公元前333年，亞曆山大征服埃及。亞曆山大從馬其頓來到埃及對於大多數飽受波斯人暴虐統治的埃及人來說是一種解放。為了繼續得到老百姓的擁戴，埃及的新主人多次朝聖，其中最著名的那一次就是前往錫瓦。在那裏神的諭旨確認了亞曆山大神的屬性。
亞曆山大還決定在三角洲的西部建設一個地中海沿岸的港口亞曆山大港。此後不久，他又展開了新的征服行動。他委托副手托勒密治理埃及。隨著托勒密權威的穩固，他和皇帝拉開了距離。
公元前306年，亞曆山大去世。幾年後，托勒密以法老的方式登上了埃及的王位。他和他的後代構成了一個被叫作拉吉德或托勒密的王朝。他們確保了國家的新首都亞曆山大港的發展。
亞曆山大市很快就變成了一個希臘文明最光輝燦爛的發源地之一，它可以和雅典相媲美。特別是在托勒密二世時代，他不但興建了圖書館、學校、博物館，而且在法羅島上建造了後來成為亞曆山大燈塔的信號台。科學和藝術出現了空前的繁榮。所有流傳到這個城市的外國作品都被翻譯過來。這就保證了各種思想、哲學和科學都融合到了一起。阿基米德、歐幾裏德，阿基米德以及那個時代最偉大的詩人都來到包容萬象的亞曆山大市定居。在那裏可以見到希臘的僑民、土著埃及人和許多猶太人、波斯人和敘利亞人的群體。
但是，尼羅河沿岸的埃及百姓卻依然置身於這一盛況之外。幾代托勒密在全國建立了許多神廟以安撫人民，但這並沒有能阻止鄉村裏爆發的起義。亞曆山大市甚至最後也未能幸免，動亂也波及到了這個城市。
公元前80年，王朝向在敘利亞的羅馬帝國的總督發出呼籲，請他幫助在首都恢複秩序。這也是羅馬帝國介入埃及的開端。托勒密十二世的兩個孩子，托勒密十三世和克莉奧佩特拉七世繼承了王位。此時國家處於在當地以龐培為代表的元老院的托管之下。當愷撒反對龐培時，克莉奧佩特拉站到了後者一邊，在福爾薩拉海戰中克莉奧佩特拉的兄弟和丈夫喪生。愷撒在這次戰役中獲勝後，克莉奧佩特拉歸順了愷撒。她和愷撒生了一個兒子，就是愷撒裏昂。
愷撒死去兩年後，安東尼成了東方的主人。克莉奧佩特拉終於使國家的新主人聽命於她。她從自己情人那裏取得了對中東大部分地區的控製，並使愷撒裏昂成為了埃及王位的繼承人。
但安東尼又被屋大維的軍團所挫敗。克莉奧佩特拉施展了最後的一招，但博取戰勝者恩寵的努力沒有獲得成功。安東尼和克莉奧佩特拉自殺身亡，愷撒裏昂也被人殺害。
埃及成為了羅馬的一個省。羅馬的軍隊駐紮在孟菲斯附近的巴比倫，也就是現在開羅的老區。“帝國的穀倉”——埃及變成了一個羅馬權貴們做逍遙遊的地方，他們紛紛來到這裏參觀古埃及人的廟宇。
（二）公元後的埃及
1埃及基督教的誕生（40—639）。基督出生後，聖家族從巴勒斯坦逃到了埃及。他們一行經開羅一直到達阿西尤特。他們在逃往埃及的途中被後人推測出的每一個停留處都成為了基督徒的朝聖地。
實際上基督教是在傳教士馬可抵達亞曆山大，也就是公元40年時才出現在埃及。這種當時還處在羅馬政權迫害之下的新學說在埃及人中得到了某種認同。公元63年，馬可在亞曆山大殉難。和猶太人一樣，基督徒們也不時揭竿而起，反抗羅馬占領軍。為了逃避鎮壓，他們中的一些人到沙漠裏尋找到了避難所。這就是那些隱遁者。這些隱士掌握了建立在隱退和苦行基礎上的宗教儀式。他們當中最著名的當屬聖·安東尼。他在270年逃到紅海沿岸的一座山裏，在洞穴深處生活。
從四世紀開始，當康斯坦丁皇帝於313年允許信仰自由時，基督徒們的處境有所改善。康斯坦丁死前接受了洗禮。希臘城市拜占庭被提升為首都，取名君士坦丁堡。羅馬帝國和基督教從此聯到了一起。那時人們叫它拜占庭帝國。在埃及，其表現是禁止信仰各種所謂的異教。這也是法老宗教的結束。
宗教在拜占庭帝國內部占有舉足輕重的地位，這就使宗教爭論變得尤其重要。因為從政權方麵看，這種重要性具有決定性的意義。對這些爭論的判決是在宗教評議會內進行的。在評議會上，帝國的主教以公認的教義為尺度，審核每一種理論。在當時動蕩的情況下，像亞曆山大等大城市都發生過騷亂。
公元451年，亞曆山大的主教，埃及的最高宗教權威狄斯科雷在卡爾西頓會議上被免職，指責他維護了一種被稱為基督一性論的異端宗教學說。但是埃及的基督徒廣泛地信仰他們長老的理論，並群起反對。由於無法通過信念使教眾皈依到正統教義上來，拜占庭隻好通過武力施展它的權利。埃及基督教教會再次遭到迫害的時代開始了。埃及基督教教會意識到了在帝國內部存在文化和學說上的差異，因此更名為科普特教會。這個名字派生於它的埃及名字。