首先，運氣理論強調“謹奉天道”（《素問·六微旨大論篇》）的開放係統思想，即把對人體病理生理的研究置身於宇宙宏觀的一部分，以天道的宏觀思想指導醫學研究。也即把人的病理生理與天道氣化統一起來，並以天道氣化為主宰，體現了中醫傳統理論的最高優勢。人這個小宇宙是犬宇宙的一部分，和大宇宙息息相關。因此人的一切疾病，元不受著天道氣他的影響，立足於這一指導思想，中醫的任何一個病的研究都應以運氣的宏觀天道為指導，這就是研究中醫藥要以天道氣化為主導因素的緣由。
其次，運氣理論強調天道（包括天象、地象），氣化（包括氣象）人象（包括病候）是一個統一的整體，一個開放的超巨係統。從而突出對人象的研究不能孤立地、局部地進行。必須置身於這個整體之中。天道通過氣化影響於人象，人象是對關道氣化的反映。因此對人體的研究必須時時刻刻和天道、氣化這個整體相聯係。也即於人體研究既要注意內環境，又要考慮外環境因素，因為導致疾病的產生是內外環境關係的破壞。
再次，運氣理論強調動態的平衡原理，這是科研方法的至理。動和靜是一對矛盾的統一體，動，強調事物是永恒的運動。靜則指事物的相對平衡，動在運氣理論中集中反映於氣機升降運動。靜則體現於自衡機製即“亢害承製”，因此，運氣原理在指導科研時要善於應用運氣“亢害承製”原理及氣機升降運動原理為具體指導。
總之，由於運氣哲理具有豐富的高水平的哲理和辯證法思想。故應用這些思想指導中醫的科學研究具有十分重要的作用。
二、運氣理論有較強的邏輯思維
運氣理論有較強的邏輯思維，尤其是推理思維，對科研方法的指導價值很大。運氣理論的歸納推理、演繹推理和類比推理都很精湛，對中醫的科研方法很有指導意義。因為中醫理診具有“黑箱”方法和“模糊數學”的特點，因此更需要有嚴密的邏輯推理為輔助。因為運氣理論是依據觀象包括天象、人象等征象來探索人體“黑箱”的，沒有較強的邏輯思維難以揭示“黑箱”規律，運氣理論的邏輯思維正顯示了這一優勢。因此，進行中醫科學研究，必須把握運氣的邏輯思維。（詳見第二十七章運氣光輝的哲學思想及其價值第四節）
三、運氣理論具有中行的思想方法
中和，是科研方法的重要指導思想，在中醫科研方法中尤為重要。
中行，即中正平和，最早導源於《易經》的“中行”思想。如：
中行無咎。（《易·卦》）
中行即“中直”（《易傳·同人·九五》：“同人之先，以中直也。”）也即“中道”（《易轉·蠱·九二》：“幹母之蠱，得中道也。”），“中正”（《易傳·同人·彖》：“文職以健，中正雨應。”
孔子提出“過猶不及”。
老子提出“衝和”（“衝氣以為和”《道德經·四十二章》）守中（“多育數窮，不如守中”《道德經·五章》）