霍梅尼的言行激怒了薩達姆，也使兩國關係進入緊張狀態。薩達姆下令逮捕了伊拉克什葉派領袖，並支持伊朗反對派的行動。兩伊關係進一步惡化，多次發生邊界衝突。
1980年9月17日，薩達姆宣布廢除關於兩國邊界劃分的《阿爾及爾協議》，收回阿拉伯河主權。9月22日，伊拉克出動10萬兵力、1000輛坦克，分3路在近1000公裏的邊界線上全麵出擊，打響了兩伊戰爭。伊拉克采用的是突然襲擊的作戰方針，伊朗處於被動挨打境地。戰爭開始階段，伊拉克相繼占領了北起席林堡南至霍拉姆沙赫爾的伊朗2萬多平方公裏的土地。1981年9月起，伊朗局勢趨於穩定，接連組織4次反攻，收複了除北部外的大部分土地，兩伊戰爭開始處於膠著狀態。1982年3月起，伊朗接連發動代號為“勝利行動”、“聖城行動”和“齋月行動”的大規模進攻，戰場形勢發生變化。
1982年6月初，伊拉克表示，隻要伊朗同意停火，伊拉克軍隊立即準備在兩周內全部撤回國際邊界，結束一切形式的武裝行動，但這一提議遭到伊朗拒絕。在此情況下，伊拉克主動從伊朗撤軍，旨在保存實力，加強邊界防守。1982年10月至1987年冬，兩伊戰場再次處於膠著狀態。雙方發動“油輪戰”、“襲城戰”等，競相襲擊對方的石油基地、中心城市和其他重要的經濟、軍事目標及海灣油輪。在戰場上，兩伊互有攻守，集結重兵頻頻發動一係列攻勢，但雙方在軍事上的均勢未能打破。1988年，伊拉克變單一防禦戰略為以收複失地為目標的新戰略，在南部戰場發動主動進攻，收複了法奧半島、薩拉姆傑地區和盛產石油的馬季農島。
兩伊戰爭引起國際社會極大關注。為使這場戰爭早日結束，聯合國、伊斯蘭國家、不結盟運動及有關大國對兩伊進行了大量調解工作。1987年7月20日，聯合國安理會通過了關於結束兩伊戰爭的第598號決議。決議要求兩伊立即停戰，把一切軍隊撤到國際邊界內；聯合國秘書長派觀察員監督停火與撤軍；交戰雙方釋放和遣返戰俘；委托一公正機構調查衝突責任問題；在適當國際援助下進行戰後重建工作；就一切未決問題達成雙方都能接受的全麵、公正和體麵的解決方案。伊拉克當即表示接受這項決議，伊朗開始既不接受也不拒絕，直至1988年7月才正式表示接受。8月，兩伊實現陸、海、空全麵停火，隨即在聯合國秘書長主持下，兩伊開始直接談判，討論落實安理會第598號決議有關的問題。
1990年4月，兩伊關係出現轉機，伊拉克總統薩達姆致信伊朗總統拉夫桑賈尼，提出希望兩國首腦舉行直接談判，解決兩國間的問題。6月，伊拉克主動向伊朗提供地震救災物資，伊朗方麵表示感謝。7月，兩伊外長在日內瓦舉行停火以來的首次直接會談。8月，伊拉克宣布從伊朗撤軍，交換戰俘，在1975年《阿爾及爾協議》基礎上解決兩國邊界問題，伊朗對此予以響應。
3.海灣地區的精神領袖
伊拉克總統薩達姆從１９７９年起就任革命指揮委員會主席，執政時間長達３４年。
在任期間，薩達姆分別與美國5位總統——卡特、裏根、老布什、克林頓以及現任總統布什——打過交道，分別經曆卡特時代的美伊斷交期（1967年中東戰爭後，美伊斷交）、裏根時代的美伊蜜月期（1984年兩國複交，美派特使訪伊）、老布什時代的海灣戰爭、克林頓時代隔三差五的空襲以及現任總統布什的第二次海灣對峙。
1990年8月，伊拉克憑借自己在軍事力量上的優勢，在10小時內將科威特占領並宣布其為伊第19個省。得道多助，失道寡助，伊拉克的侵略行徑遭到多國部隊的沉重打擊和聯合國的經濟製裁。
然而，在海灣戰爭後的12年中，薩達姆沒有被貿易禁運和美英數萬架次戰機侵入所謂“禁飛區”的行動限製，反而四處尋找機會，爭取與外界的聯係，並通過斡旋和外交手段逐步贏得國際社會中的一些同情和支持。在這12年中，伊拉克先後與伊朗、敘利亞化敵為友，還敞開國門、開放經貿往來，在巴格達召開的數次經貿洽談會中，同俄羅斯、阿拉伯國家和一些西方國家公司簽署了數百億美元的合同。