中央軍委複電接受了陳賡的意見，決定四兵團仍照原定任務行動。10月13日，陳賡即電各軍督令部隊繼續向廣州疾進。這天11時得到情報：根據各方情況，敵人可能放棄廣州，退集珠江口各嶼再退台灣、海南島左路部隊正圍殲從化、花縣之敵（11時）。即又下令：十五軍不應為琶江以南敵人抑製，主力直向廣州疾進。十四軍在清遠不停地兼程向廣州疾進；其後尾部隊應讓開道路，使十三軍迅速前進到清遠待命。當天中午，陳賡又令十五軍速組輕裝師向廣州疾進；十三軍迅速尋找船隻水運1個師到三水，主力跟進十四師，星夜向廣州疾進。陳賡在命令中強調指出：各軍如果動作稍遲，則敵將會跑光。左路軍各部隊接命令後奮勇追敵。十五軍的四十五師於13日14時追至源潭，擊潰敵一0三師、一四七師4個團、俘敵1000多人；十四軍於同日在清遠東北擊退敵二十三軍2個師的阻擊，占領清遠；十三軍主力也已經進至英德以北。左路軍連續攻占花縣、從化、增城，並迅速向廣州市推進。南路軍兩廣縱隊已進至河源地區。林平縱隊於11日進至海豐、平山間的多祝。在我軍的強大攻勢麵前，廣東各處守敵聞風潰逃，在廣州也不敢抵抗，於13日10時炸毀海珠大橋棄城逃跑。我左路軍自廣州北郊進入市中心區。廣州遂告解放。這個時候，各路部隊共殲敵2.2萬餘人，解放了廣東省的大部地區。第三次衝突就是發生在廣西戰役中。
11月23日，林彪判斷魯道源等十一兵團正向岑溪以東方向逃跑，正是殲敵於運動之中好機會。於是火速電令調四兵團的3個軍乘勝追擊魯道源所部，隻留十三軍的三十九師在廉江阻擊白崇禧部隊向雷州半島進攻。陳賡收到林總電令後，不禁搖頭咋舌。林彪的這一作戰計劃和敵情完全是南轅北轍；白崇禧的主力張淦兵團正秘密向博白、陸川一線集結，準備奪取雷州半島。魯道源的一二五軍不過是向東佯動，以掩護張淦兵團的行動。因此，必須以主力守住廉江，切斷敵人向雷州半島爾後向海南島的退路。陳賡如上向林彪作了建議。林彪的回電神速而堅決：“我決心已下，不能更改。命令各軍按規定的時間、路線出動，殲滅魯道源兵團。”並開列了行軍路線。林彪的固執是有名的。這一對師兄弟發生了爭執，誰來作裁判？隻有毛澤東。陳賡字斟句酌地向軍委作了建議，最後還不忘附了一句：各軍正待命出動，準備隨時執行四野的命令。電報主送中央軍委並報林彪、劉、鄧。陳司令員要求電台立即發出並催要回電。毛澤東的回電既快又明確：“同意陳賡同誌建議。”11月24日，中央軍委致電林彪、陳賡：廣州解放，市民歡迎解放軍。白崇禧於23日集合其所部共16個師向廉江、茂名之線攻擊，這是殲滅該敵的好機會。所以，陳賡率部嚴陣以待。至12月14日，廣西戰役結束，白崇禧集團共被殲滅17.3萬人，基本將白集團全殲於廣西境內。曾在戰場叱吒風雲二十多年的“小諸葛”白崇禧於12月3日飛離廣西。10年之後，林彪紅極一時。他取代彭德懷，當國防部長。而陳賡又被調任國防部副部長，受林彪節製。那個時期陳賡心中壓抑，在鬱鬱不樂中寫了《在祖國南部邊疆的三次追殲戰》中，以懷念自己在新中國成立前後的那段戎馬生涯。心直口快的陳賡大將在文中暗示：當時有人提出了另外一種部署，如果按這種部署，白崇禧集團就會從雷州半島逃跑了……這篇文章一直被扣到1979年9月14日——林彪爆炸後的第六個年頭，才在《人民日報》上登出。