在中國古代中外文化交流史上，阿拉伯醫學對中國古代社會影響較大。首先是通過海外貿易，許多產自伊斯蘭地區的物種的傳入，例如香料，擴大了中醫取材入藥的範圍，其次是自成體係的伊斯蘭醫學隨之傳到中國。有學者指出，“傳統中醫是以湯藥為主要劑型的，而傳入中國的伊斯蘭醫則多用樹脂類藥，富含揮發性油，如果仍然熬製，勢必失去其有效成份。因此，根據醫治目的、藥的性狀之不同，做成丸、散、膏、丹、酊等。從唐代王燾的《外台秘要》看到，這些進口藥材已有製成丸、散者。到了宋代，這種情形則十分普遍。”元代伊斯蘭醫學在中國的傳布更為廣泛。元朝設置了“廣惠司”，“掌修製禦用回回藥物及和劑”，在大都和上都則設置“回回藥物院”，“掌回回藥事。”元代秘書監中，存有“忒畢醫經十三部”，“忒畢”在阿拉伯語中原詞是Tibb，意思是“醫、醫學”，因此這些文獻就是伊斯蘭的醫學書籍。今天在中國國家圖書館中尚能見到明朝的抄本——《回回藥方》，全書共36卷，現僅存4冊，大部分散佚。該書是一部翻譯作品，“研究結果說明，《回回藥方》的原本不是流行於伊斯蘭世界的醫學著作，而應是在中國土地上以伊斯蘭世界各種醫學名著為基礎編纂而成的。”
這當中有著名的伊本·西那《醫典》，它“應在《回回藥方》出現之前即已傳入中國”，“對《回回藥方》的成書產生過重要影響。”在元明時代人們心裏，一些回回醫人有著神奇的醫術，陶宗儀在《南村輟耕錄》中對回回人的神奇醫術有過描述。該書卷22“西域奇術”載，當時一位叫任子昭的人在大都時，他的鄰居小兒頭疼不可忍，有回回醫官用刀割開上額，取出小蟹一隻，堅硬如石，手術後，此小兒頭疼果然痊愈。《回回館譯語》“鳥獸門”收有“蟹”一詞，音譯為“塞兒湯”。據劉迎勝考證，該詞在阿拉伯/波斯語中原詞是sartan，這個詞不僅是蟹的意思，還指癌、惡性腫瘤，所以“西域奇術”記載的是一次腫瘤切除手術。回回人有行醫的習慣，明清時代牛街回族尚有行醫傳統，一些具有較高醫學水平者還任職政府的醫療機構如太醫院，有人則以垂簾售藥為生。上文所述北京牛街誌書——《岡誌·人物》中記載了馬予良、劉裕鐸、白業廣、茅思範等“精歧黃之術”、醫術高明者，多有在太醫院任職的經曆。牛街著名的從醫者還有趙士英。
穆斯林語言文字對回族有重要的影響。波斯語“從回曆四世紀起……逐漸成為穆斯林世界東部的文學用語”，由於元明時代中國與穆斯林東部世界聯係密切，往來頻繁，波斯語對回族而言影響更突出。元代通行蒙古文、回回文、漢文，鑒於回回文字的重要性，元代在重要的機構內設立回回掾史、回回譯史、回回令史等官職。學者們認為，元代所謂“回回文”就是波斯文。明代延續了元代傳統。明代官方從事波斯語文教育、翻譯工作的機構是“四夷館”和“會同館”中的“回回館”，他們為培養波斯語人才編撰了教材——《回回館雜字》《回回館譯語》，相當於漢語—波斯語分類詞典。《回回館雜字》《回回館譯語》是記錄元明之際回回人語言狀況的第一手資料，對它的研究對認識回回人從外來移民集團到中國本土少數民族的演變過程和中古時代後期東亞與伊斯蘭世界的交往有極為重要的意義。據劉迎勝研究，當時回回館所教授的波斯語語音與今天伊朗標準語音德黑蘭方言略有區別，更接近於阿富汗的“達裏語”（Darī）和塔吉克斯坦共和國的塔吉克語（Tājikī），即波斯語中亞方言。回族穆斯林口語和經堂語中波斯詞彙的讀音也接近達裏語和塔吉克語，這與回族的主體來自中亞有關。
波斯語、阿拉伯語植根到回族文言文化當中。回族接受漢語為本民族通用語言之後，阿拉伯、波斯語的一些詞彙仍然在回回人中使用，漢語夾雜阿拉伯語和波斯語詞彙共同使用，成為回族非常有特色的語言表達方式。在回族經堂教育中，阿拉伯語、波斯語的學習是一項重要的內容。在前述“十三本經”（亦稱“賽拜嘎”經）中的《連五本》、《遭五·米素巴哈》、《滿倆》、《白亞尼》等是講述阿拉伯語語法學、修辭學的重要著作。經堂教育中的山東學派則強調波斯語與阿拉伯語並重，將波斯語的學習稱為“過法而西”（Fārsī），著名經師常誌美編寫了波斯文法書——《海瓦依·米諾哈吉》，不僅受到穆斯林學者的稱譽，還流傳至中亞地區，“斯經也，不但秉公諸學者稱譽一時，有西域雲遊過濟之輩，錄此二經帶回天方諸國”。現在人們在北京、南京等地陸續發現此書的多種抄本，引起國際伊朗學界的重視，伊朗方麵將該書影印出版，有學者稱該書可能是非伊朗人寫的波斯語語法書中最早的一部。