距保安鎮十五華裏的五屯上下莊有300多戶人家，他們采取抗拒辦法，以砂袋堵砌莊門，灌水凍結，以槍100餘支防守。馬仲英下令攻開，進莊即揮刀亂砍，大部男性慘死，許多婦女被奸汙。而隆務寺由於係回民聚居經商之處，他們推代表前來保安，獻上大馬4匹，馬掌2000多副。馬仲英即多方安慰，表示決不相犯。（以上引文及此段據趙燮：馬仲英部洗劫保安鎮目睹記）
1929年2月初，馬仲英部經貴德渡黃河北進，指向西寧附近。時孫連仲已任青海省主席，率部進駐西寧，馬麒被疑尚未解除，處境艱難，派其弟馬麟（勳臣）馳往勸阻。馬麟在拉雞山溝與馬仲英相遇。開始，馬仲英對馬麟還以“阿爸”相稱，繼而變臉，開槍狙擊，馬麟勒馬回奔，匆忙間將腳上鞋子丟失一隻（一說坐騎一條腿被打中），狼狽之極。其實，馬仲英無傷馬麟之意亦甚明，不過作態而已。馬仲英率部推進至魯沙爾（今湟中縣治），直到距西寧5華裏的南川享堂溝，消滅了孫連仲部魯崇義旅的1個連，終因西寧係孫部屯集重地，未敢進犯。轉而圍攻湟中塔爾寺，掠其財物。又西行，於15日攻入湟源縣城。孫連仲派旅長安樹德和旅長魯崇義率兩個團尾追，安等唯恐中伏，姍姍而行，當晚宿營於距湟源50華裏的鎮海堡，遂使湟源遭劫。
湟源守軍為馬麒親侄馬步元所率寧海軍混成旅，人數有1000多人。馬步元原為管帶，1925年曾被馮玉祥調往山西作戰，乘隙逃回，對馮進據西北不滿。馬仲英進入湟源，他的部分騎兵即與馬仲英部會合。時國民軍派任湟源縣長張克德和縣內紳商，邀請馬步元會商城防，馬當眾宣稱武力防守。紳商人眾即組織武裝守城。15日清晨，馬仲英部攻城，馬步元部裏應外合，打開城門，馬仲英部一擁而入，先是亂殺亂砍，繼而奸淫擄掠，最後放火焚燒。精壯男子，幾乎被殺光。西城一個水池旁，僅二三歲嬰兒的屍體即有四五十具。事後有姓可查的，死難者即達2400餘人。財產損失估計約有銀元200萬元。縣長和公安局長藏於懸匾中，才得幸免。馬仲英部屠城後，遠颺大通。國民軍始遲遲進城。馬步元本已逃跑，後因戀其豪華之公館及財物，又折回，並叮囑部屬推卸血腥罪行。國民軍包圍其公館，逼令其交出凶手，馬步元自知難免，以手槍自殺。
馬仲英又由大通經扁都口，進入河西走廊。馬仲英部離開青海後，國民軍又組織幾路清鄉。在清鄉中，有的又對回民進行無辜屠殺。如九十二旅副旅長趙樸任大通清鄉司令，一次捉來三四十個回民，大多已五六十歲，即命令把每人割下一個耳朵，然後悉數斬首。原來回、漢間的仇殺，多是官府如此胡作非為所釀成。
七、河西殘殺
甘州鎮守使馬璘（玉清）對國民軍一貫表示服從。此次河州、涼州事變發生，他仍堅持平素態度。部下官兵為響應馬仲英、馬廷勷，屢謀嘩變，均以他痛哭勸解而未釀成事實。1928年8月，他奉劉鬱芬電調赴河州，與馬鴻賓一起作宣慰工作。臨行時，部下又謀嘩變，馬玉清又涕泣勸導，並補發欠餉，才勉強成行。但馬玉清剛到永昌，所部終於嘩變，一部竄向洪水鎮搶掠屠殺，一部擁馬玉清入湟源，投奔馬麒，直到孫連仲率部入青海，他才恢複自由，投向蘭州。當時馬玉清部嘩變，甘州空虛。涼州亦僅有孫連仲部一個營（營長施積樞），不能西顧。劉鬱芬派肅州鎮守使裴建準為甘涼衛戍司令，率部東下甘州防守。裴建準到甘州後，收編了馬玉清一部分新兵，部署尚未就緒，馬仲英即於2月下旬進入河西。馬仲英在洪水鎮收編了馬玉清的叛兵，對裴建準不願啟釁，雙方即互不侵犯，馬仲英部進駐山丹。2月26日到達永昌。
永昌城內駐有裴建準步兵1營，配合民團防守。營長徐勉，係循化人，馬仲英以同鄉之誼，商妥借路城外，略求糧草供應，並不攻城。不料民團團長楊介臣少年好事，見馬仲英部旅長馬彥海坐於城壕，坦然無備，即隱身城頭，以手槍擊之，馬彥海中彈殞命，激怒馬應彪，立即督隊攻城，不半日即破垣而進，徐勉等巷戰力屈，與楊介臣同時被俘。馬仲英磔殺楊介臣，勸徐勉投降，徐不屈，亦被磔殺。並令屠城，男子被殺2299人，婦女被汙者甚多。戰後人稱永昌城為寡婦城。馬仲英稽留一日，即經寧遠堡走民勤。民勤南鄉馬蓮泉鹽池有緝私隊40人，裝備齊全，隊長蘇聯升聞警，將全隊集中固守一墩。馬仲英部到來，索要供給和槍支，蘇不答應，憑高射擊，擊斃馬部20餘人。馬仲英大怒，命其弟馬仲傑攀登距墩稍近的白楊樹上發槍射擊，彈無虛發，守墩者紛紛墜地。馬仲英揮眾搶登，將墩奪下，蘇聯升等皆死，槍支物品，均為馬部所得。
民勤縣剛接任的縣長雷尚誌聞聽馬仲英將來，慌令將3個城門關閉，強迫全城青壯年上城守禦。但城中僅有警察三四十人，破槍二三十支，且北門已被沙漠堵塞，沙漠與城牆一樣高，此無異以卵擊石。但劉鬱芬有令：凡土匪攻城，3天內城被陷者，縣長處死刑。故隻好孤注一擲。3月11日下午，馬仲英派馬維俊為代表，率兩個隨員馳至民勤城南門外交涉，要求開城，讓馬部進城休息，雷答以請在城外休息，給以供應糧草。不料一警察開槍打死馬維俊一個隨員，馬維俊即率另一隨員逃走。次日中午，馬仲英率大隊人馬圍城，城上無抵抗力，馬部一擁而上，在城頭砍死雷尚誌，隨即進行屠殺。茲引民勤人郭致英的一段記述：“這夥殺人放火的土匪，先逐街逐巷槍打刀劈地追殺參加守城的百姓，接著又挨家挨戶翻地挖牆搜殺男性中青年。許多老人和少年，也因救護親人被殺害。……縣北街完全小學的幾十名學生，在老師帶領下離校，不幸在燈山樓旁遇匪，全部被亂刀砍死。已繳槍投降的二十名自衛隊員，被集體屠殺在縣衙門兩旁。在大關廟內，匪徒們從神像後供桌下搜出四十多名百姓，被帶到院內跪成一排，由兩名匪徒揮刀砍殺，殺一陣刀刃鈍了停下磨，磨利了繼續殺……直到全部斬盡殺絕。正在東嶽廟、白衣寺叩頭祈求的老弱婦幼，被匪徒衝進揮刀亂砍，屍體堆滿了神佛地。幾個六七歲的小孩，被腰斬為兩段。……又放火點燃了大什字口的商店多處。……烈火中透出陣陣燒烤屍體的臭味。……還瘋狂地掠奪財物，四街的富裕人家，大小店鋪皆被洗劫一空。……把婦女糟蹋得不像樣子，有的婦女被強奸致死，狀極淒慘。馬仲英部在民勤城內駐的十七天內，幾乎天天時時燒殺奸掠。當時民勤城內共有九千多人，慘遭殺害的就有四千六百多人。”（原載《民勤文史資料選輯一》）