不過，搭建聖馬可圖書館時，發生了一件意外。十六世紀初，威尼斯人將聖馬可廣場擴建成為一座富麗堂皇、能夠展示共和國權力的廣場。佛羅倫薩建築師雅克伯·塔替（Jacopo Tatti），即山索維諾，負責這件宏大的工程，一五二九年起，他致力規劃這座大廣場及其周遭建築達三十年之久。最後，在他主持下，總督府對麵廣場上建起那座華麗的圖書館。
然而，一五四五年十二月十八日至十九日那晚，圖書館大廳部分拱頂坍塌。沒有查出意外原因，山索維諾立刻鋃鐺入獄，慘遭虐待。因他的朋友提香（Tizian）和阿雷提諾（Aretino）求情，才使這位建築師免遭進一步的刑囚。山索維諾可以出獄，但薪資被扣，且必須負責自力修複損壞部分。
好在很快查出這件意外並非起先所想的那種重大災難，隻有一扇窗戶和其上拱頂毀損。倒塌的原因可能因為一名建築工人過早拆除必要的支架。海上一艘船艦炮火射擊導致的震動，顯然讓石塊鬆動。同樣受到傷害的建築師山索維諾在聖馬可大教堂為他的兩位朋友，後來也為他自己立下一個小型紀念像，在教堂法衣室的銅門上塑上提香、阿雷提諾和他自己的頭像。
對當時的威尼斯來說，火炮射擊一事司空見慣，不隻用在歡迎國外貴賓。阿爾多斯在一個政治動蕩的時代開展自己的業務，在他出版的第一批書的前言裏，他便已抱怨道：
自法軍入侵拿波裏後，半島上便騷動不安。法國人、德國人、西班牙人、瑞士人四處蹂躪，街上不再安全。內陸貿易中斷，阿爾卑斯山道路被阻。威尼斯雖然因為地理位置，暫保安穩，但在聖馬可廣場上，可以聽到附近敵人的火炮聲響。
盡管局勢險惡，阿爾多斯依然盡力供應阿爾卑斯山以北客戶書籍。由於聲譽絕佳，他收到許多學者來信，卻因工作繁忙，無法一一回信。此外，每天都有不速之客來到他的作坊，打擾他的工作，部分因為好奇，部分出於無聊，也有部分帶著自己的手稿前來，令他無暇應付：“他們坐在那裏，無所事事，就像血蛭一樣，沒吸飽的話，是不會離開皮膚的。”他在給一名熟人的信中這樣罵道，但最後他還是找到了一個擺脫這種騷擾的方法：
不重要的信，我根本不回，重要的信，也隻三言兩語。沒人會怪我，我有時間的話，寧可花在出版好書上。但對訪客，我在自己工作間門上刻上以下文字：“不管你是誰，阿爾多斯懇求你盡量少言，盡快離開；如果你來這裏，像赫拉克勒斯（Herkules）一樣，在阿特拉斯（Atlas）疲憊之際，扛起他的重擔的話，這裏會有工作給你和所有來這的人。”
大家當時一般印製大尺寸的大字體對開書冊。閱讀這種並不輕便的書籍時，多半擱在桌上或斜麵閱讀桌上，不過寄送這種大開本書冊並不容易，旅行閱讀時也不方便。阿爾多斯雖然也印製對開書冊，而且盡管紙張昂貴，還是留出寬大的書緣，讓學者不必在文中寫下他們的注記。此外，阿爾多斯也以不同方式縮小字母，印製常被閱讀的拉丁文作家時，則采用輕便的八開本，配上看來類似手寫體的斜體圓體字或斜體字。這個劃時代的想法不僅讓阿爾多斯能在單頁中印出更多字母，也讓他可以廉價供應他小開本的經典版本。
一五○二年起，阿爾多·曼奴奇歐有了自己的印工標記，那是一個纏繞了一隻海豚的錨，中間的名字被隔成AL-DUS（阿爾—多斯）兩部分。在書籍印工藝術年鑒中，這個標記被稱為“阿爾多斯之錨”，象征著深思與工作迅捷。阿爾多的這個印記可能取自文藝複興最美的書籍《波裏菲洛的情欲之夢》這本諷喻小說的一幅木刻插圖。
阿爾多雖然取得威尼斯共和國十至十五年的特許狀，而且多位教皇後來還多次展延期限，禁止他人翻印他的書籍，不過他的對手完全無視這些特許，仍將阿爾多的標記用在自己的產品上。
阿爾多·曼奴奇歐印製的書籍受到高度稱許，不隻因為細心的校訂，也因為印製的精確與美觀以及紙張的質量。阿爾多的能力與嚴謹認真，讓他很快成為一個約有四十位學者的圈子的中心人物。至少詩人彼特羅·本波、史家瑪裏諾·山奴多（Marino Sanudo）與神學家暨作家伊拉斯摩斯，有段時間亦在這個“新學院”（Neacademie）圈子中。
這個新學院嚴格規定成員之間隻能講希臘文。不能遵守規定者，會被處以罰金。不支付規定金額與不清還其他罰金者，會被這個古希臘文化研究圈子開除。如果有天意外碰上一名遭到開除的成員，那一天甚至會被視為不幸的日子。繳付的銀幣會被用在輕鬆的場合，隻要金額足夠一起用膳的話，阿爾多斯就該辦場盛宴，在這樣的日子，大家不想“像個印工”一樣用餐。
一五○七年十一月初，阿爾多·曼奴奇歐收到一封信，盡管自己工作繁忙，依然無法置之不理。對他來說，這封信甚至算是一種特殊榮譽。這封寫於十月二十八日的信，來自一名正好停留在波隆納大學的荷蘭學者。信中表示：