馬步芳對於青海人民，采取思想統治和武力鎮壓兩手。他重視對輿論工具的控製，省回教教育會辦有刊物《教育通訊》，還有個《昆侖報》，是專為他吹喇叭的。1931年，國民黨在西寧出版《青海民國日報》，其中有時對馬步芳家族有所抨擊。爾後，馬步芳即調換了該報負責人，以自己的親信穆建業、馬海佐、田生蘭等人代替，逐漸統一了青海的輿論。1936年，西北“剿匪”總司令部成立西寧新聞檢查所，對新聞、刊物進行檢查。張學良派任鎮亞為主任，馬步芳派陳顯榮為副主任，後又相繼派劉天鳴、趙文煥、陳秉淵等人繼任。1937年2月，成立青海省郵電檢查所，後依中央通令，改“所”為“處”，並在玉樹和樂都設分處，對於郵電檢查，頒有嚴格的命令。從1939年起，在西寧市和各機關加強了輿論的控製，各飯館大書“各照衣冠、莫談軍事”的字樣。在各機關布置特務，暗中監視言論行動，秘密彙報；人員的升降，這種秘密彙報如何，起著決定性作用。省會警察局是執行這種特務任務的一個機構。一般市民無言論、集會、結社的自由。輿論的基調，一是“反共”，一是頌馬。馬步芳於1931年在西寧北門外香水園修建馬公祠，以紀念馬麒。各地相繼效尤，未及10年，馬公祠遍及各農業縣，其中有新建的，也有以廟宇改建的。其中供奉馬麒大幅軍裝像，每年在其誕辰和忌日舉行公祭。馬步芳任省政府主席後，西寧和各縣又出現了許多公園。西寧西門外有個麒麟公園，用以紀念馬麒、馬麟。所有公園內，都專設紀念馬麒、馬步芳的紀念堂和其他紀念標誌，如閣公館、子香亭、步芳路等，將大通縣犛牛山改名為香山。每逢馬步芳升官或馬繼援結婚等馬家重大事件，均發動各族各界製送紀念冊。有些吹捧頗為肉麻，如“黨政軍三位一體，父子孫異世同功”。馬步芳對於共產黨防範最嚴，一涉嫌疑，即下毒手，毫不留情。對於外地消息也嚴加封鎖，能在西寧公開發行的報紙，除了他自辦的，隻有南京《中央日報》、天津《大公報》、蘭州《和平日報》、西安的《西京日報》等幾種。青海成了馬家封閉型的獨立王國。
馬步芳對人殘害的刑法，極其狠毒。一是捆吊毒打。捆吊又分懸梁、綁柱和繩紮。毒打也有皮鞭、軍棍、柳條打和砸骨拐、上老虎凳、上腦箍、打背花、拔斷筋等多種。其中還有“鳳凰展翅”、“柳樹盤根”等酷刑。又有用熱酒、沸醋、辣子水灌入鼻腔，倒懸人身、頭墜巨石，竹簽刺指甲等。至於罰跪、罰立正、打耳光、打手心等輕微體罰已屬司空見慣。二是監禁和驅逐。監禁分無期和有期。無期的終身監禁，往往瘐死牢中。三是死刑。有槍斃、刀殺、活埋、燒死、打死、毒死、勒死等多種。集體屠殺時，多用活埋、刀殺、槍決。單個或少數多用活活打死、燒死、槍決、勒死、毒死。馬步芳生性殘暴，審訊時，有時甚至親自以口咬人、咬耳朵，斷案不講法、不講情理，單憑個人意氣定案。平時眉一皺，頭一擺，即是殺人信號，部下謂之“天陰”。平時動輒以殺人表示“豪氣”，所以冤獄遍於青海。其對紅軍、對少數民族的軍事鎮壓和屠殺，後將專章論及，此處僅舉一些小例，以見其凶惡之一斑。
1923年，化隆二堂馬克勒目與貢哇灘爭奪東山放牧地方，馬步芳勒令馬克勒目應分二分，貢哇灘應分八分。馬克勒目當場提出不同意見。事後，馬步芳即派人將馬克勒目用皮鞭活活抽死。
馬步芳部屬騎兵團團長馬福壽，係門宦中的首腦，人稱“穆夫提”。馬步芳以其與己係不同的教派，即於1929年11月，指使馬訓以請吃飯為名，誘馬福壽於化隆小教場團部關押，不久即槍決。