首先是尋找一種有效的理論構架。吳文藻先生查閱了各種有關資料，對各種學術思潮進行了深入細致的分析研究。他先後研究了法國的社會學派，德國的係統社會學學派，英國的功能學派和美國的民族學曆史學派、民族學德奧播化學派等。他在對這些學派作深入考察並經深思熟慮之後，終於選擇了英國的功能學派的理論。其理由是“功能學派式社會人類學中最先進，而亦是現今學術界上最有力的一個學派”。功能學派認為，文化本身就是人類為了滿足他們個人和集體的需要而創造出來的人文世界。滿足人類的需要就是對人類的生活是有用的意思。也就是文化是因為人類的需要而產生的，它的功能就是需要。這非常適合當時中國的國情。因此，吳文藻先生認為，用功能學派的理論研究中國的國情就能創造出具有中國特色的新的研究路子。為了係統的介紹和推廣功能學派，他專門寫了《功能派社會人類學的由來與現狀》。他還邀請了功能學派的創始人之一拉得克利夫？布朗到燕京大學社會學係講學。與此同時，他還關注另一位功能學派大師馬淩諾夫斯基，他推薦其弟子費孝通拜馬氏為師，專門接收和研究功能理論。
其次是用功能學派理論來指導對中國國情的研究。中國是一個地廣人多的大國，在以前沒有什麼研究的基礎上，要想全麵鋪開對中國國情的研究是不可能的。這一點，吳文藻先生十分清楚。因此，他提出了進行社區研究的方案。在向同仁和學生介紹了解社區是什麼的基礎上，他先後派出了一些研究生和助教到國內一些地區進行實地調查，使社區研究巍然成風。比如費孝通的江村經濟調查，林耀華的福州附近的義序宗族組織問題調查，黃華的節定縣禮俗和社會組織問題調查等等。這些調查研究成果對當時的社會學和民族學中國化起了很大的促進作用，對今日的社會學和民族學研究也仍然有重要的參考價值。
第三是培養出用這種理論研究中國國情的獨立的科學人才。社會學和民族學要真正的中國化，是必須要具有中國特有研究風格的“獨立的科學人才”。吳文藻先生對此看得最重要，他把最大的精力和心思花在培養學生和專業人才上。吳文藻作為近代中國愛國歸國留學生、著名社會學家、民族學家和教育家，借鑒美英等國高等教育方法，提出培養中國突出人才的具體標準要求及一整套方式方法，並付諸實踐，為祖國培養出了一大批享譽國內外的突出的社會學和民族學人才。其方式方法為當今祖國突出人才的培養提供了重要借鑒與啟迪。吳文藻是近代中國最早明確倡導培養突出人才的學者。在其《如何建立中國社會科學的基礎》一文中，他提出了“突出人才是發展科學的第一要素”。他認為，“欲建立中國社會科學的基礎，首在慎選具有獨立研究資格的專門人才，充分予以發揮才能的機會；次在寬籌經費，優遇此類人才，使能專心研究，一麵可以增益知識，一麵可以培植後學；又次則在健全研究組織，鼓勵學術空氣，以利研究工作的推進，及專門學識的傳授。人才，經費，及組織三者，相益相成，缺一不可，是乃發展科學的基本要素。”在人才，經費和組織三者中，他尤其重視人才，他認為“突出人才是發展科學的第一要素”。他指出，若無突出人才，專心攻修，即有充足經費及完好設備，亦將一籌莫展。那麼如何培養中國的突出人才？吳文藻提出了一整套教育方式方法。
1．用討論班的方式培養學生獨立開展學術研究的能力和合作研究的能力。他在具備一定基礎和專業知識的本科三、四年級學生及研究生中，采取自己開講並輔以討論班的形式上課。先讓學生選擇某一門課程中的研究專題進行準備，然後進行個別指導，使學生撰寫出專題討論文章，最後讓學生在討論班上講解各自的研究成果並進行討論。這種形式不僅啟發了每一個學生個人特長的發揮，而且又鍛煉了學生獨立鑽研知識，從事專題研究的能力。與此同時，他還主張合作研究的訓練，認為這對於培養學生的集體主義思想和學術研究極有裨益。因為進行集體思想之時，必須共同商量，公開討論。這對於研究最有幫助。他主張我們可以常常試用研究生討論班的方法，來討論各人研究考察的結果。此法適用得當，對於學生必有莫大的好處。因為嚴格進行討論之時，對於科學工作施行的步驟，必須反複詳加考問，譬如：第一，考問其對本問題所包擴的初步假設是否適當；第二，他所搜集的一切材料，是否足以充分支持其假設；第三，他在研究時所應用的方法及所得的結論，是否站立得住。如果盤問徹底，商討周詳，這是學生求進步最快的方策。這種討論班形式培養人才的方法，後來被他的學生費孝通概括為一種“但開風氣不為師”的方法。即鼓勵學生們不要一味迷信學誰，而要在學術上有自己的判斷和方向，“要開創一個新的學風，實事求是互相學習的學風，不搞門戶之見。……每個學人都可以有自己的見解，每個人對別人的見解都有讚同與反對的權力”。在此思想方法指導下，後來逐步形成了社會學學術研究團體。