天然珍珠主要是生長在溫帶，水深8~15米左右的海水中。是海水中的細菌，氣泡或沙礫等微小物質進入珍珠母貝體內，觸及到外套膜後，珍珠母貝受到了刺激，便分泌出來珍珠質將異物包裹起來，長成近圓形的球形珍珠.天然珍珠在國際上，按產地分為東方珠和南洋珠兩種。
東方珠——東方珠也常用來作為天然珍珠的代名詞，主要產地有兩處：
波斯灣產區：位於伊朗以西，沙特阿拉伯以東的波斯灣海域，采撈天然珍珠主要集中在波斯灣的西部，沙特阿拉伯境內的淺海區。該區產的珍珠品質優良，在白色、乳白色載體色上，伴有綠色暈彩、強珍珠光澤。每年一度的巴黎珍珠交易市場上，90%以上的中、上等天然珍珠來自該區。
斯裏蘭卡產區：斯裏蘭卡產的珍珠來自馬納爾灣。珍珠呈白色或奶白色，載體色上伴有綠、藍或紫色的暈彩。
南洋珠——南洋地區包括緬甸、中國、菲律賓和澳大利亞，在這些地區所產的天然珍珠稱南洋珠。南洋珠粒大、形圓、色白，具有強珍珠光澤，又稱“銀光”光澤，亦屬世界名貴的珍珠品種。天然珍珠多呈圓形，橫截麵由裏及表，全是一層一層極薄的同心圓形珍珠層疊加而成。肉眼識別的主要依據有下述三點：
顏色：天然珍珠的體色主要是白色、奶白色、粉紅色，偶爾見到灰黑色。其上伴有玫瑰色、藍色、綠色等絢麗的暈彩。
形狀結構：天然珍珠多呈現球形，將其放在一個挖有小洞的紙盒上方，將強光手電筒放進紙盒中透射，見到的是一個結構均勻的微透明球體，沒有像人工養殖的有核珍珠那樣，有條紋狀的內核。
表麵丘疹：珍珠是一種生物產品，在珍珠表麵有一些丘疹狀的病灶，大的丘疹用肉眼可以看到是凸起的小皰，小的丘疹用牙輕輕的蹭一下，或者兩粒小珠對著摩擦，均有明顯的沙粒感。