故宮三大殿的後麵有東西橫向的廣場，為前朝與內廷的分界地帶，繼續向北便是內廷了。內廷的南門一一乾清門把前朝與內廷隔開。內廷的中心部分是位於中軸線上的後三宮（乾清宮、交泰殿、坤寧宮)及其兩側對稱分布的東西六宮。這裏是皇帝與皇後及妃嬪們居住之處,戒備森嚴，除內廷各殿執事太監外，外人一概不得人內，人們俗稱的“三宮六院”就是指的這個地方。
乾清門是內廷的正門。清代這裏是禦門聽政的地方，康熙聽政最勤，曾在這裏決定平定三藩之亂、收複台灣等重大國事。跨入乾清門迎麵便是乾清宮。乾清宮始建於明永樂十八年(1420年)，清嘉靖時重修。大殿高20米，麵闊9間，是後廷的主體建築。
乾清宮是皇帝的寢宮和處理日常政務的地方。殿內有暖閣9間，每間分上下兩層，各有樓梯相通。每間設床3張,共27張床，皇帝每夜可以隨意選擇床位入寢，以防被人暗害。明朝震撼宮廷的“壬寅宮變”和三大奇案中的“紅丸案”、“移宮案”都發生在這裏。
明末農民起義，李自成起義軍攻打北京時，崇禎皇帝在乾清宮召集禦前會議商量對策，群臣無計可施。崇禎帝見大勢已去，無法挽回，無奈殺死皇後，崇禎帝自己從乾清宮逃出，從皇城北門神武門跑到景山，在樹上自縊身亡。
清朝時，順治、康熙年間，皇帝仍在乾清宮住。並在此讀書、學習、批閱奏章及接見外國使臣等。後來，雍正皇帝移居西宮養心殿，乾清宮就成了內廷舉行典禮、家宴和接見官員的地方。每年元旦、燈節、端午、中秋、冬至和萬壽等節日，都要在這裏舉行內朝禮和賜皇族家宴。光緒年間，皇帝曾在此接見過英、法、美、日、俄、葡等國使節。此外，乾清宮還是皇帝死後停靈的地方。皇帝死後，都要先運到乾清宮停靈，按儀式祭奠後，再停到景山的壽皇殿，最後再正式出殯，葬人皇陵。
乾清宮大殿內的“正大光明”牌匾後是清代雍正皇帝之後秘密立儲放傳位詔書的地方。在明代及清初時，皇帝立儲都是公開冊立太子。清康熙帝因有35個兒子，兩次廢立太子，造成皇子們為爭奪皇位，手足相殘，矛盾很深。雍正帝鑒於以往各朝代建築引起權力之爭的慘痛教訓，創立了秘密立儲的辦法，皇帝在生前製立儲詔書兩份，在詔書上秘密寫好繼承人的名字，一份帶在身邊，一份放在“正大光明”匾後麵。等皇帝死後，由大臣們開啟建儲匣，宣布詔書上所指定的人名，並將兩份遺詔對照，無誤後，便由詔書所指定的人繼承皇位。曆史上，乾隆、嘉慶、道光、鹹豐四帝都是秘密立儲而當上皇帝的。
乾清宮後的交泰殿，是一座方形黃琉璃瓦四角攢尖鎏金寶頂式的宮殿。是內廷的中殿，始建於明永樂十八年（1420年），清嘉慶時重修。殿中設有寶座，寶座後有4扇屏風，上有乾隆帝禦筆《交泰殿銘》，殿頂內正中為鬥八藻井。清代封皇後、授皇後“冊”、“寶”的儀式都在這裏舉行。每年元旦、冬至、千秋（皇後生日）時，皇後在此接受眾妃嬪、公主、福晉、命婦們的朝賀。
乾隆十三年（1748年乾隆帝將代表封建皇權的25顆寶璽收藏於此殿。這些寶璽由內閣掌握，由宮殿監的監正管理,用時須請示皇帝，經許可方可使用。殿內還陳設有乾隆年間製造的自鳴鍾和銅壺滴漏各一件，為我國珍貴文物。
交泰殿後的坤寧宮是內廷後殿，建於明永樂十八年（1420年）清順治十二年（1655年)重建。明代此處是皇後的正宮，明崇禎十七年（1644年)李自成進入北京，崇禎皇帝的周皇後就自盡於此。清初坤寧宮仍為皇後寢宮。雍正遷居養心殿後，皇後也由坤寧宮遷往體順堂,這裏改為祭神和皇帝大婚的場所。殿內的西暖閣是祭神用的，清代每日進行朝祭、夕祭，大祭之日皇帝親自參加。東側的東暖閣是皇帝大婚的洞房，康熙、同治、光緒等皇帝的婚禮都是在這裏舉行的。大婚後皇帝、皇後在此居住兩天，第三天皇帝回到養心殿，皇後隨居體順堂。皇帝大婚耗資巨大，令人難以想象，1872年同治皇帝大婚,耗費白銀達1100萬兩。清朝末代皇帝溥儀也曾在坤寧宮舉行過婚禮。
後三宮的東側是東六宮,包括有鍾粹宮、景陽宮、承乾宮、永和宮、景仁宮和延禧宮六座宮院。明清時是眾妃的寢宮。順治帝的皇後佟佳氏曾居景仁宮，於順治十一年（1654年）三月十八日在此生子玄燁,後成為康熙大帝。光緒帝的珍妃也曾居此。永和宮是雍正皇帝生母孝恭仁壽皇太後從前的住所，同治帝的慧妃、光緒帝的瑾妃都曾居此。鍾粹宮明代是光宗朱常洛為太子時所居，清鹹豐帝為皇子時也曾居住於此宮，慈安皇太後因住鍾粹宮而被稱為東太後。景陽宮是皇家藏書的地方，其後為禦書房，康熙、乾隆登基前都曾在此讀書。