清初，黑龍江沿岸沒有清軍駐防，距離黑龍江地區最近的駐防城寧古塔也在千裏之外。康熙帝為避免與俄軍“我進則彼退，我退則彼進，用兵無已，邊民不安”的曆史重演，為達到東北邊疆長治久安的目的，在經過慎重考慮後，最終決定，“於黑龍江（即璦琿）、呼馬爾二處，建立木城，與之（俄軍）對壘，相機舉行”。隨後，命令寧古塔副都統薩布素等領兵前往黑龍江築城屯田，防備沙俄的劫掠。薩布素（1629—1701），富察氏，滿洲鑲黃旗人。他出身寒微，人到壯年才挑補披甲，後任筆帖式（書記官）。順治九年（1652），擔任寧古塔總筆帖式。康熙元年（1662），又改任驍騎校一職。康熙十七年（1678）八月，薩布素接替升任奉天將軍的安珠瑚，任寧古塔副都統。康熙二十年（1681），清廷平定“三藩之亂”後，解除了後顧之憂，遂把精力轉向東北防務。康熙二十一年，康熙帝決定出師北上，全麵反擊沙俄侵略。康熙二十二年（1683）十月，清廷正式設黑龍江將軍，薩布素被任命為第一任將軍。黑龍江將軍的設置，標誌著東北三將軍分轄體製的正式形成，對抗擊沙俄侵略，開發和建設東北邊疆都具有深遠的意義。
薩布素臨危受命之後，立即著手在黑龍江東岸建立璦琿城（璦琿，地名，是我國清代黑龍江將軍轄區的軍事重鎮之一，在今黑龍江省黑河市愛輝區南三十五公裏。也稱作“艾滸、艾虎、艾呼、艾渾、愛琿”，皆為一些少數民族語的不同漢語譯音。漢語稱“黑龍江城”，滿語稱“薩哈連烏拉霍通”。1858年後始出現“璦琿”字樣），並以此作為將軍駐地和前線清軍大本營。康熙二十三年，薩布素又於黑龍江西岸新璦琿地方另築一城，移將軍衙門於此，江東舊城留兵駐守。璦琿城和黑龍江城夾江而立，形如雙鉗，宣告清軍已經在黑龍江上布置好營壘。
康熙二十二年（1683）夏天，第一批烏喇、寧古塔官兵1500人到達璦琿。康熙二十三年，又有烏喇、寧古塔及增派的達斡爾官兵1000人攜帶家屬到黑龍江屯田駐守。康熙二十四年，清廷派遣盛京的八旗官兵前往黑龍江開墾耕地1500餘坰，並教導素來以漁獵為生，不習農事的達斡爾、索倫人以耕作之法，使得他們“課耕有法，禾稼大收”。至此，清廷在黑龍江的軍事基地已經建立，為進一步的軍事進攻做好了準備。
（二）解決戰爭過程中的後勤供應問題
兵馬未動，糧草先行，自古以來，莫不如此。保證充足的糧食供應，對清軍能否在雅克薩之戰中獲勝尤其重要。
清朝以前，東北地區南部的遼河流域，始終是糧食生產基地。清初，經過順治一朝和康熙初年的大力招民開墾，當地的糧食生產已經恢複到明代的水平，完全能夠滿足反擊沙俄的軍事需要。然而，如何把糧食運到黑龍江流域的八旗駐地，這是清軍麵臨的首要的問題。從陸路運輸行程數千裏之遙，成本太高，隻有依靠水路運輸才能滿足大軍的作戰需要。於是清廷決定從遼河將糧食運至鬆花江再經鬆花江運至黑龍江，然後從黑龍江逆流而上至璦琿城和黑龍江城儲存。為此，設立儲備糧倉四處，“內地設於巨流河之開城（今遼寧省開原），邊外設於鄧子村（吉林省鄭家屯），烏喇設於易屯門（今吉林省伊通） 及易屯口。農隙之時，運米貯於開城倉內，以春秋二季舟運至鄧子村交卸。自鄧子村至易屯門，百裏無水路，車運至易屯門倉內，由易屯河（伊通河） 舟運出易屯口竟達混同江”。運送糧食的船隻和水手，全部由東北三將軍自己解決。為運送糧食，清廷總計建造運糧船隻二百八十艘，動員水手兩千七百人，他們從康熙二十二年起，連續向黑龍江前線運送糧食。
（三）修造戰船，解決水路運輸和戰爭的需要
以往清軍向黑龍江前線運輸糧食的船隻，隻有大船八十艘。然而這些大船主要是運載糧食和重武器，逆水行駛時，還需要纖夫在兩岸拉纖而行，根本不能用來配合陸上部隊作戰。有鑒於此，議政大臣郎坦在“平羅刹之策”中向康熙帝建議再造小船五十六艘，專門用於戰場上使用。康熙帝很重視這個建議，命令戶部尚書伊桑阿，帶領良匠，前往寧古塔修造戰船，“前投誠入旗的林興珠等係福建人，今著彼前往演習，庶有裨益”。