諸葛亮的軍事思想，突出地表現在建軍、治軍和足糧強兵兩方麵。其戰略思想也有高超之處。
諸葛亮的治軍思想有三大特點。第一是以法從嚴治軍。他主張用嚴刑來糾正過去軍中威刑不肅的積弊，強調軍中七禁：輕軍，如集結時聞鼓不行；慢軍，如接受軍令不迅速下傳；盜軍，如偏私所親近的人；欺軍。如改變姓名以隱瞞真實身份；背軍，如戰場上聞戰鼓而不前進；亂軍，如行軍時呼喚喧嘩；誤軍，如隨意翻越營碧。凡犯其中一禁者，處以斬刑。第二是重視部隊的訓練和革新武器。除對戰士進行嚴格的軍事技能訓練外，還作八陣圖以演練陣法，進行戰術訓練。他注重軍械和武器的革新，提高武器性能，改革軍隊裝備，增強軍隊的作戰實力。如創製一發十矢連弩，製作“木牛”和“流馬”，提高鋼刀的殺傷力，大大改善了部隊的裝備。第三是重視對將領的選拔任用和考察。他要求將領注意培養捕捉戰機的能力，要善於因事應敵，因勢製勝，因情行事。做將領要嚴守與士兵同甘共苦的原則，以情帶兵。比如，井尚未打上水來，將領不說渴；軍食尚未做熟，將領不說餓。
諸葛亮的足食強兵的思想，貫穿其一生行事。隆中對策，他建議劉備據荊州、益州創基業，就是鑒於那裏“沃野千裏，天府之土”，有利於足食強兵。初到成都，他根據當時經濟形勢，主張大力發展織錦業，以委積軍資。北伐時期，他一麵通過和撫羌人擴大賦稅收入，一麵在漢中及與敵對峙地區開展屯田，建立糧倉，積極籌糧，準備與魏軍進行持久戰。
諸葛亮的戰略思想高超之處，主要表現在他聯合孫吳以抗曹、先建立根據地再進軍中原的主張中。他的全盤部署是：先據有荊州益州兩地，和撫周邊部族，結好孫吳，修明政治，蓄積力量；然後尋找時機，一路大軍由荊州北上，一路大軍由益州北上，兩路合擊魏軍，占有中原。但諸葛亮後來不得已放棄了荊州地區，由益州北上伐曹又屢屢受挫，進攻魏軍往往在易守難攻之地，致使整個戰略主張和部署落空。
諸葛亮足智多謀，一生行事謹慎，很得後人稱許。後人視他為智慧的化身，遂演化出許多他神機妙算的故事。曆史上的諸葛亮自然沒有藝術世界中的諸葛亮那麼輝煌，甚至當時人認為他“應變將略，非其所長”，但他的軍事思想畢竟有許多閃光的成分。