佛教方麵。學術界對中國佛教傳入日本的具體時間說法不一，主要有“私傳”和“公傳”兩種。“私傳”說認為佛教在522年由中國人直接傳入，即522年，南朝梁司馬達等人到日本，結庵供奉佛像，是為佛教傳入日本之始。而“公傳”說則認為百濟於552年將一批佛像、佛典以及幡蓋等佛學用物為禮品敬呈日本欽明天皇，才是佛教傳入日本之始。這一“公傳”說為日本學術界所公認。雖然朝鮮半島與日本的交往由來已久，朝鮮佛教自中國傳入卻有史為據，所以說日本佛教源於中國佛教，傳去的佛教大都是中國本土化了的佛教，是沒有問題的。需要指出的是，佛教能夠在日本得以傳播、展開，聖德太子功不可沒。聖德太子製定《憲法十七條》，在尊儒的同時，尊奉高句麗僧人惠慈為師，倡導尊佛，要求臣民“篤敬三寶”（佛法僧）。推行新政過程中，聖德太子大力扶植佛教招納僧人，興建佛寺，營造佛像，興隆佛法。他在派大禮小野妹子出使隋朝的同時，還派“沙門數十人”前去學習佛法。這些僧人入隋學習佛法，攜帶回大量經卷。此外，聖德太子還延請外籍高僧大德前往日本弘法，教化國民。相傳聖德太子本人還撰有《三經義疏》，解釋大乘佛教經典《勝鬘經》、《維摩經》、《法華經》。
聖德太子的這些舉動，為日後佛教在日本更加順利而廣泛的傳播，實現佛教的本土化、民族化，奠定了堅實的基礎。唐朝中期，高僧鑒真為弘揚佛法東渡日本，前後六次出航，五次失敗，雙目失明，曆盡艱辛，終於到達日本，後被尊奉為律宗祖師。1246年，大覺禪師蘭溪道隆赴日，創建巨福山建長禪寺，日本始有禪寺之名。宋元時期，中國禪宗最有影響的兩派——臨濟宗和曹洞宗都東傳到了日本。應該講，佛教發源於印度，卻勃興於中國的隋唐時期。中國佛教的眾多宗派，在隋唐以後的近五六百年中，大部分流傳到了日本。
道教方麵。眾所周知，東漢時期，中國的道教開始形成，曆經魏晉南北朝以及唐宋這幾個自身發展的關鍵階段，通過融儒、佛入道，無論是在教義還是在戒規儀式方麵都得到了進一步充實、完善。早在隋唐以前，中國的道教思想就已經傳入日本。需要注意的是，日本固有的民族宗教“神道教”，大約在5至6世紀時才逐漸體係化，而其“神道”一詞的得名卻與中國的道教有著千絲萬縷的聯係，特別是成書於東漢時期的中國道教經典《太平經》，有多處提及“神道”一詞。隋唐時期，日本派出的遣隋使、遣唐使除深入學習中國的儒學外，還學習了中國道教中的一些方術和神仙思想，並將眾多的道教經典帶回國內。發展到平安時代，日本的道教漸趨隆盛，其深層原因在於，當時日本不僅受苦受難的階層需要精神上的解脫，就連貴族階級也向往神仙世界，希冀長生不老，而中國的道教文化輸逢其時，正好契合了人們的思想訴求。所以整個平安時代，道教在民間禮俗、文學創作特別是在醫學醫藥領域，都給日本以深刻的影響。日本宇多天皇寬平年間，即889年至897年，藤原左世撰寫《日本國見在書目錄》，其中就記載了《老子化胡經》、《抱樸子內編》、《神仙傳》、《太上老君玄元皇帝聖化經》等眾多道經經典。一些道教信仰如“庚申信仰”，在中國已經失傳，但在日本民間則保留至今。
當一種異域文化輸入本土時，不可避免地會產生衝突、變異、融合的過程。就如同當初印度佛教進入中國，與中國的易、老、莊三玄相磨激蕩，並最終發展成本土化的中國佛教一樣。由中國傳入的儒學以及佛教、道教，在日本同樣經曆了吸收、更生、創新的過程，而具有其獨特的思想文化風格。
日本儒學自有其特色，絕不是中國儒學翻版。作為外來文化的中國儒家思想被吸納到日本，也必然要經曆一個排斥、分辨、選擇、消化、淘汰的過程。然而，在這一過程中，作為接受主體的日本文化所固有的特色，以及當時日本社會發展所需要發揮的製約作用，決定了對中國儒學的選擇、消化的取向。因此，日本儒學和中國儒學雖是同源，但經過日本本土化、民族化的改造，已經迥異於前，不能混為一談。