本區地處雲貴高原南部邊緣，與貴州茂蘭國家級自然保護區毗鄰。區內喀斯特地貌極為發育，喀斯特形態多種多樣，景觀奇特，生境複雜多樣，生物多樣性資源極為豐富，喀斯特森林保存完好，森林覆蓋率達94.8％，據初步調查，區內有維管束植物173科、522屬、915種，其中蕨類植物64種，裸子植物11種，被子植物840種，列入國家重點保護的珍稀瀕危植物的有短葉黃衫、香木蓮、傘花木、掌葉木、異裂菊等21種，還發現植物新種13個，並有翠柏、單性木蘭、桂楠等稀有樹種為建群種的群落分布；陸棲脊椎動物有26目、70科、260種，其中哺乳類48種，鳥類148種，爬行類47種，兩棲類17種，列入國家重點保護的野生動物有豹、蟒、獼猴、穿山甲、黑熊等29種。
本區極具特色的喀斯特森林地貌在全球極為罕見，有極高的保護價值和研究價值。
廣東自然保護區
物種寶庫——車八嶺國家級自然保護區
車八嶺國家級自然保護區位於廣東省始興縣東南部，麵積達7545公頃，1982年經廣東省人民政府批準建立，1988年晉升為國家級，主要保護對象為中亞熱帶常綠闊葉林及華南虎等珍稀動植物。
本區主要植被為亞熱帶常綠闊葉林，並保存有比較完好的原始季雨林。區內物種資源比較豐富，熱帶、亞熱帶和溫帶植物並存，高等植物種類近2000種，其中國家重點保護植物有觀光木、伯樂樹、野茶樹等10多種；珍稀野生動物有20多種，其中有國家一級重點保護動物華南虎，被譽為“物種寶庫”、“南嶺明珠”，是理想的科研、教學基地。
內伶仃島-福田自然保護區
內伶仃島-福田自然保護區位於廣東省深圳市境內，麵積達858公頃，1984年經廣東省人民政府批準建立，1988年晉升為國家級，主要保護對象為獼猴、鳥類和紅樹林。
本區由內伶仃島和福田兩個部分組成。內伶仃島位於深圳蛇口區南麵約10公裏的海麵上，陸地麵積僅50公頃，島上植被茂盛，高等植物有400多種，高等動物有獼猴等70多種，獼猴種群有數百隻，在如此彈丸小島上分布大群獼猴實屬非常難得，在全世界也不多見。福田位於深圳市沿海地帶，東西長約11公裏，麵積800多公頃，紅樹林和鳥類資源豐富，與香港米埔自然保護區隻一水之隔。
海龜灣——惠東港口海龜自然保護區
惠東港口海龜自然保護區位於廣東省惠東縣境內，麵積達800公頃，1986年經廣東省人民政府批準建立，1992年晉升為國家級，主要保護對象為海龜及其產卵繁殖地。
本區屬亞熱帶海洋性氣候，地處大亞灣與紅海灣交界處，東北西三麵環山，南麵瀕海，為一東西長1000米、南北寬70米的沙灘帶，近岸水深10-15米，海底平坦，餌料豐富，是海龜的傳統產卵場，也是南海北部大陸沿岸唯一的產卵場。海龜屬國家二級重點保護野生動物，由於長期隨意捕殺和挖取龜卵，已麵臨瀕危境地，該保護區的建立對保護和恢複海龜種群具有重要意義。
中國原始生態“天然氧吧”——南嶺自然保護區
南嶺自然保護區位於廣東省乳源、連縣、陽山三縣境內，麵積53067萬公頃，由1984年建立的乳陽、大頂山、大東山、稱架山四個省級保護區合並組成，並於1994年晉升為國家級，主要保護對象為亞熱帶森林和珍稀動植物。
本區地處南嶺山脈中心地帶，保存有較完整的亞熱帶常綠闊葉林、山頂矮林、針葉林等森林植被。區內動植物種類極其豐富多樣，孕育著許多以南嶺為起源中心和分化中心的特有的動植物種。區內高等植物有1417種，其中國家重點保護植物24種；動物中有哺乳類70種，鳥類125種，兩棲爬行類41種，其中國家重點保護動物23種，並為華南虎的主要棲息地之一。
保護區豐富的物種資源和複雜的亞熱帶森林植被，是南嶺森林生態係統的核心和精華，具有重要的保護價值和科研價值。
中國紅石公園——丹霞山自然保護區
丹霞山自然保護區位於廣東省仁化縣境內，麵積達2.8萬公頃，1993年韶關市人民政府批準建立，1995年晉升為國家級，主要保護對象為丹霞地層、丹霞地貌與自然環境。
丹霞山是丹霞地層和丹霞地貌的命名地。丹霞地層是華南地區上白堊統丹霞組標準剖麵，丹霞地貌則是中外公認的同類地貌類型的典型代表。在目前我國已發現的300多處丹霞地貌中，丹霞山是其中分布麵積最大、發育最典型、造型最豐富、風景最優美的丹霞地貌集中分布區，具有特殊的學術價值、科研價值和科普教育價值，同時也是開展地質旅遊的勝地之一。
湛江紅樹林自然保護區