第一次十字軍東征結束後，穆斯林又開始威脅和逐漸蠶食西方人設在東方的那些據點和公國。於是，基督教世界又組織了一係列不成功的十字軍東征。
十字軍東征對整個歐洲造成的影響非常大。在 200年間，整個社會的結構在不知不覺中改變了。原因其實很簡單，當貴族和武士一批接一批去東征，軍費固然很龐大，但支持或發起東征的貴族自然要將不少田產賣出，地主階層便漸漸興起。那些東征的貴族及武士有很多永遠回不來了，於是他們原本統治的農莊便荒廢或落入其他人手中。再者，多次的東征將不少歐洲的精壯分子從農業生產中抽掉，很多的農地便無人耕種，歐洲的經濟架構被迫轉變。最重要的還是東征其實打通了歐洲與地中海一帶的貿易，意大利、西班牙的港口便突然發達起來：為了應付貿易，手工業也開始發達，城市的人口暴漲，而在農村留下來耕作的人口越來越少。在這種情況下，貴族的收益便大不如前，而同時，商人卻暴富起來，在這對比下，貴族的地位便漸漸給新興的商人及地主取代了。貴族的衰落，武士的消失，城市的興起及商人的暴富，使以往的封建製度全麵崩潰。這時候的人不再像以往一樣屬於一個相當封閉的社會體，他們可以從一個城市流動到另一城市，可以不屬任何一處地方，也不會像以往一樣，思想行為受所屬之地控製。這樣一來，自由思想便開始出現，對教會或封建社會的傳統開始發出疑問和挑戰。
不過，十字軍東征最大的影響是對於歐洲人精神上的衝擊。東征帶來文化上的接觸，以往西方教會對於東方教會及初期教會的傳統都非常陌生，但在東征時，初期教會很多的文獻開始流入歐洲，東方教會的屬靈模式也開始受注意。突然間，信徒開始體會到，西方教會的傳統不是唯一更不是絕對正確的傳統，於是對西方教會的信仰表達、敬拜及屬靈模式作出批判。同時，以往一度失散的希臘文學及哲學的文獻，此時再被發現，流入歐洲，對西方的教會造成很大衝擊。西方教會再不能閉關自守、唯我獨尊，而要設法消化這些新湧入的思想，將它融合於基督教的大體係中。於是，教會的思想需要變化。
隻要教會采取適當的態度，思想的衝擊本來是好的。但不幸的是，教會卻因多東征回來的人都心灰意冷，對教會失去了信心，更懷疑自己的信仰。在他們當中，有不少人帶了諾斯底派的信仰回來，對於肉體特別厭惡，他們組織起來，稱自己為“清潔派”，主張以苦行清除罪孽。教會起初想盡辦法要將這派的人引領回教會的正統信仰，但始終沒有成功。這派的人數日漸增多，其他的異端也同時多起來，有鑒於此，教會組織異端裁判所，四處搜捕異端的可疑者。異端裁判所的權力越大，他們對信徒造成的傷害也越大，不少無辜的信徒被施以酷刑，很多慘無人道及黑暗的事都與異端裁判所有關。不止這樣，教會的信仰也因此越來越狹窄，更難在思想衝擊下，對自己的情況作出反省和批判。這實在是最可惜的，因為缺乏反省和自我批判，教會便越來越僵化，更不能將本身的錯誤、偏見、執迷及敗壞糾正過來。一個強烈的對比開始形成，在社會結構的改變中，自由思想漸漸蓬勃，但教會的思想卻因為過分的自我防衛，而越來越狹窄、封閉，這樣便使更多的人對教會失去信心。
當時很多人對教會失去信心，其實還有一些更重要的原因，教會本身的腐敗是主因。為了東征，教會不負責任地以屬靈的口號，鼓勵人去參加十字軍，並且應許參軍的人有天上的賞賜，這樣一來，教會濫用了她屬靈的應許，以後使自己的信用大有問題。再者，為了支付東征的龐大的費用支出，教會的資源耗用了不少，教會的經濟也因此陷入拮據的狀態。如何補充資源？教會開始售賣聖職，而買得聖職的人也盡量利用聖職發財，於是貪汙舞弊叢生，更有利用信徒的迷信詐騙錢財的。教皇不單如此，更於主後 1300年利用贖罪開創謀利的途徑。教皇本裏非第八宣布主後 1300年為禧年，大凡到羅馬朝聖的人便可將一切受洗以後所犯的罪一筆勾銷。此宣告一出，立刻有 20萬人湧到羅馬，而大量的金錢也同時湧入教皇的倉廩。自此以後，繼任本裏非的教皇便宣布每 50年為一禧年，隨後更減為每 25年為一禧年。更厲害的是，他們宣告凡未能親身到羅馬朝聖的，可用金錢代替。贖罪券的觀念便是這樣形成的。意思是說，信徒可用金錢，向教會申請免去因犯罪所應受的紀律處分，由教會發出贖罪證明。原來教會一直以來紀律甚嚴，信徒犯罪不單要向神認罪悔改，為了表示真心悔過，更要在教會的指導操練中種種嚴厲的紀律，並不是贖罪券本身可以赦罪。但很多愚昧的信徒便誤以為贖罪券真有赦罪的功效，贖罪券一出，人對神審判的畏懼便大大減低。一些本來道德生活敗壞的人便可以安枕無憂地去放縱了。
不單如此，贖罪券也成為一種商品，主教們更爭相標購發行贖罪券的權力，誰向教皇出價越高，誰便可在那教區發行。為了投標，不少大主教及主教便向銀行貸款，而日後為了償還債款，便更大力鼓吹信徒購買贖罪券，整個教會的屬靈生命，真是落到很可憐的光景。
在這種靈性、道德衰落的情況下，不少忠心的仆人屢次企圖改革教會，但他們每一次的嚐試都沒有成功，有些更招致殺身之禍。然而感謝神，他在主後 1517年興起馬丁路德，針對羅馬天主教敗壞的核心一矢中的，因而牽動起改革的巨潮，那是曆史上有名的改教運動。
“阿維農之囚”與羅馬教會的衰落
1302年，雄心勃勃的法王腓力四世召開了法國第一次三級會議，反對羅馬教皇充當法國的太上皇，並推選出法國波爾多大主教繼任教皇，即克雷芒五世，並且把教廷從羅馬遷至法國的飛地阿維農，置於法王的控製之下。從此開始了長達 70餘年之久的“阿維農之囚”時期（1305— 1377年）。
1378年，烏爾班六世則在羅馬重新組建樞機主教團，與阿維農的教廷相抗衡。於是，繼“阿維農之囚”以後又出現了 40年之久的“西方教會大分裂”，這種分裂的局麵直到 1417年才結束。