柱花草種子的收獲在種子生產過程中是具有時間性的一步，直接影響種子的產量，因此，要事先做好一切準備工作及相關組織工作。柱花草種子的成熟狀況、植株倒伏以及苞莢開裂、收獲不及時或方法不當，都會造成柱花草種子產量的損失，而且收獲後對柱花草種子進行幹燥和清選也很必要，幹燥及清選工作對於提高柱花草種子的質量，保證種子的利用價值、種子的安全貯藏都很重要。
一、種子收獲
（一）適宜的收獲期
大多數柱花草的開花期很長，種子的成熟期極不一致，因而收獲時間是否合適，對種子的產量和質量影響很大。收獲時間過早綠熟太多，降低了種子的品質；收獲時間過晚種子自行落粒，影響產量。
最直觀的表現是種子成熟時外種皮顏色的變化，大部分莢果變成褐色是種子成熟的表現。種子的含水量與種子的成熟度有著密切的關係，隨著種子的發育成熟，種子含水量呈規律性降低，是確定種子收獲時間的最可靠指標。
柱花草種子成熟可分為綠熟期、黃熟期和完熟期。種胚的形成完成於綠熟期至黃熟前期，此時種子為綠色，含水多，質軟，種子易於破裂。綠熟期的種子幹燥後輕而不飽滿，發芽率及種子產量均很低，絕大部分不具經濟價值；黃熟前期的種子呈蠟質狀，果實的上部呈紫色，但部分種子仍保存淺綠的斑點，種子容易用指甲切斷，黃熟後期莢果褪綠，種皮呈固有色澤，種子不易用指甲劃破；完熟期的種子均具有較好的品質，它們的千粒重、發芽率和種子產量均較高，是種子收獲的適宜期。種子田麵積大，適合機械收獲，宜選在黃熟後期收割。一般來說，柱花草的種子有60%～70%的種莢變成黃褐色或褐色時進行收割，而對於種子易脫落的一些柱花草品種應分多次收獲。麵積較小的柱花草種子田則采用人工收獲，當柱花草種子成熟80%～85%時即可收獲，也可在柱花草每株花序上有3～4粒種子時收獲，此期收獲的種子飽滿，千粒重最大。
柱花草種子的收獲期因開花期的不同而不同，同一品種可能因地域不同而成熟期不一致，熱研2號柱花草在海南三亞種植，9月下旬始花，10月中旬盛花，12月下旬種子成熟；在海南儋州10月下旬開花，11月下旬盛花，翌年1月開始成熟，待種子成熟85%時即可收種。熱研5號柱花草一般在每年的9月始花，10月盛花，12月成熟並開始收種。熱研7號柱花草和熱引18號柱花草的開花期比熱研2號柱花草延遲20～30d，熱研20號柱花草、熱研21號柱花草及907柱花草的開花期與熱研2號相當。有鉤柱花草一般在每年8月開花，9～10月盛花，11～12月成熟並開始收種。西卡糙柱花草一般在每年9月開花，10～11月盛花，12月至翌年1～2月成熟並收種，具體收獲時間還與當年的氣候條件有關。
（二）收獲方法
柱花草種子收獲方式很多，一般包括四種：一是拍打收種，即將收種盤等工具放置在需要收種的柱花草草叢下方，用手或小木棍輕輕拍打柱花草，使柱花草種子脫落至收種盤內，此法適合地勢不平坦，收獲期不一致或小麵積使用；二是刈割收種，將成熟期柱花草刈割後晾曬，可直接在草地上堆放成草樓晾曬或搬運至曬場晾曬，待莖葉花序稍幹後再進行拍打；三是掃地收種，待柱花草種子完全成熟並自然脫落後，齊地麵割除地上部分並拍打後，再進行掃地收種，這種方法雖用工較多，但收獲量大，種子飽滿；四是采用機械化收種，適合於大麵積、地勢平坦地區。
1.機械收獲
一般采用聯合收割機、割草機收獲種子，聯合收割機收獲前，噴施幹燥劑或脫水劑，使柱花草莖葉脫水幹燥。噴藥3～5d後，選擇無霧無露的晴朗幹燥天氣收割，刈割高度20～40cm。
聯合收割機收割速度快，損失少，收獲率高，同時省去了捆束、運輸、曬幹、脫粒等程序。對成熟期不一致並脫粒前必須幹燥的柱花草，可采用割草機收獲，如Mineirao柱花草、熱引18號柱花草等，宜用割草機刈割後晾曬脫粒。收獲時，用割草機刈割，集成草壟草條晾曬在殘茬上，曬幹後在田間用脫粒機械進行脫粒。也可以刈割後運輸到曬場上晾曬，幹燥後碾壓脫粒或用脫粒機械脫粒，之後在曬場過篩清除枝葉。
2.人工收獲
人工收獲是柱花草種子生產麵積小或成熟期很不一致時采取的收獲方式，包括拍打收種、刈割晾曬收種和掃地收種等方式。
拍打收種是將收種工具，如彩條錦綸布、簸箕等放置在柱花草植株下，拍打柱花草莖葉或讓種子自己脫落在收種工具內，多次收獲。這種方法主要針對種質資源圃、育種家種子等，一般可收獲種子總量的30%～50%。
刈割晾曬收種是指將待收獲的柱花草刈割後，放置在草茬上堆成草壟或運至曬場晾曬，待莖葉稍幹，水分降至30%～40%時，將柱花草莖葉輕輕放置在錦綸彩條布等墊布或水泥曬場上，用木棍敲打柱花草莖葉並不斷翻抖，使種子全部脫落後，收攏並清選，這種方法適合小麵積種子田、原原種及原種的繁育收獲，一般可收獲種子總量的50%～70%。有些柱花草莖葉會分泌一種黏稠分泌物，則需要在田間晾曬2～3d後收獲，便於脫粒。
掃地收種法是20世紀80～90年代我國最主要的柱花草種子收獲方式，主要是在田間管理過程中配合中耕除草平整柱花草田間地麵，當柱花草種子成熟至85%以上時，齊地麵刈割，並將柱花草堆積成草壟，在田間晾曬3～4d後，直接用細木棍敲打柱花草莖葉，並不斷翻抖，確保種子完全脫落，然後開始清掃地麵，堆積成小堆後多次田間篩選，並運至曬場多次風選或水選，晾曬種子，有些柱花草種子藏於苞莢內，難脫粒，應多次拍打。這種方法一般可收獲種子總量的80%～95%以上，且種子飽滿，千粒重最大，品質好。如海南樂東種子場1984年刈割晾曬收種隻收植株上種子，格拉姆柱花草產量僅165kg/hm2，1987年以後改進收種方法，采用掃地收種，待85%的種子成熟時，將柱花草齊地麵刈割，堆置在一起，用木棍拍打，種子落地後用小掃帚掃集，用風選方法初步將種子從泥沙及其他雜物中分離出來，再用人工篩選，把不飽滿的種子除去，1987年格拉姆柱花草種子產量達255kg/hm2，種子收獲產量提高54.55%。
二、幹燥
幹燥包括水分從種子表麵蒸發和水分從種子中間向外表的輸導兩個過程。隻有從潮濕種子周圍除去空氣，種子才能幹燥。增加氣流量、空氣加溫，或使用矽膠等脫水劑可以加速種子的幹燥速度。氣溫越高，氣流越快，幹燥越均勻。
種子含水量是影響貯藏種子質量和壽命的重要因素，柱花草種子收獲後含水量高，耐藏性差。柱花草種子安全貯藏的含水量一般要低於12%，剛收獲的柱花草種子必須立即進行幹燥，使其含水量達到規定的貯藏標準，以減弱種子生命活動對營養物質的消耗，殺死或抑製有害微生物，加速種子後熟，提高種子質量。