官僚機構中的派係傾軋也很嚴重。主要是元老派和少壯派之爭。兩派之間明爭暗鬥，爾虞我詐，烏煙瘴氣。開始，黎丹及後繼馮國端任秘書長時，係派尚不明顯。馬步芳任省政府主席後，任用陳顯榮為省政府委員兼秘書長，但陳之權力過分集中，尤其1942年蔣介石到青海時，陳曾與蔣獨談，深為馬步芳所忌，於是，元老派馬驥、馬紹武，少壯派冶成榮等聯合倒陳，後終於將陳擠下台，由馬驥任秘書長。此後，韓起功、馬祿、馬繼融均屬於馬驥之元老派，而實際操縱者則為馬紹武。他們把持省、縣黨政機構，辦事保守，著眼於現狀，很少考慮接班人馬繼援的未來。少壯派以冶成榮為首，還有高文遠、馬振武等人，實際操縱者是馬繼援。他們的權力集中於省、縣財經部門和軍事機構中，後又以昆侖中學校友會為基礎，以所屬部隊軍官為骨幹，繼續發展。他們主張激進，對中央的命令，先衡量對馬步芳家族有無利益，對不利或利少一概置之不理。對外籍人員采取壓製手段。對元老派則往往正麵衝突，無所顧忌。當時官僚機構中的成員，一般均依附於這兩個派係中的一方，部分人員搖擺於兩派之間，則地位既無保障，生活待遇也沒一定標準。同是省級機關職員，有的不得溫飽，枵腹從公；有的收入豐盛，生活優裕。此中奧妙，外人難得而知。
兩派的鬥爭牽製麵很廣。元老派操縱者馬紹武，原是馬步芳培植起來的人物，後來送他到南京中央政治學校學習時，為陳立夫所拉攏，成為CC係在青海的首要分子，奔走於西寧、南京之間，在兩者之間買空賣空，撈取政治資本，並插手於國民黨青海省黨部，引起馬步芳的嫉忌，馬即指使少壯派冶成榮與馬紹武對立。後來，馬步芳又借口整理曆年檔案，以元老派馬驥專主其事，省政府秘書長由少壯派高文遠代理。少壯派得勢，元老派也不甘示弱，兩派各逞其能，不斷掀起內訌。至馬步芳任西北軍政長官後，既想為馬繼援繼任青海省政府主席開辟道路，又將省政府改組，省政府委員由馬步芳、馬繼援、馬驥、馬紹武、馬駿、馬繼融、劉呈德、冶成榮和陳秉淵9人充任。民、財、建、教四廳廳長，由元老派、少壯派平分秋色，秘書長由高文遠擔任。少壯派有了優勢。
封建統治就是封建割據，其特點之一就是排外；在統治範圍之內則嚴密封鎖，封疆自固，唯我獨尊。所以，嚴防省外人士入青活動，是馬步芳的一貫政策。他在全省邊境各要道，都以征稅為名，遍設關卡，嚴密盤查入境人士。舉其大者，有由玉樹到西康的鄧柯，金沙江西岸的巴塘稅卡；到石渠必經金沙江以東的歇武稅卡；由玉樹到西藏必經的查武拉稅卡、當拉稅卡；北通河西走廊的祁連俄博稅卡、野牛溝稅卡、當金山稅卡；由門源通往甘肅的皇城灘稅卡；由互助通往甘肅天祝的稅卡；由循化通往甘肅臨夏的大力加山麓龍合堡稅卡；民和的享堂鎮關卡等。其中享堂關卡號稱青海東部門戶，是由蘭州入青海必經的峽口，所以將此劃為禁地，經常派重兵駐守，對來往商民，一律嚴加盤問，而且翻箱倒籠地搜查，不準進步書刊帶入青海。對認為有嫌疑者，派人跟蹤追跡。對省外軍政人員入境的，也及時向省政府秘書長電話報告，以資應付。
馬步芳對國民黨中央以及各機構派到青海的工作人員，有的給以虛名；有的安排條件優越的住室，發給薪金，閑置不用；有的暗施陷阱，派人借故尋釁侵淩毆辱，擠其出走；有的利用其弱點，迫使就範，令親信取而代之。所以，許多外來官員，除非對其俯首帖耳甘作奴才，則都站不住腳。如國民黨中央曆次派往青海任特派員的李天民、燕化棠、李洽，任執行委員或書記長的丘鹹、許少頓、王逸民、薛文波，任三青團幹事長的王文俊等人，都先後被排斥出走。國民黨中央設在青海的機構，如財政部的直接稅務局，西北鹽場公署，田糧處，資源委員會的青海金礦，交通部的甘肅公路西寧站，軍政部的青海團管區、軍馬場，青海省高等法院，省政府會計處，以及中央、中國、交通、農民四個銀行，這些機構中的工作人員，多受到偵查人員的暗中監視，言行稍有不慎，即被尋釁，遭受毆辱或驅逐。除了四個銀行，其他各機構的主管人員多被逐步更換，安排成馬的親信。
對於國民黨中央軍進入青海，或染指於馬家部隊的事，馬步芳更是敏感異常，多方防範。1935年紅軍北上時，蔣介石以青海防禦力量薄弱，為阻擊紅軍，擬調胡宗南的楊德亮團自天水一帶進入青海增援。馬步芳聞訊，急忙以“青海防務鞏固”為詞，婉言謝絕。從此以後，國民黨中央軍始終沒有一兵一卒進駐過青海。1939年，國民黨中央組織部通令全國各省成立省保安團隊特別黨部，指派馬步芳兼青海省特派員，並派哈世昌（回族、複興社分子）來任書記長。哈到西寧後，馬步芳擱置不用，後來哈拜馬步芳為幹爹，才勉強到任，但抓不到實權。嗣後，國民黨中央組織部又派來一個幹事，名叫方琦，馬也隻給發薪，不安排具體工作，閑住半年後，隻好走路。白崇禧對馬步芳任省主席，曾出過力，前已述及。馬步芳除了送厚禮，並請白推薦得力人員協助青海整頓軍隊，以表示親近。白信以為真，慷慨答應，派安舜及其外甥海某等40人到青海，推薦安舜為第四十集團軍參謀長。馬步芳對安、海等人，開始尚熱情接待，但不分配具體工作，以致這些人無事可幹，長期賦閑。後來，馬又以調動工作為詞，派八十二軍人事科長巨生元，將他們中的一些人送往駐張掖的一百師韓起功部。他們見事不諧，先後離青而去。