“青馬”軍隊注意教育訓練，注重戰鬥力之提高。寧海軍時，由參謀張昌榮任教練，已如前述。之後，馬步芳駐紮化隆時，為使部隊成為新的勁旅，派邵士琦、劉呈德、汪澂川、馬壽昌、馬靜波等20人赴蘭州，在劉鬱芬主辦的軍官訓練團中受訓，回來後向部隊灌輸國民軍的軍事教育，所有軍裝及製式，均模仿國民軍，尤注意於劈刀、刺槍和馬術訓練。1927年在化隆成立教導連，由蘭州受訓者負責，一年之間，即將連、排幹部輪訓完畢，成為寧海軍的基幹。1930年，馬步芳又在西寧成立青海軍官訓練班，共辦3期，每期半年，輪訓學員550人。次年複將此訓練班擴充為青海軍事政治學校，分期調訓連、排長以上軍官。1935年又成立青海省保安處軍官教育團，輪訓全省保安團隊各級軍官。1932年至1936年之間，還先後舉辦過無線電訓練班，電話訓練班，後又擴充為電務學校，專為特種業務訓練技術人員。1938年成立騎五軍、八十二軍軍官訓練團，所有兩軍軍官均分批入團受訓。該團幹部，由軍官學校出身的青海籍人金耀星、趙遂、馬象乾、辛子章、郭全梁、趙煥然、陳顯達等擔任，馬繼援曾任大隊長，馬步芳每天親自督練。1947年馬繼援赴隴東後，又改組為教導總隊，由馬振武任教育長，專主其事。“青馬”在注重訓練軍官的同時，還抓緊一切時機補充軍事裝備。早在1919年，馬麒即派人從北京購回雜牌槍1300餘支、輕機槍8挺。1921年由參謀魏敷滋從北京購回馬槍、步槍1200餘支。自1930年起，更大量購買武器。1933年以後，更不斷以煙土換買槍械。韓起功常由甘州一帶，經內蒙到天津兌換槍支。設於京、滬、陝、甘的辦事處，曆年均擔負以重價購買槍支的任務。幾次作戰中所獲武器及南京政府補充的槍械，也占重要部分。1946年，蔣介石給予1個師的美式裝備。曆年所需軍裝，大都由義源工廠備製。在一個時期，每兩年發給士兵棉、單衣各1套，鞋襪之屬則令士兵自行編製。除膳食供應外，士兵每月給津貼銀1～2元。蔣介石為控製馬步芳軍力的自行發展，相當長時期不撥軍餉，馬步芳則轉向青海、河西各族人民公開搜刮，無所忌憚。後期，蔣介石為了利用馬家“反共”，曾撥給軍餉，馬步芳卻從中克扣，轉而成為擴展軍需用品資金的一個來源。
馬步芳的部隊由於注重訓練、裝備，加上奴化和宗教教育，不少官兵懾於馬家淫威，為向上爬，有些在戰場上確有拚命效死、奮不顧身的表現，故有一定的戰鬥力，成為馬步芳最可靠的資本。
二、封建統治
馬步芳以其一套官僚政治機構，來施行封建統治。由於封建統治越來越嚴密，官僚政治機構即不斷隨之擴大和發展。青海省政府所屬各單位，在1929年總人數不過400人，到1939年，人數達到1500人左右，1946年以後，人數則急劇上升為2900多人。如果將專區、市、縣的人員計算在內，則已達1萬多人，這些機構中的主要人員，當然是同族、同教、同地域，特別是其家族和親屬以及“二化”地方的回族。此外還充分利用宗教為其統治服務。馬麒、馬麟以西寧東關清真大寺，作為號召和籠絡回族、撒拉族的中心基地。已如前述，馬步芳繼承和發展了這一手段。在各縣清真寺中安排新新教阿訇領導，以提高新新教的社會地位。又在軍隊中著重選拔信仰新新教者為軍官，從宗教信仰之一致，達到政治行動的一致。另外，對於藏族、蒙族，也利用其宗教力量為其統治服務。
青海的軍令、政令都是定於一人，由馬步芳說了算，這個高高在上的神聖權利，別人不得稍有侵犯。即使是國民黨中央的政令，不經他同意，也無法推行。而他的意誌又是通過省政府秘書長來傳達的。所以秘書長人選特別重要，既不能是草包，又必須是忠實於馬、善於體會馬的意圖者。馬麒時代的黎丹，馬麟時代的馮國瑞，馬步芳時代的陳顯榮、馬驥、高文遠，就是這樣角色，被馬家倚為左右手。全省廳、局長，專員、縣長，都看秘書長的風頭行事，不敢稍有逾越。但當時一些重大事情，如征兵、征糧、征稅等，多是中央法規條例，為了粉飾門麵，須從中找些根據來辯護馬之意誌的合法性，其秘書長及其他幕僚真是煞費苦心。但各部門首腦已有經驗，即凡接到蓋有馬步芳私章的公文，或秘書長電話通知的事項，必須立即遵辦；至於一般“等因奉此”的公文，則等閑視之，甚至置之不理。所以官場中常說：“電話信件即辦，油印公文不管。”
事權集於一身的獨裁政治，形成無官不貪，無吏不汙。這主要是“上有好者，下必有甚焉”。馬步芳家族除了通過官僚機構征收糧款，還要各級官僚進奉額外財物。如不賄賂，即不得職位，進奉越多，升遷越快。進奉中意，即成優等，雖被揭發劣績，也可不受懲罰。因此，對上公開行賄，對下橫征暴斂，無所顧忌，後來竟視為合法行為。官員上任送禮，逢年過節送禮，卸任也要送禮，否則便有被查辦的危險。共和縣長吳錫琪、鄧伯康，大通縣長劉耀南等，都是卸任後被馬步芳勒索賄款而致死的。由於官吏貪汙視為當然，白手可以發家，所以不少上層人物都鑽營做官。而掌權的首腦，為得賄賂，加以求得自身力量的壯大，也樂得收容，引為心腹。但因官額有限，隻得以增設“額外”、“後補”、“隨從”等名目，予以安插，其結果使官僚機構中人滿為患。社會上流行“副官多如狗，縣長滿街走”的譏言。在官位者，其親屬隨之成為“老太爺”或“二大人”、“三大人”；而被罷黜的官吏，其特權仍在，一變而為魚肉鄉裏的士紳。如此眾多的特權階層，使青海老百姓苦不堪言。