五代後梁龍德二年（922年），盤踞鳳翔的原唐節度使岐王李茂貞，曾多次修葺木塔，添置塔心樘柱，以綠琉璃瓦覆蓋塔頂，使木塔更加漂亮，逢夕陽朝霞時，金碧輝煌，雄姿昂然立於岐山之陽。時人記載形容木塔“窮華極麗，盡妙罄能”。發掘資料證明，木塔定型於唐代，塔形四方，可以和西安大、小雁塔媲美。宋、金、元時期寶塔建製無大變化，統稱“真身寶塔”，可貴的是，在漫長的幾百年裏居然沒有遭到大的破壞。
明隆慶三年（1569年），鳳翔府連續發生了兩次地震，波及法門寺真身寶塔，木塔崩毀，這引起了不少佛徒僧尼的惋惜悲歎。西蜀有一篤信佛教的居士，傷感得痛不欲生，誓願為重建寶塔而殘膚苦行化募。他用百尺長的鐵鎖鏈，穿鎖在自己的肩筋骨上，為佛增光，不怕疼痛勞累，拖地行乞，到處募緣，為恢複真身寶塔募化了不少資財。木塔崩毀10年後，明萬曆七年有扶風佛徒，募化錢財，倡導修複法門寺塔，經時30年，於明萬曆三十七年竣工，將四層木塔改建為十三層磚塔。塔身高56米，八麵八棱，棱角為雕琢成的花磚砌拱。拱角懸鈴，在晚風晨光中口叮咚作響。最上層無洞門，地麵第一層塔門朝南，門高1.26米，寬1.4米，門額石刻“真身寶塔”，正東麵額石刻“浮屠耀日”，正麵額石刻“舍利飛霞”，正北麵額石刻“美陽重鎮”。其他東北、西北、西南、東南各麵分嵌乾、坎、艮、震、巽、離、坤、兌八卦文以記方位。法門寺塔巍峨壯觀而宏麗，在關中西部首屈一指。
明代磚塔是在木塔崩毀後修建的，重量千萬倍於木塔，塔基下有舍利地宮，因此塔基並不是很結實。所以磚塔建成後45年，即清順治十一年的地震中法門寺塔身向西南歪斜，佛經佛像從佛龕中跌落。法門寺真身寶塔的最後一次修建是在民國年間。民國二十八年即1939年，由朱子橋將軍發起，決定重修法門寺。這次修繕工程，除了在寺廟內修建一些殿堂、鍾鼓樓和碑亭外，也修整了真身寶塔。一方麵將塔基由八角形改為正方形，同時，每層塔棱增添了二龍戲珠、獅子麒麟、雙鳳朝陽等浮雕，並伴飾花葉雲朵，雕工精致，紋樣華麗，使古老的法門寺塔重放光彩。法門寺塔在1976年8月連綿陰雨中，逢四川鬆潘大地震之震波所及，遭到嚴重損壞，1981年因陰雨連綿寶塔崩塌。現在所見寺塔是在清理地宮後由陝西各級政府有關部門籌資修建。
·三代人，三十年，寺塔三百年
法門寺四層木塔倒塌後改建為十三層磚塔，明萬曆七年動工，萬曆三十七年竣工，整整修了30年。為何修了這麼長時間？這裏又有一段淒美的祖孫三代修寶塔的傳說。
相傳萬曆皇帝下詔修塔，招選天下能工巧匠設計施工，一位70多歲的長者設計的磚塔形式是八麵十三層，全塔88個洞，洞內安放88尊菩薩、88位金剛。萬曆皇帝看後十分滿意，就命他施工修建，長者發誓塔修不成，就以自己頭顱獻佛。開工十年，修到九層時，腳手架垮倒，長者如自己誓言所說，割下頭顱獻奉佛前。一年後，有個40歲的中年漢子，自稱是長者的兒子，也願以頭顱擔保，願承父誌完成修塔任務。修了3年建到十一層，腳手架又倒毀了，中年漢子踏著父親的足跡向佛神獻上了自己的頭顱，從此再無人敢包建塔工程。
有一日，一個十幾歲的少年來到法門寺，聲言自己是長者的孫子、中年漢子的兒子，也願以生命為修塔保證。法門寺長老正為找不到修塔承包人而發愁，就半信半疑的答應了。但次日，這個少年忽然不知去向，10年過去了，修塔少年沒有回來，也再沒有別人敢修此塔。原來少年跑遍了天南海北，看遍了中華大地上的所有名塔，最後到達杭州觀看六和塔，他每到一處就詢問塔至高處如何建，用什麼綁成腳手架，總是不得要領。