之後，戰事又持續了數十年，原羅馬帝國的版圖又都陸續並入拜占庭（被稱為“新羅馬”），拜占庭帝國的版圖空前擴大，查士丁尼大有恢複羅馬雄風的架勢。但是拜占庭軍隊的數量根本沒有龐大到足於控製如此之多的土地，因此那些名義上已被征服的區域實際上仍十分危險，而帝國的勝利實際是以廣大被征服土地的衰弱來換取帝國的中心區域的繁華。
不過查士丁尼大帝的成功，是誰都不能否認的。他使拜占庭帝國進入了全麵的法製時代，並且一改以往軍隊以步兵陣推進為主的戰術，建成了無與倫比的裝甲騎兵團，這是拜占庭在對外擴張戰爭中的主要支柱。
對外的擴張使得國家的領土大大增加，然而對內的殘酷鎮壓和大量征用民工卻加速了帝國的內部矛盾，為帝國的衰弱埋下了隱患。
被勝利的豪氣脹得滿滿的查士丁尼開始大興土木，建造各種宮殿、教堂，極盡奢侈之能事。僅僅是建築君士坦丁堡的聖索非亞大教堂就整整花費了五年的時光，征用民工一萬多人，全部費用折合黃金約18噸。那金碧輝煌的高大建築分明是用廣大奴隸的屍骨堆積而成！另一方麵，屬於私有的奴隸食不果腹、衣不蔽體，整天從事著繁重的勞動，而奴隸主階級卻是花天酒地，揮霍無度，奴隸的血汗養肥了這一大幫吸血鬼。
除此之外，查士丁尼還強行向人民征收各種苛捐雜稅，強派各種徭役。查士丁尼為首的統治階級就像一群永遠不滿足的吸血惡魔在貪婪地吞咽著東羅馬人民的血汗。皇宮之中幾乎是處處笙歌、夜夜狂歡。統治者的歌舞聲中夾雜著的是廣大人民啼嘰號寒的悲苦之聲。然而水能載舟亦能覆舟，終於人民的忍耐到了極限，他們的憤怒像火山一樣爆發了！
532年，君士坦丁堡爆發了一場聲勢浩大的起義。事情的原委要追溯到查士丁尼上台不久，那時君士坦丁堡盛行一種馬車競賽，上至元老貴族、地主商人，下至平民百姓，都喜歡這種活動，連皇帝也不例外。賽馬一般分隊進行，以車夫的顏色分隊，觀看的人也以顏色為派別，然而漸漸地，這種派別居然成了政治黨派的標誌。其中最有影響的藍黨和綠黨常常爭鬥。查士丁尼為了不鬧出什麼亂子，就將兩派中的幾個人判了死刑。兩黨的下層群眾就以此為借口，砸監反獄，救出了死刑犯，放走了其他全部犯人。起義由此開始。
532年1月11日，羅馬帝國的都城之內到處是熊熊的烈火，聖索非亞大教堂、宙克西普浴場，以至一部分皇宮都籠罩在濃煙和大火之中。人們高呼著，要求絞死皇帝兩個最得力的爪牙——約翰和特裏波尼安。
查士丁尼和他的皇後連同幾個元老被起義群眾困在宮中，一等莫展。此時如同驚弓之鳥的查士丁尼疑慮重重，生怕有人會乘機奪了他的寶座。這時，繼承人是最容易被懷疑的，於是他將目光盯在了一個叫希伯第的外甥的臉上。他疑慮他會謀害他，並乘機奪取皇位。恰在這時，起義的人們開始支持希伯第登上王位。查士丁尼急得焦頭爛額，而又不知道該怎樣收拾這個亂攤子。
這時，妓女出身的皇後給他打了一針鎮靜劑：即使戴著皇冠死去，也絕不苟且偷生！皇後的話激起了查士丁尼的決心，他將各地的軍隊都調回來了，集中全部力量鎮壓這次起義。這些起義者當然不及訓練有素、裝備良好的士兵，於是戰場上血肉橫飛，喊殺聲、慘叫聲和呻吟聲混成一片。近四萬多起義者倒在了劊子手的屠刀之下。經過皇帝和幹將們的血腥屠殺，起義徹底失敗了。
然而，查士丁尼並沒有因為這一次的勝利而挽回局麵。一切都還沒有結束，甚至可以說這隻是個開始。這次起義後，全國各地的起義此起彼伏，敘利亞、巴勒斯坦和埃及等地也不斷發生暴動。與此同時，意大利和北非等地的人民都開展了反侵略的英勇鬥爭。查士丁尼如同坐在維蘇威火山口上。
555年，查士丁尼不得不停止了一切對外侵略戰爭，轉向局勢堪危的國內。
10年之後，查士丁尼去世。繼任的幾個皇帝轉而奉行東進西守戰略，重新向波斯開戰。雙方在爭奪戰略要地亞美尼亞的幾次會戰中互有勝負，誰也沒有占上風。直到589年，波斯帝國發生內亂，拜占庭乘機收回亞美尼亞的大部分土地。
關於查士丁尼的是非眾說紛紜，但是作為一代君主，查士丁尼的一生絕對稱得上輝煌。他是上帝賞賜給羅馬人的明珠——至少對於羅馬人來說確實是這樣。