迫於局勢，隆美爾於４日下午３時３０分斷然下令撤退。這樣隆美爾率領其部隊開始了艱難的撤退，德軍將４個意大利師的淡水儲備和汽車全部帶走。第二天早晨，接到希特勒同意撤退的命令，但為時已晚，富卡防線已無法據守，德軍隻得繼續向西撤去。
英軍正在阿萊曼追擊潰逃的德意聯軍。從11月５日起，英國第８集團軍開始展開了對隆美爾軍隊的追擊行動，中午便抵達富卡與德軍展開激戰。隆美爾原打算在富卡稍做停留，以便等待隨後跟進的步兵，可是不久，英軍一支強大的迂回縱隊迅速向德軍的南麵側翼挺進。隆美爾擔心被包圍，深思熟慮後，當晚便撤向馬特魯。英軍繼續追擊。６日下午開始下暴雨，道路泥濘，英軍經受著疾風暴雨的吹打，補給、油料未能跟上，妨礙了英軍的追擊行動。７日整天，英軍３個裝甲師均未能繼續前進。翌日清晨，英軍巡邏隊進入馬特魯港後，發現隆美爾已於夜間離開，向西撤往薩盧姆。
這樣，從1942年11月５日起，英軍一路追擊退卻之敵，一路收複埃及、利比亞失地。１１月１０日，英軍占領西迪拜拉尼，第二天占領薩盧姆和拜爾迪耶，２０日占領班加西，直至１９４３年1月２３日占領利比亞首都的黎波裏，迫使軸心國軍隊退至利比亞-突尼斯邊境。２月１６日，隆美爾軍隊停止撤退，占據突尼斯馬雷斯防線，準備在非洲作最後的殊死抵抗。
全線崩潰
英國在阿拉曼戰役中乘勝追擊。阿萊曼之戰對於交戰雙方來說都是一場決定性戰役。軸心國部隊如果突破英軍在埃及的這最後一道防線，就可以長驅直抵蘇伊士運河。然而，德意軍被圖卜魯克的勝利衝昏了頭腦，決定放棄攻占馬耳他島的計劃，繼續向埃及進軍，從而釀成戰略決策上的大錯。馬耳他島的存在，對軸心國的非洲補給線始終構成威脅，而希特勒重心放在東線，又不肯分兵隆美爾，結果導致德意軍兵力兵器數量處於劣勢，嚴重缺乏彈藥、油料、糧食和飲水等。應該說，麵對強大的英軍，隆美爾采取了相對正確的戰術——打一場陣地戰，尤其是大麵積的布雷區，在戰役初期有效地遲滯了英軍的進攻。但是，這並沒有挽回殘局，隆美爾因補給不足，部隊喪失機動和持續作戰能力，最終被英軍擊敗。軸心國奪取北非的企圖也隨之破滅。
麵對嚴峻的北非戰局，英軍全力以赴，投入一切人力物力抵抗德、意軍進攻，首先從物質上保障了戰役的勝利。在整個戰役過程中，英軍充分發揮海、空軍優勢，製空權和製海權，阻撓、破壞並封鎖了德軍的後勤補給，同時保證了己方補給線暢通無阻。尤其是英軍的空中優勢起了決定性的作用。有時，轟炸機一天出擊多達800架次，戰鬥機、戰鬥轟炸機和低空攻擊機出擊２５００架次，空軍近距離支援地麵部隊的作戰技能也得到長足的發展。反之，德軍的俯衝轟炸機一天最多出擊60架次，戰鬥機最多100架次。英軍戰鬥車輛的作戰性能也大大超過德軍。如英軍首次使用的美國Ｍ４型“謝爾曼”中型坦克，在戰役中發揮了重要作用。
由於在兵力兵器方麵占據優勢，英軍可以在主攻方向上集中絕對優勢的兵器支援步兵作戰，數以千計的火炮攻擊和強大的轟炸機波的空中攻擊，使步兵能較順利地突破和攻占德軍的防禦陣地。此外，英軍在作戰中采取的欺騙措施和“超級機密”提供的可靠情報，也保證了戰役的勝利。
阿萊曼戰役大大削弱了德、意非洲集團軍實力。隆美爾率殘部逃離阿萊曼時，僅剩３６輛坦克，而意大利的４個師全部被殲。德意軍共計死亡2萬人，被俘３萬多人，損失火炮１０００多門、坦克４５０輛。英國第8集團軍傷亡1.３５萬人，損失火炮100餘門，坦克５００輛。
德意軍在阿萊曼的失敗，導致希特勒的鉗形攻勢的徹底破產，使德意喪失了非洲戰場的戰略主動權。英軍按預定計劃，將德意軍逐出利比亞、埃及，取得了這場戰役的全麵勝利，它宣告了軸心國企圖占領北非、建立地中海帝國願望的破滅，對北非的形勢，乃至整個地中海戰區的形勢，都產生了重大影響。因此，阿萊曼戰役成為第二次世界大戰非洲戰場的轉折點。