1626年，後金汗王努爾哈赤乘明朝內亂，率八族精銳長驅直入。其軍“前後如流，首尾不見，旌旗劍戟如林”。十幾萬大軍直逼由明朝大將袁崇煥鎮守的寧遠城下。努爾哈赤派間諜去誘降袁崇煥，袁崇煥斷然拒絕道：“義當死守，豈有降理！”
然而，袁崇煥僅有兩萬兵力。為了固城死戰，袁崇煥動員了全城軍民，刺血作書，激勵士氣，並派武官生把守街口巷尾，盤查奸細，捕捉內奸。嚴格保守了寧遠城內的軍事兵力、布防、儲備等機密，使努爾哈赤無法偵知。
幾天後，努爾哈赤發起了強大的攻城戰。袁崇煥一麵用紅夷大炮猛轟，一麵又派敢死隊縋城出擊。經過六天六夜的激戰，努爾哈赤中炮負傷，隻好解圍退兵。自命“戰無不勝，攻無不克”的努爾哈赤對袁祟煥“大懷忿恨”，不久傷重去世。
袁崇煥得間諜密報努爾哈赤去世，便“遣使吊，且欲以知虛實”。他一邊跟新即汗位的皇太極談判停戰，一邊又爭取時間加緊重修寧遠城。皇太極也“遣使報之，崇煥欲議和，以書附使者還報。”然而，皇太極豈能忘殺父之仇！不久，他便率十五萬大軍兵臨寧遠和錦州城下。雙方大戰一月有餘，不分勝負。袁崇煥命令號稱“萬人敵”的名將祖太弼，率敢死隊出城反擊，祖大弼一馬當先，直衝皇太極而來，他揮舞馬刀，差一點砍傷皇太極的坐騎。皇太極見“士卒死傷甚重”，“大放悲聲”，憤然而還。袁崇煥指揮的這場寧、錦保衛戰，使皇太極大傷元氣，史稱“寧錦大捷”。
同年八月，崇禎帝即位。任袁崇煥為兵部尚書兼右副都禦史，督師薊遼。袁崇煥赴任前，崇禎召見了他。崇禎問他何日能打敗皇太極，收複遼東失地。袁崇煥誇口道：“五年之內。”崇禎大喜，賜給他一柄尚方寶劍，授予他先斬後奏的權力。袁崇煥為了擴大自主權和防止奸臣的讒言誣陷，特地對崇禎說：“我大明朝現在急於消滅皇太極，他們也一定會大行反間。而我作為一個戎邊大將肯定會碰到許多意想不到的陰謀及困難，望皇上明察支持我。”崇禎都一一應允。
為了實現“五年複地”的承諾，袁崇煥一上任，就不顧崇禎和文武大臣的反對，與皇太極取得秘密聯係，企圖以巧妙的和談技巧和重金厚幣，來誘使皇太極交換遼東土地。然而，他怎麼也沒有想到，皇太極是一個極為善於用間的高手。他在與袁崇煥進行“和談”的同時，殫精竭慮設下了一個連環間諜陰謀：
皇太極利用袁崇煥急於交換遼東的心理，寫了一封密信給他，信中假意答應袁崇煥的要求，但附加上了一個條件：殺掉毛文龍。毛文龍是鎮守遼南海中戰略重地——皮島的總兵官。袁崇煥早年與毛文龍結有私怨，於是便應允了。皇太極為了讓袁崇煥掌握毛文龍的“謀反罪證”，能名正言順地殺掉他，又向袁崇煥提供了偽造的毛文龍暗通後金陰謀反叛的幾封密信，信中說：“爾(指皇太極)取山海關，我(指毛文龍)取山東”，“我雖為此地之官，而歸順之心常有也……上(指皇太極)誠有意於我，如我用時，遣人來告。”
1629年夏天，袁崇煥攜帶尚方寶劍和“密信”，登上皮島。他以觀將士校射之名，把毛文龍騙到山上捉住，曆數其十二大罪狀。然而，袁崇煥問毛文龍部將說：“毛文龍如此罪惡，你們說該殺不該殺？如果我屈殺了他，你們就上來殺掉我。”部將誰敢冒犯兵部尚書，連說該殺。袁崇煥又對毛文龍說：“我如果不殺你，這一塊土地就非皇上所有了！”於是喝令旗牌官執尚方寶劍斬殺毛文龍。這一消息傳到京師，崇禎“意殊駭”，“天下聞之，詫為奇舉”。袁崇煥自以為可加速收複遼東失地，殊不知他正在加速向皇太極布下的死路走去。
三個月後，皇太極突然親率十萬大軍，實施了一個奇怪的軍事行動：他避開袁崇煥重兵把守的寧錦防線，繞道蒙古直插北京。部將親信們不解其中奧妙，紛紛勸諫他不可“孤軍深入，勞師襲遠”。因為稍有不慎，將導致全軍覆滅。皇太極卻堅定地說：“我意已定，休得多言！”袁崇煥得知皇太極繞道入關，立即率大軍連夜回援北京。