他藉“理一分殊”來論證封建等級結構的合理性，往往把“理”解釋為倫理道德範疇的“道理”、“義理”。與此一致，他雖宗奉朱子之學，但並不像山崎暗齋等人一樣排斥陸王心學。他在《答林秀才書》中說：“紫陽質篤實而好遂密，後學不免有支離之弊。金溪質高明而好簡易，後學不免有怪誕之弊，是為異者也。人見其異，不見其同，同者何哉？同是堯舜，同非桀紂；同尊孔孟，同排釋老；同天理為公，同人欲為私。然則學者各以身心正之，以身體之，優柔饜飫，圓機之不轉，一旦豁然貫通，則同歟異歟，非見聞之智而必自知然後已矣。”他不但調和朱、陸，而且回袒王陽明，稱讚陽明“良知”學說與二程之“敬”、朱子之“窮理”、陸九淵之“易簡”一樣，“因資稟之所近，點出數字示人為警策，各得入頭處”。藤原惺窩兼容不同的儒家學派，既利於整合思想資源支持社會道德秩序的重建，又可以形成儒學統一體，區別於佛教，加強儒學的獨立地位。
藤原惺窩在日本儒學史上的又一貢獻是調和神儒。從日本思想發展史來看，神道信仰作為日本民族的精神主體，即使在儒學全盛時代也沒有斷掉它的文化脈絡。山崎暗齋在他的《神道五部書》中，將朱子學與神道融會起來，以儒學來解釋神道，在神道文化史上具有特色。從儒學角度看，藤原惺窩雖把朱子學從禪院中解放出來，但又與山崎暗齋有共同之處，用儒學的觀點解釋日本傳統的神道，主張神儒調和、神儒合一，認為儒家的堯舜之道與日本的神道其實一樣，均在於正人心、憐萬民、施慈悲。
日本儒學與神道結合，是一個複雜的問題，但有一點可以判斷，藤原惺窩等人的神儒調和主張，使原本缺少神學信仰的儒家學說增添了宗教理論色彩，豐富了東亞儒學的形態。
三
日本儒學反過來影響了中國的學術宗尚。這裏以晚清時期的陽明學說為例。陽明心學在明代流行一時，廣為傳播。然而，盛極必衰，入清以後，中國不少學者把明朝滅亡的原因歸於心學，認為是心學所致。當時，士大夫對陽明心學基本持反麵意見：學術上虛而不實，遊談無根；道德上敗壞名教，蕩棄禮法；政治上故作名高，犯上作亂。因此，陽明心學在清代前中期勢單力孤，並不受人重視。然而，時至清代晚期，一度沉寂的陸王心學卻出現了某種程度的複蘇。原因何在？這得益於近鄰日本對陽明學說的發揚。
陽明心學對日本參加倒幕維新的誌士曾有過較大影響。1837年，大鹽平八郎在大阪發動起義，他的思想就受過陽明學說的影響。不過，他雖讚同陽明的“致良知”，但並不停留在個人德性修養領域。他說：“學固正己心，修己身，然唯以正己心，修己身為學，蓋非大人之道。”他從“宇宙內事皆吾分內事”這一陽明思想出發，提倡勇猛果敢的戰鬥精神，發動武裝起義。倒幕運動的重要領導人吉田鬆陰也從陽明學說中吸取營養。他主張“於動處認本心”，順應時勢，發揚人的主觀能動性，進行社會變革。他的《自警詩》說：“士苟得正而斃，何必明哲保身。不能見幾而作，猶當殺身成仁。”倒幕維新運動的其他領導人，如吉田鬆陰的學生高杉晉作，“維新三傑”之一西鄉隆盛等，也都是陽明學的信奉者。同時，學界成立了一些提倡和研究陽明學的學會和組織，出版了許多有關的書刊。
中國在甲午戰爭中失敗，朝野震動，開始師法日本，探尋強國之道。陽明學說在日本維新中所起的作用，引起了中國人的注意。中國著名革命家章太炎說：“日本維新，亦由王學為其先驅。”梁啟超也說：“日本維新之治，是心學之為用也。”越來越多的中國人開始重視陽明學說，並由此形成昌明陽明學說的呼聲。
一種情況是中國一些原本不講心學的人，開始改變態度。唐文治早年就讀於以講習樸學而聞名的南菁書院，後任上海高等實業學堂監督，官至農工商部左侍郎。他在學術上由宗奉漢學、排斥心學，轉變為肯定心學，源自到日本以後所受影響。他曾總結說：“兩遊東瀛，考其立國之本。遊其書肆，覽其書目，則為王學者不下數十百家，其數遠過於吾國，為之舌撟首俯。又觀其擊劍之術，血流朱殷，為小技而不顧死，俠客之風，屹然山立。然後知彼之所以立國者，乃由俠而進於道義。陽明致良知之說，其深入於人心者，非偶然也。”後來，他編撰《陽明學發微》，闡釋王學，提出以陽明學為救國之本的看法。湖南青年楊篤生，東渡日本後，因“慕陽明即知即行之旨，遂改名守仁”，並積極參加反滿革命。鄭孝胥遊學日本後，對陽明心學也予以肯定：“日本士大夫多宗陽明，其功業樹立皆足以自見於當代。獨中國之巨公學子，猶持鄉願同流合汙之術，以媚垂敗之世也。”