1989年1月24日，國防部長助理威廉·達福特簽署備忘錄，使特別行動部隊司令部擁有基於MFP-11的預算權。隨後，1990年10月1日，國防部長辦公室將MFP-11的選擇權授予特別行動部隊司令部，1991年10月，又授予其對MFP-11的全部權力，至此，在美軍曆史上，一個兵種的總司令首次有權做出軍費預算和計劃項目備忘錄。
為了做出全部所屬特種部隊的預算和項目計劃備忘錄，司令部要建立一套項目計劃和預算的係統。即使有國會的授權，司令部發現要運行MFP-11非常困難。因為參謀力量不足，為完成這些任務，司令部采取了一些有效措施。計劃項目備忘錄是第一步，1998年，空軍完成、提交了第一份備忘錄。1990年10月，根據達福特的指示，司令部開始執行預算權。1991年，司令部開始全麵負責實施計劃項目備忘錄，司令部能夠自主地根據特種部隊的任務要求和發展需要，來製定計劃項目備忘錄並予以實施。MFP-11的建立，使司令部能自行決定如何在特別行動的要求和計劃方案之間尋找平衡點。
為了最有效地分配司令部的資源，唐寧將軍建立了《戰略計劃步驟》，在薩通將軍和斯古梅克將軍的任期內，依然沿用這個分配資源的先後順序。隨後，由於資金越來越有限，司令部必須做出重大的調整，使有限資源發揮最大的效益。
首先，由於資金短缺，斯古梅克將軍將司令部機關與其下屬單位合並，這樣做的結果，保證了特種部隊總司令和下屬部隊司令（被稱為“董事會”）共同決定資源的優先使用權在下屬司令部執行的過程中不會發生改變。其次，由總司令主管資源分配能確保實施過程中的“忠誠度”，軍事結構、準備、資源和戰略評估中心製定了專門的程序，以監控預算是否按“董事會”的決定實施的。通過這些措施，斯古梅克將軍確保把資金用在最需要的地方。
前些時，新上任的美國特種作戰指揮部指揮官霍蘭德已正式向五角大樓提出，將47000人的特種作戰部隊增加9000人，在2004年10月1日開始的5年期間，他需要230億美元的額外經費。霍蘭德的要求表明美國特種部隊將向“特工化轉型”，肩負在全球範圍內執行打擊“基地”和其它恐怖組織的重任。
五角大樓目前正在核定2004至2009會計年度的預算，預定12月送交白宮。美國特種作戰指揮部目前的年度預算是49億美元，占五角大樓預算的1．3%。霍蘭德提出增加兵員數目的比例遠遠高於其他軍種。他增加230億美元預算的要求，將使特種作戰指揮部經費在5年期間每年增加46億美元。這幾乎比目前的正常經費多出一倍。
去年10月美軍在阿富汗進行反恐戰爭後，雖然推翻了塔利班政權，但並沒有消滅“基地”組織。10個月已經過去了，逮捕“基地”分子的行動越來越困難。他們還和塔利班殘餘分子相互勾結，在阿富汗製造了大量恐怖事件。在世界各地，“基地”組織也在頻繁活動，僅在“9·11”一周年前夕，美國情報機構就接獲了上千條恐怖活動警告，迫使美國政府把警戒等級從“黃色”提高到“橙色”。這使美國“大當家的”非常懊惱。美國國防部長拉姆斯菲爾德也不滿意區域指揮官的表現，認為各地抓獲的恐怖分子無論從質量或數量都不盡人意。他歸咎於各軍種各部門“指揮不當，協調不力”。
由於下一階段的反恐戰將會既激烈但也更加隱蔽，美國高層多次商討是否把全球打擊恐怖主義戰爭的指揮權，大部分劃歸特種作戰指揮部。
今年8月初，拉姆斯菲爾德和特種部隊指揮官霍蘭德將軍會晤，商討如何加速逮捕或殲滅“基地”組織恐怖分子。當時，五角大樓力圖低調處理這次會見，稱這是一次“例行會晤”，就像拉姆斯菲爾德與其他高級將領類似會談一樣。實際上，在這次會見中拉姆斯菲爾德已向霍蘭德吐露了他的想法。
9月上旬，拉姆斯菲爾德和美國軍方其它區域指揮官在波林空軍基地召開會議，專門討論特種部隊職責轉移事宜。據悉，拉氏和特種作戰部隊高級指揮官都對這一改變“非常熱衷”。這些高級軍官認為，特種作戰指揮部真正有了指揮權後，將在世界各地的反恐行動中大顯身手。