馮射擊以後沒有停車，迅速向前騎行，按照原定計劃繞回西四家中去了。李振英則迅速發出“得手”信號，通知葉、劉等中止刺陳的行動，迅速轉移。
吳菊癡的死給北平日偽方麵極大的震動，但當天進行的大搜捕卻一無所獲，抗團的人員已經如魚入大海，脫身而去了。
刺殺吳菊癡是抗團一次相當成功的行動，但也直接導致了日軍“八月大逮捕”的迅速展開。八月大逮捕，指的是日軍1940年8月上中旬在北平天津聯合進行的，針對抗團的大規模搜捕行動。這一次行動抗團成員共計被捕四十餘人，北平大部分骨幹入獄，天津也遭到重創，李如鵬等犧牲。殘存人員繼續堅持一時十分困難，遂組織部分骨幹人員從天津撤離，將抗團總部轉移至重慶。此後軍統為抗團成員提供電台和武器，進行人員訓練，經過一個恢複時期，從1942年起，又陸續返回平津開展活動，直至抗戰的勝利。
值得一提的是八月大搜捕讓抗團遭到重創時期，日軍不自覺的放鬆了對於軍統組織本身的壓力，軍統的正規特工乘機抬頭，直接投入行動，給了日偽方麵更大的打擊。軍統特工在華北的一對殺星王文和麻景賀連續出手，先後製造了槍擊日本天皇特使、爆破南苑飛機場、刺殺日軍高級顧問山本榮治和大漢奸王克敏等一係列驚人的案件。及至1941年初軍統的行動遭到日軍反撲進入低潮以後，共產黨的“別動隊”又開始活躍於北平城內外，其主要成員多有1939年從抗團中退出的共方成員（抗團早期成員中國共間雜，1939年，因抗團的國民黨軍統背景逐漸暴露，國共合作也已經出現裂痕，抗團中的親共人員陸續脫離，卻僥幸躲過了八月大搜捕的劫難）。
所謂野火燒不盡，春風吹又生。
實際上日本方麵注意到平津地區抗團活動已經有相當長的時間，隻是幾次采取行動都因為抗團社會關係複雜，消息靈通，成效極微，沒有能夠給抗團以致命打擊。因此日軍方麵采取放長線釣大魚的方式，試圖在盡量掌握抗團組織的全貌後，將其一網打盡，吳菊癡被刺起到了催化劑的作用。1940年8月，日本華北特高課和北平憲兵隊牽頭，行動當天之前不和北平偽警方聯係，直接調動偽滿警察進入北平，利用已經掌握的線索對抗團成員開始了大逮捕。因為幾次行動成功，抗團內部不免有輕敵驕傲情緒，防範不周，在日軍的大搜捕中李振英、孟慶時、紀鳳彩、鄭統萬、鄭昆侖等紛紛被捕。其中李振英等本來身處燕京大學校內，日軍逮捕並不容易，但卻被日軍利用軍統叛徒曲某發出通知，誘燕大抗團成員開會。李振英不知是計，和王知勉、李澄溪等出校即被捕。另一個燕大抗團成員吳壽貞出校稍晚，恰好看到李振英被捕，立即退回校園，後在張東蓀和侯仁之兩教授的幫助下西去遊擊區，吳後來在西山參加遊擊工作時在戰鬥中犧牲。
馮運修也在日軍逮捕名單之列，8月6日深夜，日本憲兵隊包圍了馮在西四北四條的住所，警覺的馮運修立即發覺有變，悄悄起床並取槍走出臥室。此時，日軍尚未完全合圍，如果他立即越牆逃走，並非沒有生理。但馮運修負責抗團組織材料和行動文件的保管，假如這些材料落入日軍手中，後果不堪設想。因此，馮立即攜帶文件退到廚房，將其焚毀。
這時日軍即破門而入，衝入馮家小院，將馮運修的父親、弟弟等人捕獲，隨即發現馮藏身的地點，日本特務即喊話叫馮投降。馮不予置答，繼續冷靜地燒毀文件。日軍聞到燒紙的味道，恍然大悟，試圖強行衝擊，馮運修果斷開槍反擊。因為他射擊準確、彈藥充足（馮亦負責保管北平抗團的槍支彈藥），僵持良久，特務們隻攜帶短牆，壓不住馮運修的火力，無法靠近馮家廚房。這時，周圍居民紛紛被槍聲驚醒，意識到有人在和日軍槍戰。
槍戰中投身日本憲兵隊的漢奸袁規（北平憲兵隊特務科科長）心生一計，將馮運修的父親推在前麵擋子彈來逼近馮的藏身之地。但袁未想到馮槍法極好，一槍擦過其父耳邊正中探頭窺視的袁規臉部，袁應聲倒下。日偽特務紛紛上院牆，一麵勸降，一麵對馮運修藏身之處射擊。馮寧死不降，從窗口奮力還擊，槍戰中一名叫西城吉次的日本憲兵被馮運修擊中，從院牆上落入院內斃命。打到中間日軍將機槍架起來對馮家廚房中掃射，馮的槍聲才告終止。特務進入房中檢視，發現馮運修身中數彈，已經不屈而死。馮的右手中彈，左手持槍，顯然是右手負傷後依然死戰良久，但所有文件都已銷毀，無法辨認了。
馮運修犧牲的時候，年僅19歲。他和日軍進行槍戰的消息，第二天北平的報紙曾有報道。
因為馮運修的父親同時被捕，他犧牲的前後經過才得以流傳下來。而且，馮運修的父親也對抗日頗為同情，巧妙地向抗團成員傳出了馮已將文件銷毀的消息。因此得知消息的抗團成員多能咬牙堅持，不承認日偽的指控，頗有一些人因此而無法定罪，最後得以逃出魔窟。
1941年軍統紀念曆年殉國人員的四一大會上，馮運修也在紀念名單之列，並有照片受祭。但按照幸存的成員所說，包括馮在內的抗團成員，除李如鵬外，其實並不是軍統的成員，其頑強不屈直至以身殉國，並非為了榮華富貴，不過因為有一腔愛國的熱血而已。