顯然，解決上述問題，又涉及到研究判斷遠古洪水產生的原因。根據曆史傳說，洪水泛濫的原因主要有三個：
（1）天下大雨。《淮南子·齊俗訓》：“禹之時，天下大雨，禹令人民聚土積薪，擇丘陵而處之。”從今天的角度來看，當係大氣環流改變導致的降雨量劇增，並超過了原有河道水係的承載量，從而造成河道兩岸地區的洪水泛濫。
（2）水逆行。《孟子·滕文公下》：“當堯之時，水逆行，泛濫於中國，蛇龍居之，民無定所，下者為巢，上者為營窟。”我國地勢西高東低，黃河、淮河、長江均自西向東流入海。因此，所謂“水逆行”即河水倒流，筆者在二十多年前已經指出這是海侵現象，即海平麵上升，導致海岸線向西侵進。據有關研究，發生在一萬年前冰川結束後的海侵是世界範圍的，在我國這次海侵在7400年前達到最高點，海岸線西侵至今日的太行山腳。女媧補天治水的故事、精衛填海的故事、愚公移山的故事（把山石運到渤海之濱）、共工撞倒不周山引起天地大破壞的故事，以及滄海桑田的成語，都涉及到上述自然環境的變遷。
（3）人禍。肇事者為共工族，《路史》：“共工氏，太昊之世國侯也，及太昊之末，乃恣睢而跋扈以亂天下，自謂水德為水紀，其稱亂也，蓋在冀土，故傳有濟冀州，而冀州平之說，是女媧代平共工之亂明矣。”《淮南子·天文訓》記有共工與顓頊爭帝，撞倒不周山，引起天傾西北、地陷東南，並造成洪水泛濫。《淮南子·本經訓》明確記有：“舜之時，共工振滔洪水，以薄空桑，龍門未開，呂梁未發，江淮通流，四海溟悻，民皆上丘陵，赴樹木。”《山海經》記有共工之臣相柳製造洪水泛濫被禹殺死。筆者認為上述記載，記錄的是洪水泛濫造成的人類生存環境變化，引發了民族遷徙及其衝突戰爭。
肇事者為蚩尤族。《山海經·大荒北經》：“有人衣青衣，名曰黃帝女魃。蚩尤作兵伐黃帝，黃帝乃令應龍攻之冀州之野。應龍畜水，蚩尤請風伯、雨師，縱大風雨。黃帝乃下天女曰魃，雨止，遂殺蚩尤。魃不得複上，所居不雨。叔均言之帝，後置之赤水之北。叔均乃為田祖。魃時亡之，所欲逐之者，令曰：‘神北行！’先除水道，決通溝瀆。”
筆者認為所謂共工振滔洪水、蚩尤請風伯雨師縱大風雨的故事，記錄的都是洪水泛濫造成人類生存環境變化，並引發了受災地區居民的大遷徙，這種遷徙又觸發了民族衝突和戰爭。
根據上述記載可知，洪水泛濫先後曆時長達數千年之久（包括持續性洪水泛濫，例如海侵；以及突發性洪水泛濫，例如大雨、海嘯、冰雪消融引起的山洪爆發），其中大禹治水的曆史事件，則發生在遠古洪水泛濫的後期，其主要工程是疏浚河道、排泄積水，以恢複或拓展可耕種、可利用、可居住土地的麵積。有鑒於此，我們今天如欲尋找大禹治水的遺跡，最有希望的地區是在黃河中遊一帶，而最有希望的地點則是某些特殊地形地貌的黃河河道。
1981年，《中國古代史論叢》第三輯發表筆者的論文《我國遠古傳說與自然環境變遷》，在這篇論文裏，筆者認為黃河三門峽的鬼門河道即大禹治水時開鑿的，茫茫禹跡有可能在三門峽地區找到。主要依據：一是，鬼門島上發現有仰韶時期和龍山時期的文化堆積，如果鬼門在那個時期就是河道的話，將非常不適宜人類在鬼門島上生活；二是，鬼門河道的出現，有利於黃河在三門峽的河道取直並提高黃河在這裏的流通量；三是，鬼門的河床比神門、人門要淺十幾米，表明鬼門形成的時間最晚；四是，當地流傳有豐富的大禹治水故事；五是，提高三門峽的宣泄量，有助於排除黃河河套地區以及渭水下遊和汾水下遊地區的積水，而上述地區乃是古代我國北方最富饒的農耕區。