指揮權改變後，美國中央指揮部指揮官弗蘭克斯仍繼續負責阿富汗的所有軍事行動，弗蘭克斯也將指揮可能對伊拉克發動的戰爭。而在巴基斯坦境內的特種作戰部隊指揮權將移交給特種作戰指揮部。
反恐戰打響以來，美國特種部隊承受了極大的壓力。按照常規，特種作戰指揮部一般將部署海外進行戰鬥，與留在國內接受訓練和休息待命的部隊維持在一半對一半的比例。為了完成反恐任務，特種作戰部隊已降低這一比例，2/3的人員已被派往海外。陸軍的“三角洲突擊隊”和海軍的“海豹六組”，都已在阿富汗戰爭中扮演了極其重要的角色。
除阿富汗外，美國特種部隊在巴基斯坦、格魯吉亞、也門、非洲和菲律賓等地都有部署，承擔追捕和鏟除拉登的“基地”組織，以及其他恐怖分子的戰鬥。如此長的戰線，已使他們顯得人力單薄。國防部官員指出，特種作戰部隊最緊缺的是前線指揮員、通信專家和外語人才。
美國曆屆政府都將特種部隊和中央情報局（CIA）的任務明確分工，國會還設有監督機構。如今，五角大樓要求特種部隊指揮部派遣精銳反恐怖部隊“破壞和摧毀敵人資源”，甚至最終實現美軍特種部隊能夠在那些“尚未與美國直接交戰的國家”中更深入地參與長期性秘密行動。在有些情況下，美軍特種部隊將在“根本不通知當地政府”的情況下，獨立開展“秘密剿匪活動”。
此外，盡管由於反恐戰要求各部門通力合作，特種部隊和CIA之間的界限已逐漸模糊。雖然中央情報局長特內特宣稱，自己不反對特種部隊執行秘密任務的決定，但美軍特種部隊最終會執行傳統上由CIA執行的任務。
二、特種殺手
9月23日，美國媒體援引美國和巴基斯坦官員的話說，美國的特種部隊已經進駐阿富汗鄰近國家，並準備展開捉拿及暗殺國際恐怖分子拉丹的行動，英國、法國和德國也許諾，將派出特種部隊與美軍協同作戰。在海灣戰爭和科索沃戰爭中，美國和盟國空軍風頭出盡，但這次圍剿拉丹，由於阿富汗地形特殊，特種部隊將派上大用場。在曆次戰爭中，最出彩的當數特種部隊，所以這次美國及其盟國的特種部隊如何表現，尤其引人注目。
圍剿拉登的任務將是艱巨、危險及廣泛的，因此，美國精英特種部隊將悉數參與，包括陸軍綠色貝雷帽部隊和海軍海豹部隊，英國、法國和德國也均會出動特種部隊助陣。特種部隊將以三至五人為一個小組，潛入阿富汗山區後，隨即展開行動。
特種部隊是世界一些國家軍隊中，擔負破襲敵方重要的政治、經濟、軍事目標和遂行其他特殊任務的部隊。一般由最高軍事指揮機關直接指揮和領導，少數國家由國防部或軍種領導。其主要任務是：襲擾破壞、暗殺綁架、敵後偵察、竊取情報、心戰宣傳、特種警衛，以及反顛覆、反特工、反偷襲和反劫持等。
這些部隊裝備精良，素質優秀，“能隨時執行源自於國家安全戰略的許多任務＂，因此被譽為軍隊大家族的“精英＂。科索沃戰爭中美軍一架F—117A隱形戰鬥機“折戟沉沙”，而被擊落的飛行員落地僅6個小時便逃之夭夭，營救他們的就是美軍的一支特種部隊。軍事專家指出，美國派特種部隊圍剿拉丹是最明智的選擇。
1、“綠色貝雷帽”深入敵後
“綠色貝雷帽”是美國陸軍中一支規模最大的特種部隊，也是最受美國總統寵愛的一支部隊，成立於1952年6月19日，主要由遊騎兵與二戰後的退役軍人組成。他們的主要任務是以陸、海、空的方式深入敵後，並彙聚足以進行特戰的遊擊、反抗潛在勢力。其重點在於遊擊戰。
1952年底，美國第一支特種部隊被送往韓國戰場。肯尼迪總統走訪特種部隊誕生地布拉格堡，並對所見的一切感到相當滿意。因此，他滿足了特種部隊隊員們長久以來的心願——將綠色貝雷帽作為製式的服裝。
這支部隊裝備有各種步兵武器和運輸直升機，擁有十分先進的通信器材，包括衛星通信和通信距離達2000英裏的輕型通信裝備。由於這支部隊擔負的任務特殊，因而，對人員素質的要求非常嚴格。官兵個人作戰技能高超，能在30秒鍾內打倒敵人。別動隊員會講多種語言，全部了解東、西方和第三世界生產的各種新、舊武器，每人能操作85種左右。他們都是步兵戰術的專家，精於伏擊、誘拐、暗殺、爆破等，並具有在敵占區和惡劣條件下生存的能力。不論在世界上任何一個地方，任何環境下，都能夠進行空降、潛水，從事山地戰、叢林戰、沙漠戰、滑雪戰和遊擊戰等特種作戰。