2．第十一航空艦隊（十一航艦）負責協同陸軍航空兵對菲律賓、馬來進行空襲。這個十一航艦的名字有點怪，這是海軍陸基航空兵組織，雖然叫“艦隊”，其實沒有船。
3．第二艦隊負責奪取菲律賓海麵及南海的製海權，確保陸軍兵力的運輸。
4．第三艦隊負責掩護進攻菲律賓的陸軍部隊，小澤治三郎指揮的原駐印支的南遣艦隊負責掩護進攻馬來的陸軍部隊，對文萊、荷屬東印度（現在的印度尼西亞）的蘇拉威西的進攻掩護由這兩支艦隊完成。
5．進攻香港由第二遣支艦隊負責。
6．第四艦隊負責掩護進攻關島和拉包爾，組建陸戰隊，開戰時必須首先占領威克島。
7．由潛水艇組成的第六艦隊負責在開戰之前監視夏威夷，向聯合艦隊通報美國太平洋艦隊的變化，在太平洋艦隊逃出珍珠港時負責突襲。
8．第五艦隊在小笠原群島附近警戒，負責本土近海守衛。
9．如果美軍艦隊進攻，則除去第三和南遣兩艦隊之外，聯合艦隊全體轉入邀擊姿態，如果敵軍進攻在日軍進攻馬來之前發生，則聯合艦隊全體轉入邀擊姿態。
第二階段作戰：
第二艦隊回內地進行補給修理，第三艦隊負責菲律賓、荷屬東印度方麵防衛，南遣艦隊負責新加坡、蘇門答臘防衛，其餘艦隊任務不變。第三艦隊、南遣艦隊和聯合艦隊的水雷部隊負責保衛海上交通。潛水艇部隊負責破壞敵人海上交通。
這裏說明一下“水雷部隊”的意思，中文中的“魚雷”在日語中也叫“魚雷”，“魚型水雷”的縮寫，但更多的時候是叫“水雷”。所以“水雷部隊”的意思是“用魚雷做進攻武器的部隊”，主要指魚雷艇和驅逐艦，有時候輕型巡洋艦也算到裏麵來。“水雷戰專家”的意思就是此人是從驅逐艦長爬上來的，會玩魚雷，並不是說此人是布雷專家。
中文裏的“水雷”在日語中是“機雷”。“機械式水雷”的簡寫。
山本五十六的這個計劃，尤其是第一階段最後得到了幾乎100%的成功，所以山本五十六被抬到了神乎其神的地步，其實這個計劃是很有問題的。
首先第一階段的第一條中的作戰目標中列出了航空母艦、戰列艦和作戰飛機，但沒有明確寫明巡洋艦也是必須消滅的目標，“任務完成後立即撤退”也是在後來引起爭議的一句話，後任一直把突襲珍珠港不徹底的責任歸結到這種措辭。
再者這隻是一個相當於“年度作戰計劃”的東西，僅僅是詳細地說明了第一階段進攻的方向、任務、兵力分配和目的，在第一階段作戰完成以後怎麼辦則是泛泛的含糊其辭。
第三，山本的作戰計劃中沒有第一艦隊的使用，這個“第一艦隊”在日本海軍中是一個特別的存在，從日俄戰爭開始第一艦隊就直屬聯合艦隊，日本海軍最強的艦隊就是第一艦隊，第一艦隊司令部就是聯合艦隊司令部，這兩個司令部的分離還是在臨開戰前的1941年8月，當時隸屬第一艦隊的主要艦隻是戰列艦長門、陸奧、伊勢、日向、扶桑、山城、金剛、榛名、比叡、霧島這10艘日本全部的戰列艦，重型巡洋艦青葉、衣笠、古鷹、加古，輕型巡洋艦北上、大井、阿武隈、川內和航空母艦鳳翔、瑞鳳。直到1944年豐田副武大將在聯合艦隊司令長官的任上被美國人逼著不準在海上混事，從軍艦上搬家到了地上的防空洞裏，這樣聯合艦隊沒有了旗艦，同時也就沒有了第一艦隊。
但現在如此強大的第一艦隊，除了抽出了戰列艦比叡和霧島以及第一水雷戰隊旗艦阿武隈帶著第十一驅逐隊的穀風、浜風、浦風、磯風這四艘驅逐艦加入一航戰參加突襲珍珠港之外居然沒有具體動作安排。