一、信仰的鬆懈與道德的淪喪
教士的荒淫
教會的墮落
從理論上來說，基督教會的神聖職責就是引導有罪的靈魂擺脫世俗世界的種種物質誘惑，然而在中世紀的現實生活中，教會卻從根本上背離了自己的天職，成為腐敗墮落的罪惡淵藪。理論與實踐之間的這種尖銳矛盾導致了整個社會道德教皇和神職人員除了利用權力來兼並土地和兜售贖罪券之外，還把神聖的教職也納入了金錢交易的範圍。神職人員結婚和納妾的現象也構成了教會道德的一大問題。
二、宗教裁判所
宗教裁判所的酷刑
宗教裁判所是公元 13— 19世紀天主教會偵查和審判異端的機構。又譯羅馬宗教裁判所、審判伽利略異端裁判所、宗教法庭。旨在鎮壓一切反教會、反封建的異端，以及有異端思想或同情異端的人。宗教裁判所是從 13世紀上半葉建立的。教皇英諾森三世為鎮壓法國南部阿爾比派異端，曾建立教會的偵查和審判機構，是為宗教裁判所的發端。
1220年教皇洪諾留三世通令，由新組建的多米尼克（或多明我）修會和法蘭西斯（或方濟各）修會的修道士建立並主持異端審判法庭，直屬教皇領導，不受地方主教管轄。
1233年教皇格利哥裏九世發布通諭，賦予多米尼克修會以審判異端的全權，標誌著宗教裁判所的正式產生。
1252年教皇英諾森四世頒布了從組織上批準建立宗教裁判所和準許使用體刑紛建立，成為淩駕於地方主教和世俗領主之上的“神聖”法庭。
在天主教國家裏，除英國和北歐國家外，先後皆有宗教裁判所活動。1220年，教皇洪諾留三世認為地方主教鎮壓異端不力，通令建立直屬教皇的“宗教裁判所”或“宗教法庭”。宗教裁判所一般設在修道院內，審訊秘密進行。宗教裁判所所製訂的審訊條例：有兩人作證，控告便能成立。證人如果撤回證詞，就按異端同謀犯處理。被告如不認罪，可用刑。被告不僅自己認罪，還須檢舉同案犯和異端嫌疑犯。為異端辯護者應受懲罰。被告認罪之後，如果翻案，按異端處理。被判為異端者，沒收其全部財產。宗教裁判所前後共經曆約 500年。西班牙宗教裁判所曆時較久，凶殘恐怖較著，不僅用來鎮壓異端，並用來迫害阿拉伯人和猶太人。15世紀以後，西班牙的宗教裁判所最為殘暴，僅 1483— 1820年間，判處的異端分子達 38萬多人，被火刑處死的達 10萬餘人，而僅僅在 1480— 1488年間，被火刑處死的達 8800人，受懲處者有 96494人。
16世紀中葉，教皇在羅馬建立最高異端裁判所。公元 18、19世紀，西歐各國宗教裁判所先後被撤銷。 1908年教皇庇護十世把羅馬最高裁判所改為聖職部，主要職能是監視和處罰參加進步活動的教徒，查禁各種進步書刊，革除教徒的教籍和罷免神職人員等。