1931年7月，《新秦日報》駐青記者陝西王某，寄居於民政廳職員宿舍。時西安報紙常披露不利於馬步芳的報道，馬疑係王某所為，即派人約請看戲，當晚秘密殺害。
1937年，在蘭州行醫講學的河南襄城人高金城先生，到張掖為河西被俘紅軍傷病員醫治，並營救失散的西路軍人員。馬步芳聞訊，即令韓起功下毒手。韓起功於1938年2月，將高金城先斷四肢，然後活埋於衙門後花園裏。
1940年春，馬步芳嚴令將麻風病人一律槍斃，全省斃殺百人以上。
1940年春，西寧縣政府警察隊長馬某，將麒麟公園兩顆柳樹移栽於縣政府。馬步芳震怒，立即將馬某逮捕至省府毒打，皮破肉綻、肝肺俱見，抬回縣府即死。
1941年，省立一中學生樊世良，在日記中寫有指責馬步芳的話，當日即被逮捕，受盡種種酷刑，每夜刑訊，呼號聲聞於四鄰，次年3月即被活埋。其母哭子，三年不絕聲。1941年3月，享堂駐軍解送一山東籍道人，年約40歲，持有寺廟證明，馬步芳以形跡可疑，立即槍決於樂家灣。
1945年春，青年孫昌齡、西寧郵政局職員沈克敬，在西寧開設中國文化服務社西寧分社，打算訂售重慶出版的《新華日報》，並在信中有致敬毛澤東的話，被郵檢查出，馬步芳立即下令將2人逮捕，非刑拷打後，活埋於南灘。
1945年7月，樂家灣軍營發生兵變後，馬步芳下令，將席老三放走的10多人捕回槍決。並將拘留在省會警察局的30多名民事糾紛和偷盜犯，不分案情輕重曲直，一律在當夜槍決，稱之為“洗獄”。
1948年，CC係分子鄂謙積極反馬，在南京中央政治學校及北平等地聯絡青海同鄉，發行揭露馬步芳暴行的小冊子。馬即於同年派人，將鄂暗殺於綏遠。
1949年蘭州解放前夕，馬步芳在蘭州大學逮捕許多進步學生，有的投入黃河，有的活埋。
對下、對廣大群眾是高壓、欺騙，對上就必然是巴結諂媚，馬步芳對蔣介石的百般恭順，曲意奉承，真是人世罕見。在此略加介紹。1942年8月，蔣介石在蘭州召開甘、寧、青、新四省軍事會議，專門召見馬步青、馬步芳弟兄，表示要到青海巡視。“兩馬”受寵若驚，星夜返回西寧，大肆籌備歡迎。馬步芳在接待的每一細節上，均絞盡腦汁。把省政府三堂作為蔣的寢室，他自己避居於西麵一個小院中。所有設備，全部重新購置，即使桌布、椅墊、茶杯等些小什物，都在式樣、花色上親自設計、挑選。事事再三檢查，嚴防漏洞。臥具和食品的選擇，為投蔣之所好，尤費心思。接待禮節，強調嚴肅隆重。對到機場迎送的高級軍政人員，親自審定列隊名次。城關大街，則集合省、市各機關、學校人員，列隊夾道迎送。通行街衢的市民，亦要求著新裝，務使衣冠整齊。街道門窗牆壁，粉飾一新，懸旗結彩，五色繽紛。日日分段灑掃，不準有柴草出現。省政府內外門首、城關大街各十字路口，均紮結大型牌樓，遠自大通縣鷂子溝運回大批鮮鬆枝，廣加點綴。對蔣到達後的諸多細節，布置尤為周到。規定每逢蔣之用餐、出入，均按規定奏樂。警衛方麵，則采取緊急措施，市內層層封鎖，節節守衛。所有警衛人員，均選拔校官以上心腹充任。在南山寺鳳凰台和北山寺無量殿，設臨時崗警，裝置電話。城郊30裏警衛線內之居民，都予以嚴格控製，出門不許過早或過遲，不許飲酒喧嘩，更嚴禁老弱殘廢、聾盲及乞丐外出。派馬步鑾等親信，負責全市的日夜巡邏。省政府周圍和院內的警衛工作，由馬步芳、馬步青親自負責。在3天前，將省、市軍政警教人員集合於小教場，演習禮節，要求理發修麵、儀容整肅，檢查服裝，組織編隊。按機關各編為若幹隊，由各機關主管任領隊，並從中秘密指定檢察人員，以防意外。對蒙族王公、藏族千百戶和活佛、阿訇，均定出進退禮儀，使之反複演習，並列出名單次序，不得越規。馬步芳、馬步青則身著軍裝、穿馬靴、戴白手套，時時顧鏡自盼，相互檢查，以防疏漏。蔣介石馭下有方，為解除馬之戒備心理，僅帶侍衛4人，於8月26日由蘭州飛抵西寧。隨行有錢大鈞、朱紹良、顧祝同、穀正倫、胡宗南和戴笠等人。27日在省政府大禮堂召開大會，舉行隆重歡迎儀式。馬步芳在蔣麵前，表現惟恭惟謹誠惶誠恐的姿態。蔣坐自帶之藤椅，正襟危坐，閱覽《曾胡治兵語錄》，馬步芳侍立於側，立正1小時，未移動腳步。馬步青在外院副官處待命，命他前去隨侍，他亦作不敢前去之態。“二馬”此種恭順憨態，博得特務頭子戴笠的好感。27日宋美齡亦飛抵西寧，馬步芳更加恭順，宋擬赴馬之私邸訪問，馬恐有失禮，以回民婦女不敢見麵，婉言謝絕。宋美齡以珍貴首飾幾大包交馬步芳向其家屬轉送，馬步芳即時到其周家泉私邸馨廬取回較遜色之金鐲項鏈作為答禮。蔣介石亦到湟中塔爾寺，接見阿嘉活佛等，題匾並布施2萬元。又到東關清真大寺，也是題匾並布施2萬元。馬步芳以個人名義向蔣獻駿馬500匹，以蒙藏王公、千百戶名義獻駿馬3000匹，及鹿茸、麝香10多箱。馬步芳還向宋美齡饋贈紫羔皮裘300件，徑行空運重慶。蔣介石撥給馬步芳部隊犒賞費10萬元，也給馬步青及其高級部屬送了絲綢、瓷器等，還分別合影留念。蔣8月28日離西寧徑飛酒泉，臨行當眾嘉獎馬步芳，稱譽其軍隊為“嶽家軍”，鼓勵馬精忠報國，以嶽飛相期許。於是蔣馬這場交易告一段落。事後馬步芳向其部傳授經驗說：“我們多送禮，給人家的印象反而不好。現在不是表現富貴的時候，我們不能學別人。禮當越簡略越好，窮了人家不注意。送點軍馬、羔皮，都是土產，既本分又實在。”但馬步芳的算盤，打得畢竟太精：後經蔣命令將上項贈送馬匹就近轉交軍政部貴德軍馬場時，馬步芳遂將原在海晏三角城準備的駿馬，抽出其一大部分，代之老弱馬匹，送往貴德軍馬場。