雖然對古樓蘭人的認識有了一定的進展，但是更多的謎團依然讓人們感到困惑，這些人為何會千裏迢迢奔赴樓蘭？後來他們又去了哪裏？是什麼時間遷到這裏來的？史料中記載的樓蘭王伐色摩那（漢名元孟）到鄯善王尉屠耆，是白種人還是黃白混血？如果是白種人他們屬於什麼民族？如果是混血，又是哪兩個民族婚生的？樓蘭國的居民都有哪些民族？
麵對這些問題，就連樓蘭的發現者斯文·赫定也感到十分迷茫，樓蘭興亡，這段謎一樣遠去的曆史正在等著今人去發現。
樓蘭消失的猜想
在絲綢之路的十字路口上，樓蘭古國神秘消失了。轉眼之間，曾經的一片富饒之地再無人跡。在這之後的一千多年裏，盛極一時的樓蘭文明也隻能隨著歲月留在了在人們的傳說裏。樓蘭為什麼消失？為什麼消失得如此倉促如此神秘。專家們根據現有的發現，給出了各種說法。
說法一：毀滅於地形和自然變化
羅布泊曾經是我國西北幹旱地區最大的湖泊，湖麵達12000平方公裏，當年樓蘭人在羅布泊邊築造了10多萬平方米的樓蘭古城。隨著青藏高原在距今7到8萬年前的快速隆升，羅布泊由南向北遷移，幹旱化逐步加劇，最後導致整個湖泊幹涸。而樓蘭古城的消亡大約在公元前後至四世紀，這時正是羅布泊旱化加劇的時期。其實，在這一旱化過程中，不僅是樓蘭古城消亡，而且由於沙漠擴大，先後發生尼雅、喀拉墩、米蘭城、尼壤城、可汗城、統萬城等的消亡
說法二：毀滅於人類過度開發
樓蘭的毀滅是有多種原因綜合導致的，其中生態環境的破壞起到了不可忽視的推波助瀾的作用。
在沙漠中，水源和樹木是存活的關鍵。樓蘭古城正建立在當時水係發達的孔雀河下遊三角洲，這裏曾有長勢繁茂的胡楊樹供其取材建設。當年樓蘭人在羅布泊邊築造了10多萬平方米的樓蘭古城，他們砍伐掉許多樹木和蘆葦，這無疑會對環境產生負作用。
而樓蘭聲勢浩大的“太陽墓葬”也為樓蘭的毀滅埋下了隱患。不管樓蘭人是出於何種原因流行“太陽墓葬”，但“太陽墓”的盛行，卻是樓蘭人在不知不覺中埋葬了自己的家園。據已發現的七座墓葬中，成材圓木達一萬多根，數量之多，令人咋舌。
當然，生態的破壞也不能僅僅歸結於建立城市和“太陽墓”。樓蘭地處內陸，氣候幹燥，久而久之，原來芳草遍地的綠洲再也留不住一片綠色。在出土的漢文簡牘中，可以了解到樓蘭士兵口糧減少的情況，從一個側麵反映出樓蘭環境惡化後的困頓。
說法三：樓蘭消失於戰爭。
“絲綢之路”沿線各國，尤其是塔裏木南邊的鄯善，就成了周邊列強掠奪的重要對象。到了公元四世紀後，樓蘭王國開始衰弱，北方強國入侵，樓蘭城破，後被遺棄。
但是戰爭一說也並未得到多數人的認可。從考古發掘來看，樓蘭古城裏並沒有戰爭的痕跡，連各種珍貴的文獻，金銀財物，都在廢墟中被大量發掘出來。如果是戰爭，怎麼會有如此之多完整的異物保留下來呢。
說法四：絲綢之路的改道
公元4世紀時，樓蘭逐漸廢棄。其主要原因是：公元4世紀後，自敦煌進入西域的古道有了很大的發展，除了通過伊州（今哈密）一途外，還有新開拓、交通更為方便的大海道。交通路線變更，立即使樓蘭喪失了在了茫茫大漠之中。經過哈密（伊吾）、吐魯番的絲綢之路北道開通後，經過樓蘭的絲綢之路沙漠道被廢棄，樓蘭也隨之失去了往日的光輝。
說法五：瘟疫疾病之說
1988年10月2日，中國和日本組織了一支聯合探險隊，到達沙漠之中的樓蘭遺址，對當時的情況進行了還原。有證據證明，樓蘭總共有12個村，幾萬人左右，在部落首領領導下，平安快樂地生活著。可是就在1000多年前發生了一次瘟疫，許多樓蘭人在病魔中失去了生命，一部分幸免於難的人就向南麵的夏康利遷移到米蘭，從此以後樓蘭國便消失了。
因此，樓蘭消失的原因至今還是個未解之謎。