但山本五十六也不是混的，派出心腹的聯合艦隊先任參謀黑島龜人大佐攜帶自己的親筆信赴東京軍令部，言明如果不同意他的作戰方案，就掛烏紗帽，誰有能耐打英美誰去打，本老爺不伺候。
軍令部總長已經從皇族的伏見宮換成了永野修身大將，永野在山本的威脅下屈服了：“如果山本有這種自信就照他說的去做吧。”
可能是出於因循守舊的原因，日本人特別喜歡看統計數字，看曆史資料，這次他們忘記了看統計數字和曆史資料。甲午戰爭和日俄戰爭在開戰之前都發生過軍令部和聯合艦隊司令長官意見不一致，結果是用伊東祐亨換下了中牟田倉之助，用東鄉平八郎換下了日高壯之丞。這次又在軍令部和聯合艦隊之間出了矛盾，按曆史規矩應該是撤換山本五十六的聯合艦隊司令長官才對，可是這次的軍令部對自己的作戰方案沒有任何自信，不敢堅持，海相島田繁太郎更是由已經退休了的伏見宮一手栽培起來的，完全是傀儡。本來島田對在這個時候當海軍大臣就不感興趣，剛上任時還想反對開戰，後來被伏見宮罵了幾句又趕快表態，說“如果是因為我海軍大臣一個人反對而貽誤了戰機就太對不起了”。到了後來又成了東條英機的傀儡，被人譏笑為“東條英機的副官，東條英機的褲腰帶”，戰後島田被作為甲級戰犯抓了起來，當時人人都認為作為開戰海相，島田這次肯定逃不了絞刑，最後在法官投票時，11個法官他拿了5票，這一票幫他逃脫了絞刑。所以島田對怎麼打法根本沒主意，隨便你們怎麼辦。
軍令部到最後算是同意了，但統一聯合艦隊內部的思想花了好大一番周折。1941年山本找來當時第十一航空艦隊參謀長大西瀧治郎少將，秘密交待了研究用艦載機攻擊珍珠港的任務。大西領命而去後找來了海大35期次席畢業的軍刀組，剛剛晉升中佐的源田實來一起研究。源田實當時剛剛從駐英武官卸任，親眼看到了不列顛空戰，是堅決主張航空主兵論的有名人物。源田實當時的名氣是原自其飛行技巧，當時日本到處都搞什麼“獻納航空機”的捐獻活動，每次都是源田實少佐帶人出席這種集會，駕駛捐獻來的飛機表演特技飛行，“源田實特技飛行隊”在日本很有人氣。
“不能把所有的雞蛋放在一個籃子裏”是一句有名的西方諺語，這句諺語對當時的航空母艦的使用也產生了很大影響。航空母艦是進攻性武器，但是航空母艦最大的弱點就是防禦性能差，一旦航空母艦被擊沉，籃子裏所有的雞蛋都完了，所以當時世界海軍的常識就是航空母艦是單獨行動的，相互之間的距離在50到100海裏。
如果進攻夏威夷的6艘航空母艦之間一定要保持這個距離的話，夏威夷周圍甚至都沒有足夠的海麵來容納進攻部隊，進攻是不可能的。
一次在看新聞電影的時候，源田實無意中看見美國航空母艦列克星頓、薩拉托卡、企業號和黃蜂號在編成一字縱隊航行，雖然沒有進行起飛降落的飛行動作，但這個鏡頭給了源田實一個新的思路：航空母艦能不能和戰艦一樣的編隊行動？
1941年2月，源田實的第一份研究報告《用艦載戰鬥機加強母艦的防衛能力》是在進攻珍珠港的可行性研究上邁出的第一步。
1941年4月，大西帶領的源田研究組把突襲珍珠港的草案交給了山本五十六，山本五十六又把這個草案交給聯合艦隊先任參謀黑島龜人大佐最後定型。這個被人稱作“仙人參謀”的怪物黑島，把自己關在艙房內幾乎整整一個月，最後交給了山本五十六一份詳細的作戰方案。