例如王岱輿，他在《正教真詮·自序》中稱，“予祖屬籍天房，緣入貢高皇帝，訂天文之精微，改曆法之謬誤”，“帝心欣悅”，“遂授職欽天，賜居此地，準免徭役，與國始終。”也有材料說常誌美先祖是西域人，明朝洪武三十年（1397年）進貢來華，留居中華。立於明萬曆六年（1578年）的昌平《重修先賢碑記》中說：“昌平郡東門外有地名北燒，約四千餘畝，曾與先賢祖師名伯哈智作墳，始自我太祖高皇帝，念其獻兵策有功之所賜也，遂建寺一座。”如果伯哈智確有其人，那麼這位伯哈智是明太祖時代入居京師地區者。
與元代相比，明代回回人群體發生了較大的變化，突出的表現是族群認同加強，漢語成為民族共同語言。有學者指出，元代處在當時政治和社會環境中的回回人能清楚地認識到自身是來源於西域各國的五花八門的人群，但是到明代明顯出現不同：“回回”一詞被回回群體普遍地接受為自我稱謂，而且出現了“回回祖國”的觀念，即自認是先祖來自於距離中國極其遙遠的共同“祖國”——“默德那國”移民的後裔。雖然學術界對於回族形成的時間有爭議，但多數學者主張回族的形成是在明代。
回族的主要來源是東來的中亞、西亞的穆斯林，在此後發展過程中他們融入了漢、蒙古等其他民族的成份。白壽彝先生指出：“回族雖以外來人為主要的來源，但作為一個民族卻完全是在中國地麵上土生土長起來的人們共同體。回族完全是中國土地上哺育起來的民族，在中國出現回族以前，這個地球上是從來沒有這樣的一個民族的。”
二
“回回”一詞從語源上講來自於“回鶻”、“回紇”的漢語異寫，它轉義為伊斯蘭或伊斯蘭信仰者似乎是在明初。有學者指出，同其他外來宗教在華傳播情況不同，伊斯蘭教入華是一種典型的“載體移植型”文化傳播模式。穆斯林群體移居中華，時間推移，變成中國公民，靠自身人口的繁衍生息擴大宗教的影響。回族信仰伊斯蘭教，而源於阿拉伯、波斯的伊斯蘭文化對回族文化形成與發展產生了深刻影響。
回族穆斯林在中國社會中生存發展，始終恪守宗教信仰，也就是文獻中說的“嚴奉尊信，雖適殊域，傳子孫，累世不易”、“其人遍於四方，皆守教不替”。穆斯林社會的構成包括三個基本要素：穆斯林群體、清真寺和由穆斯林共同遵行的人生觀、價值觀、審美情趣和道德倫理結成的社會關係。“凡回民聚居較多之處，莫不設有禮拜寺，以為沐浴、朝真、講經、教學之需。千餘年來，中國回民，得能維持信仰於不墜，並漸促其發展，厥賴禮拜寺之設立。”清真寺成為回族宗教文化的鮮明特征。回族穆斯林遵從伊斯蘭教的規定，履行宗教義務，形成“族教一體”的結構。白壽彝先生曾經指出：“對於回族來說，伊斯蘭教是這個民族的一種民族形式。這不隻表現在宗教思想上，宗教活動上，而且表現在社會生活上，家庭生活上。”
在元代四等級製中回回人屬於色目人，社會地位較高，而元明鼎革，回回社會地位發生變化，出現了新問題。隨著母語的喪失，回回穆斯林中能讀懂伊斯蘭教原文經典、準確把握教義、教規者越來越少，引起了嚴重的宗教危機。“吾教之流於中國者，遠處東極，經文匱乏，學人寥落，既傳譯之不明，複闡揚之無自。”倘有教門之家，尚存三分回回氣象，“庸常之輩”，“止知為我教中人，至教之所以為教，究懵懵焉，而莫得其指歸，即嫻熟經典亦不過記述諷誦而已。間有稍通教律，時亦講論，又多曲為臆說，駭人聽聞，不知者遂奉為典型，彼亦自以為是，而不知返。”回回群體在語言、服飾、姓氏等方麵漢化之後，伊斯蘭教實際上成為維係民族存在的重要因素，宗教的衰微理所當然引起了回族學者的警覺。在這樣的背景下，回族社會出現了經堂教育和漢文譯著活動。
回族經堂教育相傳最早是明朝嘉靖、萬曆年間由陝西人胡登洲倡導的。胡登洲，“學問淵博，朝覲天方，歸來後目睹中國回教之不振，遂立誌興學。招學子數名於其家中，半工半讀，由此清真寺內設學之風漸開。”經堂教育的目的主要是在回族社會內部進行伊斯蘭宗教教育、培養宗教人才。經堂教育從宗教淵源上講，源出中世紀伊斯蘭國家存在的寺院教育，即以禮拜寺為中心的教育形式，與私宅教育、“馬德拉沙”等教育形式也有相似之處，經堂教育的出現也受到中國封建社會私塾教育的啟發。經堂教育的教學活動在清真寺中進行，講授的內容包括語言和宗教兩方麵，語言方麵主要是學習阿拉伯語、波斯語，宗教方麵則包括教義學、教法學等。在發展過程中經堂教育形成了自己的傳統，它的課本主要是阿拉伯文和波斯文的，有所謂“十三本經”和“十四本經”之說。經堂教育的發展也與伊斯蘭世界的文化發展相連，“自周老爺興學，以至清末，陝西派多務‘認主學’。此乃受第四世紀後回教世界潮流的趨使”。
明清之際出現了穆斯林學者的漢文譯著活動，開風氣之先的是王岱輿，代表性的學者還有馬注、劉智和馬德新等。這一活動延續至近代。由於回族穆斯林失去母語，漢語成為共同語言，使用漢文闡發伊斯蘭思想成為回族文化傳承的重要方式。穆斯林學者的漢文譯著活動是將一些阿拉伯、波斯文的伊斯蘭教典籍譯成漢文，或用漢文撰寫宗教著作。譯著的內容涉及宗教哲學、宗教典製、天文曆法、地理等。“譯著的目的既為了教內又為了教外，既為了教內經堂教育的需要又為了向教外知識界及其他人士闡述伊斯蘭教的基本教義”。漢文譯著的兩個思想源泉是伊斯蘭文化和儒家文化，指導思想是“以儒詮經”，即用儒家思想和語言來闡釋伊斯蘭教的相關內容，使兩者交融。“以中國文字譯西方經旨，使孔子之教與穆罕默德之教若符合，無少異。書出，人始知回非異端，且可以言真儒。”“漢文譯著是阿拉伯伊斯蘭文化與中國傳統文化的結合，是伊斯蘭文化在中國學術領域邁出的極其重要的一步。”經堂教育和漢譯著述活動推進了伊斯蘭教的中國化進程。