衝擊隊雖然人數不是很多，但裝備僅為一襲黑衣、一柄長刀的他們，多次出其不意地針對明治新政府軍進行夜襲攻擊，讓明治新政府軍陷入巨大的恐懼之中。據史料記載，明治新政府軍遭受了衝擊隊多達超過30次以上的夜襲攻擊，而在這些夜襲中，衝擊隊未敗一場！正是這恐懼的戰鬥力，致使衝擊隊在支持幕府的北部列藩同盟軍中處於絕對主戰力的位置。
有關細穀直英的衝擊隊強大的戰鬥力，從以下就可以得知一二。因為細穀直英的衝擊隊完全一襲黑衣，而在每一個隊員的背後，都有著象征細穀家的烏鴉家徽，所以明治新政府軍一聽到衝擊隊“鴉組”的別稱，就馬上聞風喪膽。至今，細穀直英還被東北地方的民眾看作是傳奇的英雄，“細穀家十六鳥，官府軍無安睡”的歌如今還在當地流傳著。
但是，在巨大的時代之輪麵前，不能順應時代的事物終究還是無法抵擋它的碾壓。在仙台藩最後的決戰——旗卷峠之戰中，雖然仙台藩軍在細穀直英的衝擊隊的幫助下頑強反抗，但在明治新政府數目眾多的大軍之下，還是大敗投降。隨著仙台藩軍的失敗，細穀直英不得不解散了衝擊隊。衝擊隊的夜襲讓明治新政府軍對細穀直英恨之入骨，恨不能吃其肉飲其血，為了躲避明治新政府的追捕，細穀直英逃亡潛伏了起來，之後便下落不明了。
除了細穀直英和他的“鴉組”之外，據傳在支持幕府的著名武士組織“新撰組”中的服部武雄也是一名忍者。服部武雄。通稱三郎兵衛，近畿地區赤穂藩出身，時任“新撰組”諸士調役兼監察。新撰組隊中劍術、柔道、槍術的集大成者，因在隊中數一數二的技能而名噪一時，並且還一度有服部武雄之劍術超越衝田總司的文獻記錄。雖然如此，不過服部武雄的結局比較悲慘，在油小路事件中，死於新撰組內部鬥爭的刺殺埋伏之中。據記載，服部武雄在事發時，以他出色的二刀流技巧孤軍奮戰，好似鬼神一般。最後因為殺敵太多，以致刀被折斷，被原田左之助以長槍刺死。
雖然服部武雄究竟是不是真的忍者至今也還有爭論，但很多學者都認為，1869年戰敗投降後解散的新撰組，不光是日本幕末時期一個親幕府的武士組織，也是作為幕府末期浪士的武裝團體。而在德川幕府末期，有不少忍者因生活困難不得不淪落為浪士，而服部武雄又出身自近畿地區，他的姓氏又不得不讓人聯想他是否與伊賀與甲賀的忍者有所聯係。支持德川幕府，反對明治新政府，也確實是每一個忍者從祖輩就有的根深蒂固下來的意識。或許這個最後死於非命的服部武雄，很有可能就是一個對十八般武藝樣樣精通的忍者。
明治維新之後的落幕
經過明治維新而漸趨富強的日本，利用逐漸強盛起來的國力，逐步廢除與西方列強簽訂的不平等條約，收回了國家主權，擺脫了淪為殖民地的民族危機。而後隨著經濟實力的快速提升，日本軍事力量也快速強化，更在1895年與1905年，分別於中日甲午戰爭與日俄戰爭中擊敗昔日強盛的兩個大國——大清帝國與沙皇俄國，為許多西方列強注意，成為稱雄一時的亞洲強國。日本近代啟蒙思想家福澤諭吉所提出的“脫亞入歐”論也在此時成為了國家正論。
明治維新初期，由於新政府的政策，使得武士的社會地位大幅下降。而隨著俸祿漸次縮減，武士在經濟上的保障也被削弱。因為這些利益上的問題，導致許多士族對明治政府不滿，武力抗爭也因此接二連三地發生。維新功臣西鄉隆盛以鹿兒島縣為中心，於1877年所發動的西南戰爭，成為明治維新之後最後一次、也是規模最大的一次士族反抗戰役，最後西南戰爭以西鄉隆盛的戰敗而告終。在此之後，殘餘的士族成員轉入地下活動，與板垣退助所主導的“民選議院設立運動”互相結合，通過“自由民權運動”的開展形成政治上的反對勢力。1889年，《大日本帝國憲法》公布，成為亞洲第一部成文憲法。1890年，日本國會也正式開始運作。
至於社會、文化方麵的改變，隨著伊藤博文、大隈重信、新渡戶稻造等留過洋的知識分子吸收並引介西方文化與典章製度，將眾多現代化事物引進日本。“文明開化”的風潮逐漸形成，這給原本傳統而保守的日本社會造成了很大的衝擊。不隻物質需求與生活習慣上出現西化的轉變，在教育係統與社會組織的廣泛推行下，思想與觀念上也逐漸有了現代化的傾向，同時對文藝也產生不小的影響。
正基於明治維新之後政治、社會、文化上的這些改變，德川幕府時期的許多事物都被一一廢除。警察、日本陸軍、日本海軍的創立，和之後明治禁刀令的頒布，也促使了曾經隱密的禦庭番武士這些忍者的落幕。失去活躍舞台的忍者們，要麼成為了警察，要麼就借助忍者五道的基本修煉開設了藥鋪、醫院、飯店。從此重視實用哲學的忍者們，為了生存，放棄了忍者生涯，並繼續將忍之道銘記於心，去尋找最適合自己的生存之道。