的。大年初一清靜了一天，到了初二，馬新貽的胞弟、浙江候補知縣馬新祐便領了他過繼給馬新貽的兒子馬毓楨跪在欽差大臣的行轅門口，淚水漣漣，請求伸冤。好不容易勸了回去，跟著又是候補道員袁保慶來拜訪。袁保慶的叔叔袁甲三與鄭敦謹是會試同年，當年鄭敦謹看見袁保慶的時候，他還是個倜儻少年，如今已成朝廷的棟梁之才。袁保慶向來口直心快，陳述張文祥供詞中種種不合情理的疑竇時，說到氣憤處，聲震屋宇。鄭敦謹拍拍他的肩膀，請他放心，當場說道：“此次來江寧，我已做了最壞的準備，不把案子審理清楚，不回京城！”
正月初二，鄭敦謹就關起門來審案。可是在大堂上的幾番過招，使雄心勃勃的鄭敦謹領悟到，刺馬案遠比想象得還要複雜得多。一連審了14天，張文祥語言躲閃，邏輯混亂，供詞前後矛盾，但萬變不離其宗，審來審去，他隻是將以前說過的話再重複一遍，絲毫不涉及審官提出的根本問題。看著並排坐在大堂上聽審的新任兩江總督曾國藩，鄭敦謹感到這樁案子像隻紮手的刺蝟。他走過去，低聲向曾國藩請教，曾國藩臉上毫無表情，默然無語，仿佛是大堂上供奉的一尊泥菩薩。好一會兒，才淡淡地說了一句話：“如果實在審不出什麼結果，也隻好按照魁、張二公原奏之法奏結。”鄭敦謹怔怔地看著曾國藩，刹那間似乎全明白了，審訊的結果，其實早已事先安排好了。
在晚清官場中，鄭敦謹的鐵麵無私是有名的，如今遇到天大的難題，他也不能不為自己的將來著想了。自從探明曾國藩的態度以後，鄭敦謹在心上敲了一記警鍾：這案子不能深究，而且也不能拖得太久，得盡快離開這個是非之地，要不然，恐怕自己也會陷進去。
拿定了主意，他開始給自己找台階下。每天上堂，堂威喊得震天響，不過那是做給別人看的，幹打雷不下雨，場麵熱鬧卻沒有實際效果。按照鄭敦謹的想法，再來幾次堂審之後，也就可以交差了。可是孫衣言、袁保慶再也坐不住了，他們聯袂來找鄭敦謹交涉：“凶犯狡猾頑固，非動用酷刑不可！”鄭敦謹怔了一會兒，說道：“如果動用重刑，凶犯萬一死於刑下或獄中，我受處分是小事，不能明正典刑，豈不是更對不起死去的馬端敏公？再說，如果凶犯胡攪蠻纏，亂咬出幾個人來說是主使之人，你說審不審？他供多少，我們審多少，那要白白耽誤多少時間？案子什麼時間才能了結？”孫衣言不解地望著眼前的欽差大人鄭敦謹，說道：“鄭大人，你從前可不是這個樣子，為什麼？到底是為什麼？”被逼問到極處，鄭敦謹無奈地攤開雙手：“我也是不得已而為之。”