翻開清以後的鄱陽縣誌，就會發現“書院”是其中的重要的部分。15所書院，包括一所稱作秦公講堂的，3所建於明朝以前，5所建於明代，其他全都為清朝所建。也就是說，進入大清王朝，修或新建了7所書院。眾所周知，滿清王朝從立國之初起，就對漢民族實行文化專製，為什麼他們又大興書院呢？這問題說複雜又簡單，歸根結底還是為了鞏固其統治地位的需要。其實，清朝興辦書院，從禁到放也是有過程的。從全國來看，禁止創建書院，幾乎長達一個世紀。公元1652年清順治九年，朝廷下令：“不許別創書院，群聚徒黨”。可見當時統治者對於書院格外警覺，以致視為“群聚徒黨之所”。直到公元1733年清雍正十一年，在相隔順治初年90年之後，朝廷才放話各省省城設立書院。我們知道，“書院”自唐代有了稱呼直到清末。但書院的性質是完全不同的，唐朝書院是指藏書的地方，圖書館吧。中唐以後到五代，才逐漸演變為求學之所，程朱理學興起之後，推動了書院的創建。明及以前的書院，雖然也有官立、私立之分，但多數是為講學而設，是學術研究場所。
鄱陽新創書院的開禁，過程與大體全國差不多，但又不盡相同。據舊縣誌記載，順治九年，郡守翟鳳翥將毀於順治三年，原建於胡公祠左，公元1602年明萬曆四十八年，創辦的“芝山書院”，改建於府治的明倫堂西。從時間看來，這不是有違聖旨。就一般規律而言，一個郡守決沒有這麼大的膽子。最有可能，事情發生在朝廷敕令之前。然而，公元1684、1685清康熙二十三、二十四年，知府黃家遴、鄱陽士民又先後創建了“彙源書院”和“希賢書院”，這又作何解釋？其實，滿清王朝的皇帝深知，要統治中國，必須象前朝的君主們一樣，“尊孔重儒”，推崇理學。書院是理學的產物，隻要注意回避“群聚徒黨”這四個字，把口號放在“尊孔”與“崇理”上，也就不會有什麼風險。而事實上地方官興辦書院，重要是在宣傳自己的施政業績，即“公之嘉績”，再者還可以賺得順乎“民意”的好口碑。像“希賢書院”就是公元1685年康熙二十四年，“士民請為巡道查培繼立生祠不許，諸生楊鉞等請以為查公講堂不許，乃請改為書院”，成為追思治饒良牧的祭祀場所。在順治九年之後，即使有書院創建，也是過渡性質的。因為這時候的書院，既沒有明代書院那種因私人講學而興起，是開展學術自由場所的這種性質，也不是後來完全作為科舉考試的預備機構。隨著用人製度的改變和需要，書院如同府、州、縣學一樣，主要以服務於科舉為目的了。於是，書院統一由官府管轄，並且給予資助。所以從公元1753年乾隆十八年起，“澹湖書院”、“秦公講堂”、“芝陽書院”相繼創建。
這裏有件事需作個說明，當時鄱陽雖書院總數不少，但多是屬於饒州府七縣聯辦的。後來，通過時間的不斷推移，有的書院成了本縣獨辦了。以澹湖書院為例，康熙四十八年設在靈芝門，後因為這個地方為上諭亭，便改建在明倫堂東麵。乾隆七年移到二條巷，一直是七縣公有書院。鹹豐三年毀於太平軍，之後於十八坊購買民房，並就張屈二公祠重建，到光緒初年，才為鄱陽一縣擁有。
有人會問，鄱陽當時財政不是很拮據，連造縣衙的錢都沒有，哪裏有錢辦書院呢？從書院發展的曆史看，依靠土地資源的“出息”是主要辦學經費的來源。理學家朱熹就說過，置田、買牛等都是書院的“久遠之計”。按現在的說法是建立一種基金——買田地，或池塘，或房產，或某一種產業（如田莊、典庫等），來維持書院的開支，包括房屋修繕、擴建，教師的束修即酬金、薪金，學生的膏火即燈油古代主要蠟燭，獎賞、仆役的工食銀及禮祭等等日常開支。到了清朝中後期，由土地作為主要基金來源發生了變化。鄱陽隨著水運事業的日益發展，商業的發達，土地“出息”逐漸被房租、店租、存款的利息所取代。這點我們可以從舊縣誌中看到：清康熙年間，座落在十七裏弄、風雨山、東園裏、韓山、朱源等處學田共168畝，歲征早穀103擔，糯穀25石2鬥，穀折銀24兩。此外，還有正銀5兩5錢5分2厘，漕米3擔5鬥9合；公元1862年同治元年，仍將捐錢置辦田地113畝6分5厘；第二年知府王必達，將官軍來饒州駐防時，購買的2間房屋租賃出去，收入撥給芝陽書院；又過了三個年頭，知縣陳誌培成立賓興會，捐錢1500錢，在縣城馬家巷、張王廟購置房屋2間，將租賃生息挪作教育經費。
盡管清朝期間鄱陽書院的個數，有了增加。但由於書院的性質已經改變，“研究經史真實學問日少，學事入院所肄之業，全為四書八股文，五言八韻詩，所請主持書院的山長，所謂‘鄉大夫之耄而無學，並經史之名不能悉數者’充之，所以書院也如府、縣學一樣，主要為科舉的預備機關而已”。這種為統治者所用，隻作科舉考試準備場所，專習八股時文及詩賦等的教育模式，實際作用無非是籠絡社會人心，麻痹青年思想而已。何況自明以來，在商品經濟推動下的鄱陽，已經從封閉中走出，這種書院教育的結果可想而知。我們隻以一種現象比照，錄取進士的數量，與前幾個朝代相比，可以用四個字概括：“每況愈下”。兩宋鄱陽有進士116人，元朝也有8人；明朝63人，舉人文183人，武4人；而清朝進士58人，舉人文233人，武68人。如年按人口比例計算，更少得可憐。鄱陽人口：宋代約13萬人，元代平均11萬人，明朝平均26萬多人。而清代鄱陽全縣人口，鹹豐以前平均35萬多人，鹹豐以後平均84萬多人，可見進入清朝以後，鄱陽在人才培養的取向上，已經發生了較大變化。