為了更好地表述，以下我們以此為準，來具體了解忍者所活躍的戰國時代，以及在這段曆史中忍者們所扮演的重要角色。
關東大亂
在長達10年的“應仁之亂”之後，室町幕府在日本的影響力大幅度下降，但曆任的幾代室町幕府將軍仍試圖改變整個局麵。不但多次討伐鄰近的細川氏、六角氏等大名，還屢屢頒布征討令，詔令諸國大名共同對抗各地對京都當局最具威脅的國主。然而時過境遷，畢竟已經不是當年那個將軍強勢的時代了，此時將軍的詔令除了作為大名奪權時所用到的合法借口之外，完全就是一紙空文，幾乎無人願意服從。
1493年，將軍足利義材親自帶兵討伐大名細川氏，可事與願違，反而被細川氏策動京都當局罷免了其將軍職位，這個事件史稱“明應之變”。從此時起，室町幕府的威信已經完全喪失，剩下的也隻是大名控製上洛後用來操縱政局的傀儡了。
除了京都所在的近畿地區動亂不安外，日本關東的局勢也是同樣動蕩。當初足利尊氏開創幕府的時候，之所以將幕府設在京都，主要是為了對抗當時的南朝。而在武家的重心關東地區，以關東管領為輔佐，尊氏分封自己的兒子為鐮倉公方。畢竟一脈相傳，鐮倉公方府與室町幕府的政治體製十分相似，並因此有小幕府的稱謂。鐮倉公方的勢力一直以來都相當強大，且完全可以與幕府相對抗。雖然在六代將軍義教時期，鐮倉公方因爆發永享之亂而被幕府平定，但在此之後，為統治穩定需要，足利成氏接替因永享之亂而自殺的父親足利持氏，又被幕府擁立為鐮倉公方。
1454年，鐮倉公方足利成氏因為不滿關東管領上杉憲忠，將其暗殺。此舉引發關東管領和公方的長期對抗，最後導致幕府派遣駿河守護今川氏前去討伐，而迫使足利成氏移往下總古河，成為初代古河公方。這一次的紛爭，被稱為“享德之亂”。由此，關東的局勢也被徹底打亂，上杉氏與鐮倉公方的對立也上升成為敵視，完全斷絕了和睦的可能。而足利成氏在對抗上杉氏的同時又公開抵製京都將軍，於是關東徹底成為各方勢力角逐的修羅場。
“享德之亂”之後，得到關東管領上杉氏支持的堀越公方足利政知，與得到北關東豪族支持的古河公方之間，又持續對抗了近30年。但日後上杉氏的政治陣營之中卻發生了內部分裂——分為了山內上杉氏和扇穀上杉氏兩派勢力。之後，山內上杉氏重臣長尾景春的叛亂，為扇穀上杉氏擴張自己的力量提供了非常好的時機。為了對抗扇穀上杉氏，山內上杉氏選擇和古河公方和解。
另一邊，扇穀上杉氏為了對抗山內上杉氏，和伊勢長氏結盟，兩大陣營由此又陷入長期的拉鋸戰中。1491年，山內上杉氏的盟友堀越公方發生內亂而被伊勢長氏消滅。伊勢長氏，也就是之後的北條早雲所控製的後北條氏勢力因而實力大增。
不久後上杉定正的猝死導致扇穀上杉氏由盛轉衰，後北條氏轉而攻擊扇穀上杉氏，並消滅相模三浦氏及占領小田原城，之後又促成山內和扇穀兩個上杉氏族聯合對抗後北條氏的新局麵。後北條氏二代家督氏綱更入侵武藏國，取代舊有的足利、兩個上杉氏，成為關東地方最強的大名。
那麼，在這個幕府亂世初現的早期戰國時代，忍者是否登場？他們又扮演了怎樣的角色呢？
1487年，足利義材討伐細川氏引發“明應之變”之前，第九代將軍足利義尚親自帶兵391騎、8000人，協同細川、斯波、山、富堅、武田等大名對違抗幕府命令的佐佐木六角氏家督六角高賴進行了征討。佐佐木六角氏與幕府聯軍在野洲河原合戰後失敗，逃離主城觀音寺城，撤退至甲賀郡。隨後，幕府聯軍以分散包圍之勢列兵甲賀郡，勢要以這個被稱為“鉤之陣”的陣法將佐佐木六角氏一舉消滅。
但足利義尚沒有想到，在這種團團包圍、勢如破竹的陣勢下，六角高賴手下的甲賀忍者軍團對義尚將軍的營地進行了出乎意料的夜襲。與此同時，幕府聯軍各個大名的陣地突然都燃起了大火。這場奇襲使得前來圍剿的幕府聯軍潰不成軍。
此後，幕府聯軍所組織的一係列攻擊都被甲賀忍者軍團的遊擊戰術所一一化解。
1488年秋，對甲賀久攻不下的足利義尚突然病倒。翌年3月16日，足利義尚在軍中病逝。
關於足利義尚的死，在民間一直流傳著是被甲賀忍者暗殺的說法。將軍死後，群龍無首的幕府聯軍不戰自潰。
無奈之下，幕府不得不赦免了高賴，承諾歸還寺社領地的高賴與幕府達成了和平的協議。之後，雖然室町幕府又對六角高賴進行了兩次征討，但是在甲賀忍者軍團的遊擊、奇襲的戰術策略下，六角高賴的勢力不僅沒有被削弱，其威名與地位反而越加穩固。佐佐木六角氏，也因此成為令室町幕府最頭痛的大名。
大破“鉤之陣”，是忍者在戰國時代的第一次亮相。這個優雅而絢麗的登場，對當時群雄逐鹿的戰國大名們產生了巨大的衝擊。忍者以其奇襲、火攻等戰術對戰局的牽製和掌控作用以及其神出鬼沒的機動性和高效精準的打擊力量而威震日本列島。之後，忍者受到戰國的各個大名們的廣泛重視，並多次應用在今後的諸多合戰之中。為了表彰在“破鉤”之戰中表現卓越的忍者們，六角高賴從甲賀五十三家忍者部族中選出最為活躍的立為“甲賀二十一家”，並且委以重任。在這之後，甲賀忍者中的這21家作為甲賀流忍術的中心，為今後忍者的鼎盛起到了重要的推動作用。