要使特別行動部隊司令部真正發揮作用，它下麵要有所屬部隊，這是無可爭議的。組建司令部的有關法律這樣規定：“除國防部長的指令外，所有駐紮在美國的現役和預備役特種部隊，都接受特別行動部隊司令部的領導。”當時的國防部長肯斯帕·溫伯格簽署了命令，確定了他下屬的三個司令部和大部分部隊：駐紮在佛羅裏達赫爾伯特的第23航空軍、總部設在加利福尼亞聖地亞哥的海軍特別作戰司令部，和駐紮在北卡羅來納布拉格基地的陸軍第一軍。1987年8月14日，特別行動部隊司令部成立之後，溫伯格又簽署命令成立了聯合特別行動司令部，此後，它變成了特別行動部隊司令部下屬的一個部門。
劃歸到特別行動部隊司令部時，第一軍是負責美國陸軍所有特別行動的部隊。它的任務是準備、提供、支持陸軍的特種部隊，領導對外協助防禦、非常規作戰、特別情報、心理戰、突擊行動以及其它相關的特別行動。它的下屬部隊包括第1、第7和第10特別行動隊、第4心理戰隊、第96民間事務部隊、第75遊騎兵團、第160特別行動航空大隊、預備役部隊的國防軍部隊以及約翰·肯尼迪特別作戰中心和學校。
但是，這些單位並非全部歸屬到特別行動部隊司令部。溫伯格部長保留了心理戰和民間事務部隊。1987年年初，國防部長辦公室建議成立一個獨立、級別低於特別行動部隊司令部的聯合司令部，專門負責心理戰和民間事務。和其它特種部隊的遭遇一樣，在20世紀70年代和80年，心理戰和民間事務特種部隊被大大削弱，因此，一些支持者擔心，把這兩個單位並於特別行動司令部，將不利於它的發展。林德塞將軍反對這個計劃，他認為，將其劃歸特別行動司令部，有利於保護特種部隊的資產和資源，參謀長聯席會議主席阿德邁·科隆同意他的意見。1987年10月15日，溫伯格部長簽署命令：包括現役部隊和預備役，所有陸軍、空軍的心理戰和民間事務特種部隊，都劃歸特別行動司令部領導。
但是，溫伯格部長的決定並沒有完全解決心理戰和民間事務部隊的問題。在史廷納將軍的任期內，他解決了另一個有關這兩支部隊歸屬的長期存在的問題。國防軍的領導人認為，這兩支部隊隻有在戰時才歸特別行動部隊司令部領導，而平時應歸屬國防軍領導。史廷納將軍經過艱苦努力，促使國防部1993年3月通過了一項決議，正式明確了這兩支部隊的歸屬問題。這一決定確保特別行動部隊司令部在和平時期同樣有權力指揮和使用這兩支部隊，司令部全權負責它們的軍費開支、訓練、裝備和組織。
1987年4月16日，海軍創建了海軍特別作戰司令部，它的下屬單位僅有海軍特別作戰中心（訓練司令部）。海軍第1特別作戰隊和第2特別作戰隊（海陸空三棲特種部隊即海豹部隊及特種艇部隊）沒有劃歸到特別行動部隊司令部，因為海軍方麵認為這兩個部門和下屬部隊分別屬於太平洋和大西洋艦隊，因此不可能劃歸特別行動部隊司令部指揮。海軍部長詹姆斯·韋伯和海軍的高級將領們都認為，那樣做的結果會使海軍特戰部隊失去與艦隊的密切聯係。
林德塞將軍堅持認為這些駐紮在美國本土的部隊應該歸特別行動部隊司令部領導。他提出的理由是，海軍特別行動部隊與艦隊的聯係，不同於它們與專業特別作戰機構相聯係，特種部隊司令部能夠更好地發揮這些部隊的作用，因為它們可以和其它的特種部隊協同作戰。1987年10月23日，溫伯格部長把天平傾向了特別行動部隊司令部一邊，他簽署命令：從1988年3月1日起，海陸空三棲特種部隊（海豹部隊）、特種艇部隊和海軍特別作戰部隊全部移交給海軍特別作戰司令部，到1988年10月1日，這些部隊由特種部隊司令部全權負責。
空軍23軍是一個很特別的組織，它承擔著兩個不同但相互聯係的任務：它歸軍事空運司令部（MAC）領導，又作為特別行動部隊司令部下屬的空軍單位。溫伯格部長隻把23軍的特別行動部及下屬部隊劃歸特別行動部隊司令部，包括它的後備國防軍和空軍特別行動學校。23軍依然承擔著MAC的一些任務（比如醫藥空運、營救、氣象偵察及其它緊急空運任務）。林德塞將軍希望所有的下屬單位都是同級別的指揮部門，因此這種設置就帶來了一些問題。
最初，特別行動部隊司令部希望23軍隻擔負純粹的特別行動任務，MAC同意這個要求。林德塞將軍最關注的是：他調整改革23軍的計劃必須通過MAC才能實施，目前的行政隸屬關係，對建立國會所要求的指揮司令部是一個阻礙。他認為，解決的辦法是將23軍升格為空軍作戰指揮部，空軍參謀長蘭瑞·威爾士同意了這個方案，1990年5月22日，空軍23軍成為空軍特別行動司令部（AFSOC）。軍費預算和項目發展：對國會和林德塞將軍來說，MFP-11財政計劃意味著特種部隊在軍費預算上擁有特權。盡管《努-考安修正案》所催生的MFP-11財政計劃是專門針對特種部隊的軍費預算，但對法律條文可以有不同的解釋，國防部的一些辦公室認為，新的司令部不應該有自己的計劃項目備忘錄。林德塞將軍和其它一些人持相反的意見，經過艱苦的努力，司令部終於爭得了做預算和計劃項目備忘錄的權力。但爭論一直在繼續，直到1988年9月，參議員努和考安對國會的意圖做了闡述：法律明確表明，特別行動部隊司令部司令有權單獨製定項目計劃備忘錄。同月，國會頒布了《公共法100-456》，明確規定特別行動部隊司令部總司令直接向國防部長提交計劃項目備忘錄。