特別行動部隊司令部曆任總司令：1987年，從首任總司令林德塞將軍開始，迄今已有7任總司令：
詹姆斯·J·林德塞（1987年4月16日～1990年6月27日）；
卡爾·W·史延納（1990年6月27日～1993年5月20日）；
華納·A·唐寧（1993年5月20日～1996年2月29日）；
亨利·H·薩通（1996年2月29日～1997年9月25日）；
彼德·J·斯古梅克（1997年11月5日～2000年10月20日）；
查爾斯·霍蘭德（2000年11月至今）。
每一任總司令在任期內都麵臨著不同的挑戰和機遇。特別行動部隊司令部自成立以來，國際局勢發生了許多重大變化，前蘇聯解體、美軍縮編、出現新的敵對國家、地區不穩定因素、大規模殺傷性武器數量增加等等，特種部隊擔負著越來越艱巨的任務，常規部隊、美國駐各國大使和其它國家部門越來越多地使用特種部隊。
按1987年《參謀首長聯席會議手冊》71～81頁所描述，特別行動部隊司令部的職責，是完成所擔負的常規任務，在總統和國防部長的直接授權下，計劃和領導特別行動。主要任務是：最後兩項任務，“根據MFP-11財政計劃，提出、落實預算計劃”和“發展、實現特殊行動所需裝備、材料、供給和服務保障”，使特別行動部隊司令部比其它任何一個聯合司令部都特殊，在承擔責任的同時，它擁有相應的權力。國會賦予特種部隊司令部異乎尋常的權威，它能夠獨立控製特種部隊的結構、裝備和資源。
特別行動部隊司令部的結構，是首任總司令林德塞將軍建立的，它沿用了典型的“聯合首長”製。1988年6月，他對這一結構做了兩處調整：J8（資源）首長負責執行MEP-11財政計劃，增設J9首長，負責心理戰和民間事務。
對司令部任務的陳述，涉及地理政治學的變化。隨著前蘇聯的解體，和地區不穩定因素的增加，對特種部隊的能力提出了新的要求。為適應形勢的發展，反映出特種部隊大量參加維和與人道主義援助的新特點，1993年，唐寧將軍修訂了特種部隊司令部的行動綱領：“在和平時期和戰時，隨時有效地在世界範圍內領導特別行動、民間事務和心理戰行動，服務於地區作戰司令、美國大使及所在國家軍隊和其它政府機構。”
特種部隊的行動綱領中，還增加了反大規模殺傷性武器、信息戰和控製衝突，加強了防禦措施，增加了反恐怖主義的任務。為了更有效地使用特種部隊，薩通將軍繼續對司令部的任務、目標和前景進行了修訂，1996年10月，他對特種部隊的行動綱領做了較小的變動：“在和平時期和戰時，為國家總指揮權、地區作戰司令、美國駐各國大使，及所在國家軍隊提供特別行動部隊，在世界範圍內有效地領導特別行動、民間事務和心理戰行動。”
1997年10月1日，薩通將軍榮升參謀首長聯席會議主席，新當選的總司令斯古梅克將軍繼續了對行動綱領的修訂，他為特別行動部隊提出了新目標：“要成為世界上現存的最有能力、適應性最強的特別行動部隊，立誌擁有最卓越的官兵和最高的專業水準。”
盡管不斷修訂，行動綱領的本質是保持不變的。但對於司令部總部的結構，斯古梅克將軍要大刀闊斧地進行改革。他的前任在機構改革方麵已經做了一些嚐試，如合並職能相似的部門、實現流線型辦事程序和重組人力資源等。作為一個前下屬部隊的司令，斯古梅克將軍認識到，司令部總部沒有把工作的重心放在關鍵的部門，而那些被忽視的部門才是特種部隊的核心所在。他大膽撤消了傳統的“J-首長聯席製”，將作戰與後勤部門合並為5個“完美中心”，每個中心各由一名一般軍官、高級軍官或高級文職執行官負責。重組保證了司令部總部的工作以戰略作戰為中心。J3和J5處合並為行動、計劃和政策中心（SOOP）；作戰模擬和準備處（J7）與計劃和審計處合並為軍事結構、準備、資源和戰略評估中心；情報和信息行動中心（SOIO）包括命令、控製、通訊、計算機和資訊係統處（J6）、情報處（J2）和信息行動處（J3）；準備中心和後勤處組成了特別行動後勤采購中心（SOAL）；指揮服務中心包括人事處（J1）和特別參謀辦公室。重組後的司令部總部確保各種資源的合理應用，使它能更好地為特種部隊、地區總司令和美國駐各國大使服務。