1950年6月，朝鮮戰爭爆發，台灣當局對此抱有很大希望，夢想將此作為反攻大陸的天賜良機，四處網羅和組織反共力量，對馬步芳一夥則連電催返台灣，馬步芳即讓馬繼援和馬呈祥赴台受命。後來，馬步芳也心有所動，接受了台灣國民黨當局任命的“駐沙烏地（即沙特）阿拉伯國大使”，直到1975年病死於麥加。
比較起來，馬鴻逵的際遇，似乎要差一些。他於1949年9月住在重慶歌樂山下連家花園。寧夏解放之後，他處境艱難，隻好稱病不出。但不出門仍是躲不過，一日，竟找上門來也。茲錄目擊者的一段記錄文字，以見當時的真實情況。
某星期一的中午，連家花園附近突然戒備森嚴，穿藏藍色中山服、戴蘭呢禮帽的藍衣社人員滿布山頭、路邊。不多時，蔣介石侍從室主任俞濟時乘車來，率警衛人員進花園布置崗哨，接著國民黨在重慶的幾個軍政大員接踵而來。最後，一黑色林肯牌避彈長座車飛馳到達，下車後，才知是蔣經國和錢大鈞兩人。俞濟時遂命將馬鴻逵的警衛人員撤掉，進房對馬鴻逵說：“總裁和閻院長前來探病。”並讓馬好好休息，不要起來，約一小時，五輛一式黑色林肯牌長座車到，閻錫山、蔣介石從第四輛車上下來，並行進入馬鴻逵住房。馬體重蹣跚，忙不迭爬起來，就勢溜下床來，跪地將蔣介石的腿抱住，連哭帶說：“我對不起總裁，對不起黨國。”蔣介石俯身拉攙說：“不要這樣，不要這樣，我有責任。”閻錫山說：“沒啥，沒啥，從頭再來。”就座後，約談了10多分鍾，其他大員才魚貫而入，寒暄慰問，隻有蔣經國沒進屋。到馬鴻逵出來送客時，蔣經國才過來應酬了幾句。蔣介石臨上車時，吩咐馬鴻逵到台灣去。（馬振宇《逃離寧夏前後的馬鴻逵》）
馬與最高當局見麵的場麵如此，此後路途之艱難不問可知。下午，總統府就來人照會，要搭乘兩航（即國民黨中國航空公司和中央航空公司）去台灣，不要驚動“飛虎隊”（即陳納德的飛機）。這就無異於已受到控製監視了，所以馬鴻逵慨歎：“不相信我了。敗軍之將，雞犬不如。”
馬鴻逵以17000銀元券，向中國航空公司包了一架“空中行宮”式客機，於10月13日飛赴台灣。起飛前，馬鴻逵還派人把“寧夏省財政廳”派來領軍餉的科長雷某找來，令其把所領軍餉1700餘兩黃金交出來，全部帶走，這大概是馬鴻逵的最後一次喝兵血。他從白市驛機場起飛時無一人送行。機場上有兩個上校軍官，見馬的警衛人員攜帶槍支，即命將槍全部交出，鎖在駕駛艙的鐵箱內，中途，馬鴻逵命電台與柳州的白崇禧聯係，回電稱：“柳州危急，現正在激戰中，你們不要來，白長官不能通話。”飛機在廣州、汕頭降落兩次，直到14日上午11時始到達台北機場。“台灣省主席”陳誠、保安司令彭孟緝等都到機場迎接，算是給了點臉麵。馬鴻逵住在自己所購的古亭區和平西路二段23號住宅內。蔣介石到台灣後，又給馬鴻逵以國民黨中央評議委員會委員的名義。
但是，“二馬”的事情還沒有結束。國民黨“監察院”鼓動山西省一些監察委員，對馬鴻逵、馬步芳提出彈劾案，罪名是“貽誤軍機，喪失防地”，“行政院”也給馬鴻逵以“撤職查辦”的處分。馬步芳到台灣的時間比馬鴻逵早5天，但他到後即溜之大吉，取得出國護照，飛到埃及去了。所謂“彈劾”，他以遠居尼羅河畔而毫不在乎，隻落得在台灣的馬鴻逵一人承受。但國民黨對其大員的所謂“彈劾”、“撤職查辦”一類，不過是官樣文章而已，何況也有“社會輿論”為其鳴不平。當時有人指出：整個大陸均已丟失，為何單罪此兩人，豈非他們“不是嫡係”之故！所以還是個不了了之。