SSM-1B艦艦導彈是在SSM-1岸艦導彈基礎上改進的。除具備SSM-1同樣的性能外，為了適應艦上惡劣環境進行了一係列的改進：采取了防海水、海浪和震動措施；采用高性能雷達、慣性導航裝置和抗電子幹擾裝置；與艦上的“魚叉”導彈的火控係統、發射裝置兼容；對製導和推進係統也作了一定的改進。但其氣動外形和SSM-1岸艦導彈完全一致，最大射程也一樣。
SSM-1B艦艦導彈由目標探測係統、火控係統、發射裝置和導彈4部分組成。
SSM-1B艦艦導彈的外形和88式SSM-1岸艦導彈完全一樣，基本戰術性能也一樣。為了提高導彈抗電子幹擾的能力，改進了導彈導引頭和慣導係統。SSM-1B艦艦的目標探測係統可接收各種目標指示係統的信息，這些目標指示係統包括SH-60J艦載直升機、E-2C“鷹眼”預警機、E-767預警機和EP-3電子偵察機等。使導彈能夠超視距打擊150千米以遠的各種水麵艦艇目標。
SSM-1B艦艦導彈火控係統的主要功能是接收來自全艦指控係統的指揮控製數據（如“村雨”級驅逐艦的QYQ-7指控係統），並解算發射導彈的相關數據，進行任務規劃，確定導彈的發射時機。該型導彈不僅適用日本自研的WPC-IA武器控製係統，也適用“捕鯨叉”反艦導彈的AN/SWG-1A武器控製係統。
SSM-1B艦艦導彈采用與“捕鯨叉”類似的傾斜圓柱形箱式發射。根據艦艇噸位的大小，可分別采用單管、雙聯裝和四聯裝靈活布置。如快速攻擊導彈水翼艇裝的就是單管發射裝置。左右各安裝一枚90式SSM-1B艦艦導彈。“隼”級導彈艇在尾部裝有兩座雙聯裝發射裝置。而在“村雨”級及“高波”級驅逐艦上則和“捕鯨叉”導彈的安裝方式一樣，在艦中部安裝兩座四聯裝發射裝置。除了可以用“捕鯨叉”反艦導彈的火控係統外，SSM-1B艦艦導彈也可用“捕鯨叉”導彈的發射裝置發射，因此SSM-1B反艦導彈可非常靈活地換裝“捕鯨叉”反艦導彈。